畜禽養殖所有主要的配料必須獲得認證。配合飼料中的配料加上添加的礦質元素和維生素不能低於95%；添加的礦質元素和維生素可以來自天然或合成產物，但不能含有禁止使用的添加劑或保護劑。動物飼料必須滿足動物的營養需求和飼養目標，並為下列兩種證明方式之一所證實，即各種成分滿足國家相關管理規定或國家有關權威機構規定的要求或除水以外，以配合飼料作為唯一的營養來源飼養健康動物，經國家有關管理機構規定的測定程序測試，能夠滿足動物各生命階段的營養需求。
有機畜禽對飼養的要求
有機養殖場畜禽的飼養環境（圈舍、圍欄等）必須有足夠的活動空間和休息場所；空氣流通，自然光線充足，避免過度的太陽照射及難以忍受的溫度、風和雨；有足夠的墊料；有足夠的飲水和飼料；在不影響畜禽健康的條件下（如不會相互啃咬、打鬥等），同一畜舍至少要飼養2頭（隻）同種動物，以滿足畜禽的生理和行為需要。必要時可以用人工照明來延長光照時間，但一般每天不能超過16小時。
所有的畜禽都必須在適當的季節到戶外放養，但特殊的畜禽舍結構使得畜禽暫時無法在戶外放養（應限期改進）或使用新鮮飼料喂養動物比放養更有利於土地資源的持續利用時允許例外。禁止采用畜禽無法接觸土地的飼養方式和完全圈養、舍養、拴養、籠養等限製畜禽自然行為表達的飼養方式。群居性畜禽不能單獨飼養，但成年雄性動物、患病的動物以及妊娠後期的家畜可以例外。
有機畜禽養殖中的疾病應以預防為主。疾病預防應根據下列原則進行：選擇適當的畜禽品種；根據每個畜禽品種的需要，采用適當的飼養管理方法，增強對疾病的抵抗力和對傳染因素的預防；采用優質飼料，結合有規律的舍外活動；促使畜禽增強抗病力；確定合理的畜禽飼養密度，防止畜禽密度過大導致的健康問題。
允許在畜禽飼養場所使用軟皂、水和蒸汽、石灰水、生石灰、次氯酸鈉、氫氧化鈉、氫氧化鉀、過氧化氫等清潔劑和消毒劑，允許在畜禽飼養場所使用殺鼠劑和有機作物允許使用的植物製劑、純活性微生物產品和醋等。消毒處理時，應將畜禽遷出處理區，並定期清理畜禽糞便。
當養殖場有發生某種疾病的危險而又不能用其他方法控製時；允許采用預防接種（包括為了促使母體抗體物質的產生而采取的接種措施）技術，允許進行法定的預防接種；允許采用自然療法例如使用植物製劑、針灸和順勢療法醫治畜禽疾病。順勢療法指一種疾病治療體係，以小劑量持續使用某種藥物為基礎，這種藥物的大量服用可在健康動物體內產生一種類似於其試圖治療的疾病的症狀。限製使用常規獸藥。
當必須要對患病畜禽使用常規獸藥時，則必須經過該藥物降解期（半衰期）的兩倍時間之後，這些畜禽及其產品才能作為有機產品出售。飼養人員必須對所用物質以及疾病診斷結果、劑量、給藥方式、給藥時間、藥物降解期進行記錄。對於接受過常規獸藥治療的畜禽，大型動物應逐個標記，家禽和小型動物則可按批標記。禁止為了提高畜禽群體的生產力而使用抗生素、抗球蟲藥和其他生長促進劑。禁止使用激素控製畜禽的生殖行為，但激素可在獸醫監督下用於對個別動物進行疾病治療。
有機畜禽在養殖過程中，允許采用為了保持畜禽質量和傳統生產習慣而進行的閹割、斷角、剪羽、仔豬拔牙或斷牙；為了防止蠅蛆病而進行的羔羊斷尾等非治療性手術，但應盡量減少給動物帶來的痛苦，必要時可使用麻醉劑。禁止進行斷尾（除羔羊外）、剪喙、燒翅以及其他沒有明確允許的非治療性手術。
有機畜禽對繁殖和屠宰的要求
有機畜禽的繁殖提倡自然繁殖，允許采用不對畜禽的遺傳多樣性產生嚴重限製的多種繁殖方法，禁止使用胚胎移植技術。
屠宰的有機畜禽必須來自有機養殖場。畜禽在裝卸、運輸、待宰和屠宰期間必須有專人負責照料，並使動物遭受的脅迫和痛苦降低到最低程度。有機畜禽必須在國家衛生防疫部門批準的屠宰場宰殺，有機畜禽和常規畜禽應分別屠宰，屠宰後應分別存放並清楚標記。