（1）“三會”的議事規則、工作製度不嚴謹，管理決策層的權力製約機製沒有完全建立起來，導致了議事的隨意性和混亂性，“三會”之間職責不清，錯位、越位議事，工作不協調、不配合，甚至出現“權利相爭”現象。
（2）“三會”、“三長”職責範圍不清。理事長、主任職責範圍還不夠細化，理事會、主任辦公會、黨委會、監事會的定位還不夠明確。
（3）社員代表大會形同虛設，不能按規定召開；或是流於形式，不能真正決定理事會、監事會的組成，社員代表產生的合法性、嚴肅性和代表性不夠，社員的權力無法保證。
（4）權利與責任不對稱。聯社的經營風險由投資人和本聯社承擔，理事會作為投資人的代表有重大決策權，而經營班子則是在理事會授權下開展經營活動。理事長作為理事會的核心、聯社的法定代表人，授權主任開展經營活動，經營結果由主任承擔。但金融風險顯現要有一個過程，尤其是信貸風險具有隱蔽性和滯後性，聯社一旦出現經營風險，風險責任主要還是由理事長來承擔。這樣，就有可能出現理事長出於對風險責任的顧慮，不敢放權，聯社經營主要還是理事長全盤抓，而主任因為無權無事可做或不敢做事，甚至影響了經營管理層的工作積極性、主動性。
理事長如何放權，主任的積極性如何調動，如何明確理事長和主任的權、責、利，對於改革後的聯社是一個新的問題。
（5）監事會的組織結構還不夠完善，其監督作用還沒有充分發揮。目前監事會中除監事長為專職監事外，其他監事為兼職或外部兼職監事。但因外部兼職監事對金融知識知之甚少，其監督能力大打折扣。所以監事會在實際“監事”中，往往是監事長一個光杆司令，單槍匹馬，難以履行好監督職能。
（二）治理機製方麵的欠缺
1.用人機製上，聯社班子人員由省農信聯社提名確定，然後進行社員民主選舉這種逆程序方式產生，行政任命色彩濃厚，沒有形成一個有效的高管人員選聘任用機製。
2.激勵機製上，缺乏有效的考核激勵措施，沒有建立科學的量化考核體係。目前農村信用社在工資分配、獎懲等方麵，大鍋飯思想嚴重，造成其業績與個人經濟利益不相對稱，既不能調動一般員工的積極性，又不能激發高級管理人員的創造力。
3.監督機製上，內部監督不健全，外部約束力弱化。由於監事會沒有常設機構，沒有對理事會成員和聯社主任的彈劾權，沒有建立完善的監事會工作程序和製度保障，監事會並沒有起到應有的監督作用。
（1）監事會職責履行不力，製約關係薄弱，仍然停留在具體經營事務主要是財務審計中，停留在對分支機構或部門的內部審計稽核層麵。
（2）監事會對理事會和主任室的監督製約作用不大。實際班子成員在排名中，不能真正形成三足鼎立的格局，監事長無法切實擔負起“監事”職責，往往把自己定位在“退居二線”的位置，無法帶領監事會切實履行好監督職能。
（3）監事會的責權和行使職權的程序不夠明確。由於監事會“監事”手段的選擇要依據社員代表大會、聯社《章程》、法律法規等賦予的職責和權限，監事會還沒有明確的、細化的、操作性強的規章製度。
（4）信息披露和風險提示不夠，外部約束力弱化。深化農村信用社改革，要求建立基本的信息披露製度和報告製度。從目前情況看，農村信用社在信息報告和披露方麵還做得不夠，對好的方麵如發展前景、股金分紅等披露得多，對存在的風險、必須披露的重大事項等披露得少，有時甚至隻字不提。
三、進一步完善法人治理結構的對策及建議
（一）完善法人治理的前提和目標定位
基於我國農村信用社法人治理的特殊性，要建立一套科學合理的法人治理模式，必須把握好其前提，即必須立足於我國國情和當前農村信用社的發展實際。同時要有合理的目標定位，法人治理的目標不應僅僅關注信用社利潤的最大化，還應當關注信用社本身的安全和穩健，關注利益相關者的利益，而不能僅僅局限於社員本身。
（二）改進和完善法人治理結構的對策建議
1.股權結構方麵，必須產權明晰，主體明確。
（1）逐步調整和優化股權結構，放寬對持股比例的限製，適當提高入股起點金額，允許信用社吸收一批大股東；擴大入股範圍，廣泛吸收轄內農民、個體工商戶入股，充分吸收民營企業、農業龍頭企業入股，以利於穩定股本金。入股社員持股額增大了，他們就會更加關心信用社的發展，監督信用社的管理，發揮股東的最大作用，這樣不僅有利於信用社股金的穩定，更有利於信用社業務的發展、產權關係的明晰和法人治理結構的完善。
（2）大力推廣員工持股製度，提高高級管理人員的持股比例和數量。職工大量持股有助於提高員工對信用社監督的自覺性和有效性，可根據員工工資收入係數，確定職工認購股金的數量，將員工的收入與信用社的經營業績相結合。明確規定農村信用社的高層管理者必須持有一定比例的股份，把單位的經營效益與高層管理者的利益捆綁，同生存、共發展，增強管理者的責任心和工作的主動性。