綠色食品加工、貯運是綠色食品生產的重要環節，在場地和設備、人員及管理、原料選擇、加工工藝和貯藏運輸上都有其嚴格的標準要求。
發展綠色食品加工業的意義
綠色食品加工就是利用綠色農、畜等產品為原料進行的食品加工過程。動植物初級產品雖然有些可被人們直接食用，但其中大部分都需經過加工處理後才能被食用或提高其利用價值，它直接關係到農、畜產品資源的充分利用和增值，是實現農業增效、農民增收的有效途徑，對改善食物營養結構，促進我國食品工業的發展具有重要意義。
1.發展綠色食品加工業是提高農、畜產品資源利用率及經濟效益的重要途徑。
2.發展綠色食品加工業是改善城鄉人民食物營養結構的客觀要求。
3.綠色食品加工業必將促進我國食品工業的發展，綠色食品加工業是我國今後食品工業發展的重點領域，已有許多食品加工企業開始進入綠色食品行業中來。由於綠色食品加工產品對生產的標準化要求很高，使用的設備先進，管理水平較高，產品質量好，品質有保證，因此，通過發展綠色食品加工業又可大大促進食品工業的發展。
綠色食品加工的基本原則
綠色食品加工時應本著節約能源和物質再循環利用的原則，注意產品加工的綜合利用。以蘋果為例，用蘋果製果汁，製汁後的剩餘皮渣采用固態發酵生產乙醇，餘渣通過微生物發酵生產檸檬酸，再從剩下的發酵物中提取纖維素，生產粉狀蘋果纖維食品，作為固態食品中非營養性填充物，其餘的剩下的廢物經厭氣性細菌分解產生沼氣。這樣，既提高了經濟效益，又可減少加工中副產品的產生。
綠色食品加工過程中，應保存食品的天然營養特性，必須采取一係列特殊加工工藝，防止或盡量減少加工中營養物質的流失、氧化、降解，最大限度地保留其營養價值。
食品加工過程中，原料的汙染、不良的衛生狀況、有害的洗滌液、添加劑的使用、機械設備材料的汙染和生產人員的操作不當等都有可能造成最終產品的汙染。因此，在食品加工過程中，所需原、輔料必須是經過中國綠色食品發展中心認證的綠色食品；加工區環境衛生和加工用水必須符合有機食品的生產要求，加工所用的設備及包裝材料都要具備安全無汙染，對人體無害；工藝必須科學合理；生產人員有較強的責任心，係統掌握綠色食品生產知識，在操作中避免人為的汙染，以保證食品安全。
綠色食品加工企業在生產中須考慮對環境的影響，應避免對環境造成汙染。畜禽加工廠要遠離居民區並有“三廢”淨化處理裝置，加工企業對加工後產生的廢水、廢氣、廢渣等都須經過無害化處理，既對生產的產品也對外界環境負責。
綠色食品加工對企業管理的要求
綠色食品加工企業應具有完善的管理係統，要借鑒發達國家的經驗，從原料開始對各個生產環節實行監控，有完善的生產規程，健全的規章製度，有條件的企業還應爭取通過ISO14000環境管理體係認證。
綠色食品加工企業必須具有完整的生產記錄，便於質量控製和追蹤管理。企業編製綠色食品加工的生產記錄應包括下列內容：原料來源（外購物資）包括供貨單位名稱、地址、綠色食品產品編號、進貨日期、產品種類和數量，原料批號及標簽（生產日期及儲存方法等）；加工過程包括加工產品數量（生產數量）、加工損耗數量、加工原料配比、生產情況及生產批量、批號、倉儲等。銷售記錄包括買主單位名稱、地址、是否做綠色食品原料或出口、專櫃銷售等，賣出產品的數量、批號、代碼等內容。
綠色食品加工對場地的要求
綠色食品加工場地一般要求廠址遠離重工業區，必須在重工業區選址時，要根據汙染範圍設500～1000米防護林帶。在居民區選址時，25米內不得有排放塵、毒作業場所及暴露的垃圾堆、坑或露天廁所，500米內不得有糞場和傳染病醫院，廠址還應根據常年主導風向選在汙染源的上風向。