佛學研究，是陳寅恪宗教學研究中的一個重要組成部分。二十世紀初，敦煌發現的佛學文獻，應該對他的影響特別大。從他對佛教的研究成果上來看，他的重要部分都是隋唐時期皇室佛教信仰問題，他還為隋、唐乃至宋朝以來的唐僧立傳。他注重中國佛教的源與流的關係，能對以往中國佛教翻譯中存在的問題進行指正。
陳寅恪以曆史的眼光在文章中指出：“漢晉以還，佛教輸入，而以唐為盛，唐之文治武功，交通西域，佛教流布，實為世界文明史上，大可研究者。佛教於性理之學獨有深造。足救中國之缺失，而為常人所歡迎。唯其中之規律，多不合於中國之風俗習慣。故昌黎等攻辟之。然辟之而無以濟其乏，則終難過之。於是佛教大盛。宋儒若程若朱，皆深通佛法者，既善其義理之高明詳盡，足救中國之缺失，而又憂其用夷複夏也。及求得兩全之法，避其名以居其實，取其珠而還其櫝，采佛理之精粹以之注解四書五經，名為闡明古學，實則吸收異教。聲言尊孔辟佛，實則佛之義理，已浸漬濡染。與儒教之宗傳，合而為一。此先儒愛國濟世之苦心，至可尊敬而曲諒之者也。故佛教實有功於中國甚大。”
所以，同一般的佛學研究者不同，陳寅恪的研究是通過探索佛教源頭來找尋出它的變化軌跡，進而揭示出它的傳播和發展規律，最終為改造中國服務。
壹
佛教支持武則天當皇帝嗎
陳寅恪認為，武則天開中國曆史上未有之先河，當上了女皇。為了證明她的地位的合理性，她不得不放棄儒家的理論而采用佛教的經典來維護自己——因為儒家的政治思想明顯反對女人幹政。所以她就改唐朝為周朝，並以佛教的一些觀點和典故來證明自己的合法性。其中有這樣一個故事，既說明武則天弘揚佛法的淵源，也間接說明了武則天當上皇帝的宿因。
相傳佛陀（釋迦牟尼）在世時，有一天托缽行化。在路上他遇見一位女孩子，正與一幫小孩子在路中堆沙嬉戲。這女孩子遠遠看見佛陀率領弟子們魚貫而來，就半開玩笑半認真地用雙手從地上捧了一棒土沙，走到佛陀麵前，將沙子放到了佛陀的缽內。沒想到佛陀居然接受了她的沙土供養。大弟子舍利弗看不下去，心想：這女孩豈有此理，怎麼可以用沙土向佛陀開玩笑。當他們上路時，他忍不住問佛陀道：“世尊，剛才那個女孩子把沙土放進你缽內，你為什麼接受？”佛陀微笑著說：“你們不知道，此女千百年後，因緣成熟，要在東震旦國為王，這時如不受她沙土供養，她將會破壞佛教的。這樣讓她種此善根因緣，到她將來做皇帝時，就會保護佛教，弘揚佛法的。”
相信看了這個故事，人們會一下子就明白，裏麵那個往缽裏放沙土的女孩就是武則天的前身，也會一下子明白編故事的人的真實用意了。那麼，曆史中，佛教支持武則天當皇帝嗎？
陳寅恪經過研究後，給出了明確的答案。佛陀（釋迦牟尼）的原始教義同中國的儒家學說一樣，“輕賤女身”。如《大愛道比丘尼經》中所列舉女人之八十四態，就是明例。
《大愛道比丘尼經》是一部敘述比丘尼祖師大愛道出家因緣的經典。釋迦牟尼成佛後的第十四年，佛主的姨母大愛道因聽說如來正法，就下定決心出家。她三次向佛主請求出家修道，都被佛主拒絕了。這時，佛主帶著眾比丘弟子出發行化，離開了迦毗羅衛城。但是，大愛道出家的心念堅定，並沒有因為佛主的離城行化而斷絕。於是她便和一些女人一道，去追趕佛主他們。至舍衛城時，這些女人們衣服汙濁，滿臉塵垢，身體疲憊不堪，在祗洹精舍門外悲傷哭泣。阿難尊者見這些女人身心憔悴悲傷之極，心起同情，以報答佛母深恩和女眾出家終能證得四果為由，再三向佛陀懇請。終於，佛主以女眾出家必遵守八敬法為條件，允許女性出家。於是，大愛道成為千古第一比丘尼，比丘尼僧團從此誕生。
為了使女性在修行上取得成就，針對女性親情觀念重、心胸狹隘及其生理特征，佛陀製定了一係列的戒律。戒律包括：女性進入僧團出家起，就必須遵守八敬法，到“沙彌尼”時必須遵守十戒，在具有了正式的出家身份——“比丘尼”後所必須遵守的包括日常生活的飲食、起居和行、住、坐、臥的威儀細則，全部有明文規定。同時，佛陀還指出：隻要女眾發菩提心，通過學習戒律，如法行持，克服女人八十四態，最後亦能證果乃至成佛，這是佛陀對女性修道者道果的肯定。