轉變政府機構職能作為轉換國有大中型企業經營機製的“先行者”，袁寶華認為其核心是要正確處理政府與企業，政府與市場的關係。
經濟宏觀調控
在談到政府與企業的關係時，袁寶華認為，兩者的關係正如一位美國經濟學家和一位日本經濟記者分別所說的：“政府是航船的舵手，企業是船上的發動機”，“政府是馬路警察，企業是汽車司機”，政府管指揮，真正使經濟運行的是企業，而非政府。在過去，企業歸政府全包，政府像托兒所的保姆，企業像托兒所的小孩子，即使已長大成人，仍然要受保姆的管轄，不讓企業施展手腳，這樣企業就不可能鍛煉成長起來。因此，政企要分開，政府要把經營自主權還給企業，政府的職能應該是建立起國民經濟宏觀調控體係。政府宏觀調控首先要管社會總供給與總需求的平衡，要保證基本平衡，政策上必須把握好利率、彙率、稅率的高低等。政策對於建立宏觀調控體係非常重要。其次，政府還要掌握好產業政策，防止各產業間的比例失調。就目前而言，中國應大力發展第三產業。總而言之，政府今後要把具體的事情放給企業自主經營，政府應管大事，保證整個國民經濟的運行走上持續穩定協調發展的軌道。
促進市場發育
把企業推向市場，建立起市場機製是轉換企業經營機製的一個重要內容。在這個過程中政府起著不可低估的作用。袁寶華認為，在處理政府與市場的關係時，政府職能主要表現在兩個方麵。首先政府要促進市場的發育。市場不發育，企業就沒有用武之地。市場的領域是廣闊的，不僅包括消費品市場、生產資料市場，還包括金融市場、勞動力市場、信息市場等等。政府要在政策上、行政管理上促進市場發育。目前政府為企業服務最重要的一條是信息服務，過去我們對此重視不夠，現在國務院副總理鄒家華已提出，將長期封閉的國家計委經濟信息中心向社會開放，為社會服務，即所謂“信息共享”。
管理監督市場
再者，政府要在政策、法令、條例的建設上對市場進行管理和監督，以建立起體現“公開、公平、公正”原則的市場競爭機製。現在的市場宏觀調控的能力薄弱，市場往往處於無序狀態，秩序不好，一些非法手段如給回扣、行賄受賄被不法者使用，使市場存在不平等的競爭。要建立起真正公平的市場競爭機製，稅收和價格製度必須改革。目前，國有企業、鄉鎮企業、外資企業的稅賦不平等，外資企業稅率為20%～30%，國有企業為55%。因此一些廠長抱怨說：“我是個小媳婦，又是塊唐僧肉，誰都可以咬一口。”“我們的企業是責任大、權利小、婆婆多、負擔重。”就此情況，國家財政部正考慮，將國有企業稅率由55%降至30%。
袁寶華還表示，要實現市場“三公原則”，不僅在稅賦上要基本平等，而且要給企業自己定價的權利，即根據國家的法律以及國家規定的幅度自己定價。他透露，國家過去給首都鋼鐵公司以優惠政策，15%鋼材自己定價，其他鋼廠隻有5%，而現在國家已給其他鋼廠百分之十幾的自定價格的權利。