（三）縣級合作金融企業法人治理的專業化要求導致成本過高
按照法人治理結構的要求，縣級合作金融企業“三會一層”是一個係統而且運行規則嚴密的管理體係，但從發展規模看，與商業銀行相比，縣級合作金融企業普遍規模較小。從短期看，在發展空間、業務量等相對不變或業務規模增幅較小的情況下，管理成本的增加是客觀必然的。受區域性限製，縣級合作金融企業缺乏專業化水平較高的董事和監事，非執行董事、監事中不可避免地存在“董事不懂事”的現象，執行力得不到保證。有的非執行董事和監事是多年支持農村信用社的老客戶，受利益驅動，在參與決策和監督過程中有可能出現與企業目標不一致、不和諧的因素，甚至出現道德風險，法人治理效果的體現麵臨諸多障礙。
（四）董事長作為第一責任人與行長之間難以構築天然的權力邊界
合作金融企業董（理）事長②（下稱董事長）、行長（主任）（下稱行長）分設，但一般情況下，董事長和行長都是執行董事。董事長是企業的法人代表，必須為企業的法人行為承擔法律責任。合作金融企業實行董事會領導下的行長負責製，因此，董事長無疑是統管企業的“一把手”。在董事會閉會期間，經董事會授權，一些重大①②所謂“用腳投票”，是指在市場經濟條件下，資本、人才、技術等可以自由流向更能夠發揮其作用的地方。
農村合作銀行的法人代表為董事長，一級法人的農村信用合作聯社的法人代表為理事長。
經營事項由董事長受理、審斷，這與國際規範中，在董事會閉會期間一般由董事會的執行委員會來代行權力相比，權力的邊緣難以界定，權力的執行缺乏製度保障，難免存在“一權獨大”現象。
根據《合作金融企業章程》規定，董事長雖然是對行長進行授權管理，但對授權範圍內的事，僅重視結果而忽視過程即完全超脫不介入想必難以做到。行長在授權範圍內出現的過錯及其造成的後果，最終往往會形成對董事長的責任歸咎。更何況在決策和經營管理過程中，雙方的利益和目標是一致的，一些具體的工作事務存在交織重疊和關聯性。如一些涉及金融穩定、擠兌風波、員工違規處罰、解雇或其他等重大問題引發的群體事件或法律訴訟，董事長就難以置身事外。
（五）董事長與行長之間實際難以形成代理關係
從合作金融企業章程來看，行長應該由董事提名，但事實上還有來自銀行業監督管理部門對高管人員任職資格審查和行業管理部門對高管人員推薦考察的約束。因為銀行業金融機構是經營信用和貨幣的特殊企業，其利益相關者十分廣泛，直接涉及民生和社會穩定乃至國家經濟安全問題。從當前的國情來看，有關法律建設（如存款保險、銀行破產等）和管理機製建設尚未真正到位，股東的民主基礎還比較薄弱，趨利性所導致的道德風險現實存在。實踐證明，到目前為止，銀行破產，最後買單的還是政府，隻不過地方和中央所承擔的比例大小不同而已。因此，合作金融企業法人治理模式需要一個探索實踐的過程，而在此過程中，政府對高管人員有必要進行適當的幹預、控製和管理。
由於作為金融企業的特殊性，合作金融企業的董事長和行長，與傳統意義上的老板和職業經理有很大的不同。合作金融企業董事長與行長彼此之間實際難以形成代理關係，權力劃分比較困難。如果雙方配合默契、相互尊重、相互理解、識大體、顧大局，或者是搭配得當、優勢互補、形成合力，則可避免矛盾衝突或權力鬥爭，否則，就會打著製度的幌子，處於對立狀態，相互製衡變成相互拆台。
（六）法人治理的法製環境不完善，股份合作製金融立法迫在眉睫
改製後的合作金融企業屬股份合作製企業，不適用《公司法》進行登記，而是由工商登記部門依據《企業法人登記管理條例》進行登記。農村信用社存貸款和結算業務適用《商業銀行法》，目前有關部門尚未出台《合作金融企業法人治理指引》，合作金融企業缺乏嚴格意義上的法律保護。
四、建議和對策
農村信用社的改革是一個循序漸進的過程。農村信用社是經曆了五十多年發展的金融機構，從“官辦”到“民辦”①的轉變，不是設立一個法人治理結構就馬上可以解決的問題。五十多年來，企業的傳統文化與價值觀、還有外界的認識和評價已經在許多人的頭腦中根深蒂固，它們的改變需要一個磨合的過程。也就是說，基於當前的國情與社情，農村信用社改革發展“路徑依賴”②的現象在一段時間內還會現實存在，其與現行法人治理的要求，不可避免地存在交織和衝突。
農村信用社的改革從開始的合作製到現在合作製與股份製並存甚至出現相互交織即股份合作製的模式，這不是對舊體製的全盤否定，而是在長期改革所積累經驗基礎上的一種新嚐試。因此，我們在實際工作中既不可一概否認“路徑依賴”的存在，但也不能“新瓶裝舊酒”，走農村信用社曆史的老路。完善法人治理結構是國務院深化農村信用社改革試點方案的重要決策和重點內容，我們唯有通過製度的重建，深化改革，提高執行力，進一步完善法人治理結構，才能實現改革的初衷，維護來之不易的改革成果。
（一）通過法定程序實現“黨管金融”和法人治理結構目標的統一
從現有國有企業改製的諸多實踐來看，集團企業的黨委成員和職工代表一般是通過法定程序進入董事會、監事會，而董事會、監事會、經營層成員，可依黨章進入黨委，體現“雙向進入、交叉任職”原則，實現了黨管幹部與公司法人治理的有機統一。這就有利於充分發揮董事會對重大問題統一決策，及監事會有效監督和避免多頭決策，是具有中國特色的公司治理結構。黨委成員按照有關規定依法進入決策機構、執行機構或監督機構，提高了企業黨組織的地位，為全方位地履行黨章規定的企業黨組織的職責提供了製度上的保證。