有機作物的生產包括轉換期、輪作、土壤培肥、病蟲草害防治、灌溉及水土保持和生物多樣性保護。不同作物的生產有不同的要求。
有機作物的轉換期是幾年
由常規生產轉向有機生產需要轉換，其轉換期的長短根據作物的生長期而定，一年生作物的轉換期一般不少於24個月，多年生作物的轉換期一般不少於36個月。新開荒地或擱荒多年的土地也要經過至少12個月的轉換期。
怎樣選擇有機作物的品種
在有機作物的生產中，應使用有機種子和種苗。在得不到認證的有機種子和種苗的情況下（如在有機種植的初始階段），可使用未經禁用物質處理的常規種子。同時，要根據引種規律，選擇適宜當地土壤和氣候特點，對病蟲害有抗性的作物種類及品種。在品種的選擇中應該充分考慮保護作物的遺傳多樣性。禁止使用任何轉基因作物品種。
怎樣進行有機作物的輪作
有機作物生產應采用包括豆科作物或綠肥在內的至少三種作物進行輪作。在一年隻能生長一茬作物的地區，允許采用包括豆科作物在內的兩種作物的輪作。除牧草、多年生作物以及在特殊地理和氣候條件下種植的水稻外，禁止連續種植同一種作物。
怎樣進行有機作物的土壤培肥
施肥首先是培育土壤，再通過土壤微生物的作用來供給作物養分。根據有機生產應為一個相對封閉的養分循環係統這一原理，有機肥應盡可能地來自本係統，也要盡可能地將係統內的所有有機物質歸還土壤，要提倡種植豆科作物進行土壤培肥。
有機肥是有機種植的主要肥源，在土壤培肥計劃中，一定要保證有足夠數量的有機肥維持土壤的肥力和其中的生物活性。有機作物生產中使用的所有肥料應對作物和環境無害，這些肥料應以來自有機生產體係為主。在土壤培肥過程中允許使用有機農業體係中的農家肥、作物秸稈和綠肥；允許使用有機農業體係以外生產的餅粕；允許使用礦物質類的鎂礦粉、天然硫磺、石灰石、石膏、黏土、氯化鈣、窯灰、磷礦粉、硼酸岩和瀉鹽類；允許使用微生物製品、天然植物生長調節劑和植物製品及其提取物。在無法獲得允許使用的肥料的情況下，可以在有機生產體係中有條件地使用體係以外生長的秸稈、堆肥，來自未經化學處理木材的副產品及腐殖酸物質，農家肥及充分腐熟的人糞尿，未摻雜防腐劑的動物血、肉、骨頭和皮毛，不含合成添加劑的食品工業副產品，不含合成添加劑的泥炭、骨粉，礦物質類的堿性爐渣，鈣鎂改良劑，鉀礦粉和微量元素。一般情況下，有條件使用的物質必須有特定的來源，並能夠說明未受汙染。
非人工合成的礦物肥料和生物肥料隻能作為培肥土壤的輔助材料，而不可作為係統中營養循環的替代物。
土壤培肥是一種複雜的技術行為，有機農業要求利用有機肥和合理的輪作來培肥土壤，必須綜合考慮肥料、作物、土壤等因素，建立起有機耕作的“平衡施肥”觀念及根據作物品種和土壤供肥性能配合使用各種有機肥，以滿足作物對氮、磷、鉀及其他營養元素的需要和土壤培肥的係統觀念，以確保提供作物足夠的養分，獲得高產，並保持土壤肥力經久不衰。
有機作物怎樣進行病蟲草害防治
針對農藥的種種害處，有機農業從思想意識上提出了與常規農業不同的病蟲草害控製觀，也即農業生產過程是一種人與自然協調相處的過程。病蟲草也是自然界固有的組成部分，對它們的控製是要充分利用生物間的相生相克原理，抑製它們的暴發，將其控製在經濟危害水平之下即可。因此，建立不利於病蟲害發生而有利於天敵繁衍增殖的環境條件，是有機生產中病蟲害防治的核心，可以采用選用抗性植物品種，製定合適的肥水管理、作物輪作和多樣化間作套作計劃，通過建樹籬、築巢保護害蟲的天敵等方法綜合防治病蟲草害。對侵染性病害的防治方法可采用阻止病原物接觸到寄主植物、鏟除或減少病原物、提高寄主植物抗性等。病害嚴重發生時，允許使用抑製作物真菌病害的軟皂、植物製劑、醋、純活性微生物產品；限製使用對環境安全的微生物製劑、漂白粉、波爾多液、石硫合劑、生石灰、硫磺和直接從植物和動物提取的殺菌劑；禁止使用阿維菌素製劑及其複配劑、基因工程產品和化學合成的殺菌劑防治病害。
蟲害發生時，提倡通過釋放天敵如寄生蜂來防治蟲害。允許使用軟皂、植物殺蟲劑或當地生長的植物提取劑等防治蟲害；允許使用視覺性（黃粘板）和物理性捕蟲設施（如防蟲網）防治蟲害；限製使用魚藤酮、植物來源的除蟲菊、乳化植物油、矽藻土、微生物及其製劑如殺螟杆菌、蘇雲金杆菌等；禁止使用基因工程產品和化學合成的殺蟲劑防治蟲害。