將加工的山石排列組合，在整體上就是布局，布局也是製作山水盆景關鍵性的一步。一盆山水盆景作品，是否有意境，全賴布局。布局包括正確處理山水盆景各部分的大小比例、遠近虛實、山石與水麵的關係，種植與點綴也屬布局範圍。山水盆景整體布局時，先定主體，立主峰，確定主景。山峰的定位，凡是體積較大、體形較高的主體山，應在盆中占有顯著位置，即正中稍偏。而形體較小的客體山，作為主體山的陪襯，應配置在相對的一角，或中間稍後，以作呼應，這樣的布局，才符合“賓主分明”。賓主位置確定後，才能解決“遠近之形”，借鑒畫理所謂“三遠”，即高遠、深遠和平遠。而這“三遠”法的應用，在製作盆景時，隻能通過對比襯托手法，發揮藝術空間上以小為遠、以大為近的藝術效果。賓主在盆中的位置，可使主景居前，也可主景居後。主景居前時，襯景是遠山，加上視覺上的近大遠小，遠山顯得既遠又小，這類山水，叫遠景山水。雕琢時，近景的主體要精雕細刻，遠山則不宜過細雕琢，隻注重外形處理，使起伏盡量模糊，符合“遠山無脈”的透視原理。近景山水的加工，無論是主體山石，抑或近礁，均應仔細雕琢。
山水盆景中，山與水的關係應是一個統一的整體。山有賓主，水有曲折，水隨山轉，山以水活，山曲水折才能縈回環抱。山與水的關係，主要體現在山腳與水麵的關係上，因此，在山腳線處理上，忌平直，宜曲折。凡是平直的山腳，山如石壁一堵，不但山勢平板，水也滯而不活，則應加平灘、平台相配，以破其直，避免山峰突然從平地拔起，缺乏自然痕跡。水是觀賞山水盆景的休止空間，水麵宜寬廣，忌狹窄。寬廣的水麵能映出山石的倒影，增加山水盆景的層次。但也有例外，在深遠景中的水麵常狹窄，這種狹窄的水麵，在兩岸群峰的映襯下，更顯得層次深遠。因此，山水盆景在布局時，既要注意山腳線的蜿蜒曲折，又要做到緩坡起伏。平遠山水用盆以大理石、漢白玉製的淺口長方盆為佳，宜興釉盆嫌深，似不適宜。
太湖山水風光，是平遠山水的典型。如三山迭翠、林層晚煙、華山鳥道、寒山千尺雪及虞山的辛峰夕照、書台積雪、破山晴曉、秦坡瀑布等低矮的山巒，寬廣的湖麵，都是平遠山水的實例。四川的山水風光，是高遠山水的代表。蜀國多仙山，如青城之幽、峨眉之秀、劍門之雄、三峽之險等高山崇峻，巍然挺拔，都是高遠山水的實例。福建的山水風光，常以武夷山為表現題材，氣勢雄偉，清秀淡雅。廣東的山水風光，多吸取山明水秀的南國自然景色，或高聳入雲，或橫臥天際，姿態多樣，氣魄雄偉，都是深遠山水的實例。
⑤種植。
山水盆景中的綠化點綴，也是製作過程中不可缺少的一環。清代湯貽汾在《畫鑒析覽》中說：“山為體、石為骨、樹木為衣、草為毛發、水為血脈。”表明山水盆景除山石和水之外，還須進行綠化種植。所謂“石頑樹活”，在山水盆景中栽種植物，可增加生氣，協調重心，分隔層次，並提高山水盆景的真實感和優美感。
根據自然界中高山植物垂直分布的規律，由下而上依次分布，為喬木、灌木和草本；山水盆景要表現高山峻嶺，其綠化配置的手法，應是下大上小、近大遠小的透視關係。因此，在山水盆景的種植綠化中，掌握“尺山寸樹”的原則。因實用的山水盆景，一般以“小中見大”
為主，既要適於廳堂陳設觀賞又要達到“咫尺盆盎，可瞻千裏之遙”的藝術效果。所以，要嚴格掌握植物的大小、高度、形態、傾向以及與山石的比例；在樹種的選擇上，要終年常綠、棵株矮壯、枝細葉小、根係發達、適應力強、生長緩慢、易於管理的品種。目前，適用於山水盆景栽種的植物很多。木本植物有五針鬆、大阪鬆、伽羅木、小葉羅漢鬆、真柏、地柏、翠柏、黃金柏、虎刺、火棘、瓜子黃楊、紫杉、六月雪、西湖柳、金錢鬆以及各種矮生竹類；草本植物有蘭花、小菊、文竹、半枝蓮、酢漿草、書帶草、翠雲草等。
⑥鋪苔。
鋪苔在盆景製作工藝中，稱為“鋪翠”，是綠化山水盆景的一種裝飾手法。它既可消除新鮮山石的斧鑿痕跡，增加山石的真實感，又可顯示青山綠水，展現自然美姿的情趣和風韻。
山石鋪苔，方便、簡單。一般常用的山石鋪苔方法有人工上苔法和自然上苔法兩種。
⑦點綴。
在山水盆景內，恰當地點綴一些小配件，可深化意境，點明思想內涵，起到畫龍點睛的作用。山水盆景點綴的構件，種類很多。建築物有寺廟、廬舍、茅屋、樓、閣、亭、榭、塔、橋等；人物有農夫、樵夫、漁夫、牧童、書生、仕女等；動物有禽、畜、獅、虎、豹、熊、白鶴、青蛙、草蟲等，此外，還有車、船等。
配件點綴要因景製宜，以少勝多。各種配件點綴的位置，由景象環境而定。一般以塔置次峰、崖頭或江岸高處；亭子放置山腰，或立丘頂，或臨水際，環境寬暢，便於登眺；榭宜臨水際；茅屋要深隱；風帆偏水一側，具競發之勢；人物點綴，身份要與環境適應，荷鋤農夫在田野，負網漁夫在溪畔，書生、仕女息於亭榭之中；動物小件，點綴也是如此，牛羊在山坡，行馬在途中，雞犬旁村舍，熊貓戲新竹，白鶴浴鬆溪，蚱蜢跳草叢等，每件動物都應有它恰當的置身之處。