當有發生某種疾病的危險而不能通過其他管理技術進行控製時，可接種疫苗，但不允許使用基因工程疫苗。在養殖過程中提倡自然繁殖，限製使用非自然繁殖。禁止采用高技術和高投入的方法進行繁殖，禁止使用三倍體和基因工程技術繁殖養殖生物。
有機水產品的捕撈量不能超過生態係統的生長量，不能影響自然水域的持續生產。要盡可能采用溫和的捕撈措施，使水生生物受到最小的不利影響。盡量減少對活的水生動物的處理，處理時要小心操作。
有機水產品運輸用水的水質、溫度和含氧量應適合運輸對象，盡量減少運輸的距離和頻率。運輸設備和材料必須對生物沒有潛在的毒性影響，在運輸前或運輸過程中禁止使用化學合成的鎮靜劑或興奮劑。要避免或減少水產品在運輸過程中所受的脅迫和機械損傷，要有專人負責運輸對象的健康。
有機畜禽的轉換期有什麼規定
畜禽養殖場的飼料生產基地必須符合有機農場的要求，飼料生產基地的轉換期依照農場的轉換期要求。養殖場內用來作為非草食動物活動場所的草地，其轉換期可以縮短到一年。
飼養的畜禽經過轉換期後，其產品方可作為有機產品出售。不同品種畜禽的轉換期為：肉用牛、馬屬動物需12個月；羊、豬需4個月；乳用畜3個月；出生3天內購買的肉用家禽需10周；蛋用家禽6周。
當養殖者不能買到有機畜禽時，允許購進常規畜禽，但要符合下列條件：肉用家禽，出生不超過3天；蛋用家禽，出生不超過18周；豬、羊出生不超過6周且已斷奶；牛出生不超過4周，接受過初乳喂養且主要以全牛奶喂養的犢牛。
每年引入的常規畜禽不能超過認證的同種成年畜禽數量的10%。在遇到不可預見的嚴重自然災害或事故、農場規模大幅度擴大、農場建立新的畜禽養殖項目及小型農場時，頒證委員會可以允許引入的常規畜禽超過10%，但任何情況下不得超過40%，而且引入的常規畜禽必須經過相應的轉換期。
養殖者可從任何地方引入種公畜，但是引入後必須按照有機方式飼養。所有引入的畜禽都不能受到來自基因工程產品的汙染，包括涉及基因工程的育種材料、藥物、代謝調節劑和生物調節劑、飼料以及添加劑。
有機畜禽飼養對飼料的要求
有機養殖場的畜禽應以認證機構認證的有機飼料和草料飼養。肉用畜禽最多允許使用30%有機轉換期的飼料（以幹物質計）喂養。當轉換飼料來自養殖場自有的牧場時，該比例可以放寬到60%，禁止使用尿素和糞便做畜禽飼料。
在養殖場實行有機管理的第一年，養殖場自產的飼料可以作為有機飼料飼養自己的牲畜，但不能作為有機飼料出售。在有機飼料供應短缺時，可以允許養殖場購買常規飼料和草料。但農場每種動物的常規飼料消費量在全年消費量中所占比例草食動物（以幹物質計，下同）不能超過10%，非草食動物不能超過20%，動物每日最高攝食的常規飼料量不超過每日總飼養量的25%。在遇到不可預見的嚴重自然災害或人為災害、極端的天氣情況，或該地區有機農業尚處在初級發展階段時，可以允許例外。飼喂的常規飼料必須詳細記載，並且要事先征得頒證委員會的許可。
養殖場必須保證反芻動物每天都能得到基本滿足其基礎營養需要的粗飼料。必須保證飼養的畜禽數不超過本養殖場和其合作養殖範圍的最大載畜量，要充分考慮飼料生產能力、牲畜健康和對環境的影響。如果因過度放牧導致對環境的不利影響，則不能獲得認證。必須保證畜禽糞便的貯存設施有足夠的容量，以免畜禽糞便通過直接排放、地表徑流或土壤滲濾汙染水體。初生幼畜在初乳期必須由母畜喂養並能吸吮母乳，禁止過早（仔豬4周內、犢牛3個月內、羔羊6周內）斷奶，或用奶替代品喂養幼畜。
畜禽飼養時允許使用貝殼粉、海草、石灰石、白雲石等作為飼料添加劑。蟻酸菌、乙酸菌、乳酸菌和丙酸菌可用作飼料發酵；添加的維生素應來自發芽的糧食、魚肝油、釀酒用酵母或其他天然物質。經許可，可以限製使用人工合成的維生素和微量元素。禁止以任何形式使用人工合成的生長促進劑（包括用於促進生長的抗生素、激素和微量元素），禁止將基因工程產品用作飼料添加劑。