一些食品企業排放的汙水、汙物可能帶有致病菌或化學汙染，因此屠宰廠、禽類加工廠等加工企業一般應遠離居民區。其間隔距離可根據企業性質、規模大小按《工業企業設計衛生標準》的規定執行，最好在1000米以上。其位置應於居民區主導風向的下風向和飲用水水源的下遊，同時具備“三廢”淨化處理裝置。
地勢應高燥，水質良好並符合國家飲用水標準，土壤清潔，綠化條件好，交通方便等。
食品加工車間組成及布局要求所需的原料處理、加工、包裝、貯存場所及配套用房，要根據生產工藝順序，按原料、半成品到成品保持連續性，避免原料和成品、清潔食品和汙物交叉汙染。鍋爐房應建在生產車間的下風向，廁所應為便衝式且遠離生產車間。
綠色食品加工對衛生設備的要求
1.有通風換氣設備，保證空氣新鮮。
2.有足夠的照明設備，自然照明要求采光門窗與地麵比例為1∶5，人工照明強度一般為50勒克司。
3.有防塵、防蠅、防鼠設備，車間門窗要嚴密。
4.有衛生通過設備，工人上班前在生產衛生室內完成個人衛生處理後再進入生產車間。
5.有與加工產品數量、品種相適應的工具、容器洗刷消毒間，並有浸泡、刷剔、衝洗、消毒的設備。
6.有汙水、垃圾和廢棄物排放處理設備，下水管直徑不小於10厘米。
7.地麵由耐水、耐熱、耐腐蝕的材料鋪成，並設有排水溝，牆麵用淺色、不滲水、不吸水的材料，使牆壁平整光滑，並在離地2米以下部分鋪砌白色瓷磚，便於清洗。
一般來講，不鏽鋼、尼龍、玻璃、食品加工專用塑料等材料製成的設備都可用於綠色食品加工。在選擇設備時，應首先考慮選用不鏽鋼材料的設備，在一些常溫、常壓和pH值中性條件下使用的器皿、管道、閥門等，可采用玻璃、鋁製品、聚乙烯或其他無毒的塑料製品代替。加工設備的軸承、樞紐部分所用的潤滑油部位應實行全封閉，並盡可能用食用油潤滑。所有設備應盡量做到專用，不能專用時應在批量加工綠色食品後再加工常規食品，加工後對設備進行必要的清洗。
綠色食品加工對加工人員的要求
綠色食品生產者每年至少進行一次健康體檢，接觸食品的生產者必須體檢合格才能從事該項工作。綠色食品生產人員及管理人員必須經過相應知識的係統培訓，對綠色食品標準和操作規範有一定的理解和掌握，才能從事綠色食品加工生產。
綠色食品加工對加工原料的要求
綠色食品加工的原料應有明確的產地、生產企業或供應商的情況。主要原料成分都應是已經認證的綠色食品，最好有自己固定的原料基地，選用的輔料，如食鹽等應有固定的供應渠道，並應出具按綠色食品標準檢驗的權威性檢驗報告。非主要原料若尚無已認證的產品，可以使用經中國綠色食品發展中心批準、有固定來源並已經檢驗的原料。
綠色食品加工原料應具備下列條件：
1.適合人食用的食品級質量，不能對人的健康有任何危害。
2.因加工工藝的要求以及最終產品的不同，各類食品對其原料的具體質量、技術指標要求也不同，但都應以生產出的食品具有最好的品質為原則。隻有選擇適合加工工藝的品質的原料，才能保證綠色食品加工產品的質量。
3.嚴禁用輻射、微波等方法將不宜食用的原料轉化成可食用的食物作為加工原料。