那個年代的學者做學問，不像今天那麼方便快捷。當時沒有互聯網，更沒有搜索引擎技術。我們今天用關鍵詞檢索一搜就能找到許多相關資料，而且這些資料往往來源於幾本甚至幾十本書籍，而他們隻能通過翻閱數量有限的史書及其它書籍，如大海撈針一般將知識點逐個摘錄出來。就算是學富五車，記憶力驚人，也難以達到當代人搜集資料的高效率。更何況，我們在電腦前安靜地打開網上圖書館與期刊論文網站時，他們可能還在顛沛流離的逃難狀態，連泡圖書館的機會都沒有。盡管如此，陳寅恪等學者依然不顧條件艱苦簡陋，堅持研究和教學工作。
陳寅恪一度有到英國牛津大學任教的機會。他原本打算把家屬也帶到英國去，奈何歐洲已經進入了第二次世界大戰，這使得陳寅恪一家在香港滯留多日後，不得不返回昆明。第二年暑假，陳寅恪再到香港，一邊在香港大學任客座教授兼中文係主任，一邊等待去英國的機會。誰知沒過多年，太平洋戰爭爆發了。日軍侵占香港，他立即辭去香港大學的職務，在當地閑居，生計十分艱難。
日本侵略者曾經以四十萬元日金的高價來委托陳寅恪創辦親日的“東方文學院”，遭到其堅決拒絕。後來，又有人邀請他去已經淪陷的上海講課，他再度拒絕，並離開香港，從廣州轉移到桂林，先後出任廣西大學、中山大學教授。不久後，又移居燕京大學任教。
這段流離顛沛的日子，並沒有動搖陳寅恪治學研究的決心。他在這一時期不僅完成了繁忙的教學工作，還先後完成了中古史研究的兩大名著——《隋唐製度淵源論稿》與《唐代政治史論稿》。
在這兩部書中，陳寅恪提出了許多新穎的觀點。比如，在中古曆史中著名的“關隴軍事貴族集團”概念，就是形成於這個時期。後來的學術界一致認為，陳寅恪先生這兩部隋唐史專著為後人研究曆史開辟了新途徑。在如此艱苦而動蕩的環境下，陳寅恪依然堅持學術研究，並取得了豐碩的成果，可見其求知精神有多麼堅定剛毅，完全當得起“學術硬漢”的讚譽。
1944年，陳寅恪的好友吳宓也來到燕京大學執教，兩人再度重逢，喜出望外。吳宓感覺陳寅恪在分別之後蒼老了許多。而他最擔心的是陳寅恪的視力問題——陳寅恪的右眼失明已久，全憑左眼工作。數年顛沛流離加上工作繁忙，讓陳寅恪的左眼視力也因勞累過度而大大下降。那時候醫療水平差，貨幣嚴重貶值、物價飛漲。雖然大學教授的工資遠高於普通工人，但在當時的環境下也過得很艱難。1944年12月對陳寅恪來說非常不幸，他的左眼也失明了，致使他不得不住院治療。
吳宓和其他燕京大學師生常去探望陳寅恪，大家都很擔心他因情緒焦躁而讓身體狀況進一步惡化。他們每次去都陪著兩眼不能視物的陳寅恪聊很久。但遺憾的是，陳寅恪的眼科手術失敗，他的視力未能恢複。對於一個學者而言，不能翻閱資料的痛苦好比是長跑運動員失去了雙腿。這幾乎宣告了一代大師的學術生涯到此結束。
曾經有部分運動員因為傷病斷送前程而灰心喪氣，選擇提前結束自己的生命。而在學術界，陳寅恪的老友王國維早早地投湖自盡，給世人留下不少猜疑。就實而論，陳寅恪此時麵對的困難比王國維生前要更棘手。但幸運的是，他在親友們的鼓勵下，以頑強的毅力重新站了起來。
坦然麵對雙目失明的現實後，陳寅恪的情緒也穩定下來了。他出院後，吳宓經常找到他海闊天空，暢通古今中外各種事，為他讀報紙上的新聞，錄下他創作的新詩。陳寅恪在這段時期內創作了不少詩歌，都被吳宓全部整理保存。