組織結構的不合理會對企業的行為產生極其不利的影響。例如，1999年上半年，微軟公司因維納斯計劃、起訴亞都等，在中國市場上麵臨著一場形象危機。是什麼造成微軟在中國的危機？是什麼使得公司的形象、戰略、策略不能保持統一？當時任微軟（中國）總經理的吳士宏認為，造成這一狀況的原因是微軟在中國已經有了四個半市場窗口：微軟中國公司、微軟中國產品研發中心、微軟法律事務部、微軟中國研究院，再加上OEM的半個。這是微軟全球縱向組織機構使然，隻是沒聽說有別的地方像在中國這樣，各自獨立膨脹出麵向市場的窗口參見前微軟（中國）總經理吳士宏跳槽TCL．北京青年報，1999-10-11，第20版。正是因為微軟在中國有四個半窗口各自獨立地麵向市場，結果造成了相互之間行為的衝突和不協調，破壞了微軟辛辛苦苦建立起來的積極市場形象。
組織行為發生的前提是組織對企業外部經營環境和企業內部條件的認知。雖然組織沒有與個體完全獨立的機製來製定目標、處理信息和感知環境，而是由人在組織係統中承擔著這些工作，然而組織的認知過程又不完全與個體的認知過程相同，組織也有自己的認知係統和記憶。組織中的個體進進出出，但組織保留著知識、行為、心理圖（MentalMap）、規範、價值觀參見呂鎮．感知的非確定性下的企業戰略行為研究（測博士學位論文）．西安：西安交通大學，1991：13~14。組織對信息的收集、處理、加工活動是按照組織結構對人的分工，由員工通過縱向的和橫向的相互作用，既由口頭的交流，也由書麵的指示、報告、總結等共同組成。不同的企業具有不同的組織認知過程，這種認知過程直接影響到組織對經營環境的看法和企業的經營決策，從而影響到組織的行為。
（三）權力結構和政治活動
權力結構是指戰略管理權在企業不同成員之間的分配。我國企業的權力結構並不像企業組織圖上所描述的那樣，上級任命下級，下級服從上級。在許多企業中，對此要打折扣。比如在同一個層級上，正職和副職都由上級任命，正職往往要通過副職來開展工作。但是，由於副職可以跨過正職直接向上級反映情況，接受上級的指示，甚至和上級具有更加緊密的私人關係，結果副職可以經常違背正職的要求，或在工作中推諉和拖延，權力不順導致難以形成統一意見，從而戰略實施不利。同時，下級跨過上級，與上級的上級具有更加緊密的關係，架空上級的現象也並不少見，從而進一步影響到戰略的貫徹實施。
在非正式權力結構中，權力集團是最有影響的。中國人的宗派意識和集團意識比較強，這在不同的企業裏麵也都有一定的表現。有時雖然沒有形成集團，但也存在著關係的近遠。傳統儒家文化就十分強調三綱（父為子綱、君為臣綱、夫為妻綱）等，沒有倡導人人平等的概念，而要根據血緣關係決定親疏。根據關係的不同，即感情的深淺，人們習慣於把人分為“自己人”和“外人”張春安．管理中國人．北京：中國經濟出版社，1996：85。“自己人”是指關係不錯、感情較深的人；“外人”則指沒什麼關係、沒有交情或者感情很淺的人。在有了“自己人”與“外人”的區分之後，人際關係變得更加複雜。
人們通常給予“自己人”和“外人”不同的態度、對待方式和評價標準。對“自己人”，他們的錯誤可以諒解，他們的遭遇表示同情，他們有困難幫助克服。處處給予“自己人”方便，對他們可以不按規範行事，總是用更寬鬆的標準去做評價和判斷，不去計較他們的言辭和行為。相反，對於“外人”，總是不能容忍他們的粗魯無知，在他們麵前總是公事公辦，嚴格按規章製度行事，對他們的痛苦和悲傷，可以置之不理，甚至幸災樂禍，總是以苛刻的標準去要求他們。根據關係親疏的不同所做的差別待遇及按“內外有別”的原則行事，許多人都已經習慣了這一套陳舊落後的傳統觀念。在這一觀念支配下，“自己人”的建議往往受到重視，“自己人”的創新行為容易獲得支持；而“外人”的建議卻會受到忽視和懷疑，“外人”的創新行為則往往受到更多的抵製。這些觀念和行為，導致內外不能同心合力，不利於企業健康發展。
政治活動是指個人或團體為了保護自身的利益或以取得統治地位為目的的活動。企業內部的政治活動不僅影響到企業戰略的選擇，而且影響到戰略的實施。企業中的管理等級、各種人員職業發展的渴望和對有限資源所需進行的分配，足以促使企業形成一些個人間的聯盟。這些聯盟將自己的私利置於第一位，而將企業的利益置於第二、第三甚至第四位。這種聯盟往往圍繞企業所麵臨的關鍵戰略問題而結成。一項經典的戰略管理研究考察了9個大公司中成功與不成功的戰略家的政治策略參見戴維·R·弗雷德．戰略管理．李克寧譯．北京：經濟科學出版社，1998：227，發現那些成功的戰略家通過不輕易表態的行動，巧妙地使那些不受支持的想法或建議自然消亡；對那些覺得不可接受但卻受到強烈支持的想法則設置附加障礙或審查，而不是公開予以反對。成功的戰略家對不能接受的建議不輕易表態，而是盡力通過下屬或集體決定予以否決，以便將自己的否決權留待解決重大問題時使用。