在企業文化研究中，這種具體概念的模糊性和因果關係的複雜性是大量存在的。在企業經營過程中，人們也在以各自認可的方式使用文化一詞。在我國引進國外企業文化理論初期，一些總經理甚至將企業文化理解為企業的文體活動。所有這些，都造成了對企業文化本質的不同理解。
（二）關於企業文化與企業長期績效之間的關係
大多數學者相信，文化對組織績效具有重要的影響作用。但是，關於什麼樣的組織文化有助於企業獲得長期績效，卻有許多不同的看法。科特研究了三種企業文化類型，即強力型、戰略合理型和靈活適應型企業文化參見約翰·科特，詹姆斯·赫斯克特．企業文化與經營業績．北京：華夏出版社，1997：1~246。具有強力型企業文化的企業中，經理人員們習慣於協調一致和通力合作，能夠按某一經營方向努力。這種協調性、積極性、組織性及統一領導有助於企業經營業績的增長。但是這種情況的出現需要一個前提條件，那就是企業經營在特定市場環境中，企業的最終行為必須與企業戰略相一致。戰略合理型企業文化隻有擁有能夠幫助企業適應不斷變化的市場環境時，才有可能導致企業長期經營績效的增長。
由於文化對績效的影響是通過行為來實現的，即文化對績效的影響是間接的，所以一些學者對組織文化對績效的影響也提出了一些懷疑。Schein認為強文化不一定必然導致組織效力ScheinE．H．ConversationwithEdgarH．Schein．InterviewconductedbyE．Luthans．OrganizationalDynamics，1989，17（4）：60~76。Schlesinger和Balzer認為，在文化和績效之間沒有直接的聯係；隻要組織是由人組成的，產出將很難預測SchlesingerL．A．，BalzerR．J．AnAlternativetoBuzzwordManagement：theCulture-Performancelink．Personnel，1985（Setember）：45~51。正是由於行為成因的複雜性，導致文化與績效之間的聯係變得很微妙。
企業的經營環境的變化要求企業做出戰略上的調整，戰略上的變化要求企業文化的適應。所以，從長期來看，很難具體說哪種文化有利於企業的長期績效。但是，我們也可以把文化分為兩個方麵，一是企業經營所普遍需要的文化方麵，如市場觀念、開放觀念、敬業精神、工作精益求精、重視產品質量等，這些文化方麵的強化有助於企業的發展；二是特定企業所特有的文化方麵，如向顧客提供物美價廉的產品，或是以創新的、高檔次的產品滿足顧客的需要，這其中就有一個文化是否與戰略相適應的問題。從當前來看，關注顧客、員工和股東的需要，重視企業發展中的關鍵人物和關鍵活動等，是企業文化不可或缺的。
（三）關於企業文化的管理
西方古典管理理論倡導理性的管理方法，強調對員工的行為的約束，不太注重通過文化影響行為。在我國，曆來有德治的思想，新中國成立後對文化的管理更是滲透到社會的各個方麵。但是，文化畢竟較為抽象，沒有一個統一的標尺可以對人們的價值觀念等文化要素進行丈量，所以，對它進行管理就有很大的難度。
對企業文化的管理也有一個度的確定問題，強求統一人們的觀念不僅不能做到，而且也沒有必要。這是因為隨著企業經營的國際化和多元化，員工的構成越來越複雜，一個企業往往是由地處不同國家的子公司、工廠組成，企業員工文化的多元化是一個客觀存在，不可能將其完全統一。改革前，我們不承認、不允許價值觀的多元化，強製推行一種價值觀、一種信仰，不但沒有實現，反而造成很大損失。不同員工做出的產品可以做到統一要求、統一標準，但卻不能使他們的價值觀念完全相同。另外，員工的不同價值觀念也是企業多元化經營所要求的，有助於從不同的視角對企業的決策做出評價，降低決策風險。所以，對文化的管理也應該是有所為有所不為。
企業文化的形成是一個複雜的過程。對企業文化進行管理也是一個綜合係統工程，不能就文化談文化，而應該將文化管理滲透到企業管理的每一個環節中去。在企業管理中，必須注重文化要素，注意研究一項管理措施的推出對員工價值觀念等的長期影響。文化的變化較緩慢，尤其是涉及到價值觀念、基本假設等層麵更是難以改變，甚至根本不能改變。對企業文化進行管理難以一時見效，所謂的“海爾文化激活休克魚”在短時間內起作用的也隻是文化的外層因素——管理製度，而處於文化的內層部分可能根本沒有改變。這就使得對企業文化的管理絕不是一勞永逸，而是需要常抓不懈。