二﹑健全農村生態環境保護長效機製
農村生態環境保護涉及到農業、衛生、環保、財政、科技、建設、土地等部門，應該設立農村生態環境保護協調機構，做好統籌協調，出台有關農村生態環境保護的考核辦法，把生態環境保護納入領導幹部政績考核的一項重要內容，以便落實好環境整治和生態保護任務。要發揮公共財政作用，設立農村生態環境保護專項基金，重點支持和扶持環衛設施建設和技術改造，同時積極吸納社會資金用於農村生態環境保護，發揮金融的扶持作用，解決農村環境工程建設的資金問題。
三﹑全麵開展農村生態環境綜合整治
開展農村生態環境綜合整治，要明確整治的重點區域、重點項目，製定科學合理的整治規劃和方案。對農村普遍存在的“垃圾亂倒、糞便亂堆”等髒、亂、差現狀進行集中整治，逐步建立完善農村垃圾處理係統，實現垃圾無害化處理。積極探索建立市場化、專業化、社會化的鎮村保潔服務中心，健全保潔隊伍，解決農村垃圾處理問題。合理布局畜禽養殖場（點），堅決落實養殖業禁建區、禁養區的要求，將養殖與農民改善燃料結構結合起來，大力實施改廚、改廁、改圈，建設沼氣池，實現“一池三改”，使用沼氣燃料。加大農村全麵綠化或硬化步伐，營造優美整潔的村居環境。
四﹑積極推廣生態農業
積極推廣生態農業，要以綠色生產為重點，使養殖業和種植業緊密結合，推行“豬-沼-果（草、漁）”等立體生態種養模式和多層次循環利用的現代化生態農業模式。加強農藥、化肥控製，大力推廣科學施肥技術，鼓勵和引導施用有機肥，培育和發展有機食品、無公害食品和綠色食品基地。
五﹑加強農村生態環境法製建設和科技支持
加強農村生態環境法製建設和科技支持，堅持“誰汙染誰治理、誰開發誰保護、誰破壞誰恢複、誰利用誰補償”的政策，運用法律、行政、經濟手段強化農村的環境管理。有針對性地加強農村汙染防治和實施生態環境建設的科技創新工程，大力推廣循環經濟發展模式，將清潔生產和廢物的綜合利用融為一體，扶持並創建一批集研究、開發、生產、銷售為一體的化廢為利的生物科技企業。
農田水利建設
在20世紀80年代實行家庭聯產承包責任製以來，在許多農村，集體經濟弱化，農田水利設施年久失修的現象非常嚴重，導致農業抵禦自然災害的能力急劇降低，同時，由於濫伐森林導致的水土流失與土壤沙化等生態問題也日益嚴重，所以，必須加強農田水利建設，提高農業抵禦自然災害的能力。為此，各地要積極探索新形勢下開展農田水利基本建設的新機製、新辦法，地方政府要切實承擔起搞好農田水利建設的責任，不斷加大投入力度。
在農田水利建設方麵。根據國家有關部門的安排，在搞好重大水利工程建設的同時，不斷加強農田水利建設。政府將切實加大公共財政對農田水利建設的支持力度，以政府補助資金為引導，以農民自願出資出勞為主體，以農田水利建設規劃為依托，以加強組織動員為紐帶，以加快農田水利管理體製改革為動力，逐步建立起保障農田水利建設健康發展的長效機製，提高灌溉水的利用效率，提高農業抗災能力。重點工作有三項：
一﹑大力推廣節水技術，加快發展節水灌溉
在我國用水總量中，70%屬農業用水，北方高達80％，農業用水的90％是灌溉用水，但利用率僅45%左右。農業節水，特別是現代化農業節水，對緩解我國供水矛盾減少水源浪費，提高水利用率，具有重大現實意義。為此，要繼續把大型灌區續建配套和節水改造作為農業固定資產投資的重點，對全國400多處大型灌區進行續建配套和節水改造，使灌溉水有效利用係數提高到50%。當前農業節水主要的措施，就是推行節水灌溉，這一措施包括合理利用水資源、節水工程措施、節水農藝措施、節水管理措施。推行方式就是利用國家農業綜合開發項目特有的治理措施綜合性、項目管理綜合性、資金投入綜合性等優勢，建設大量小型水源工程（如小水窖、小塘壩）、機電排灌站、機電井、灌排渠係及其配套建築，保證有灌溉條件的地區節水。采取各種形式，對農民進行節水技術培訓，讓他們參與灌溉管理，有條件實施田間及大棚集雨節水灌溉、噴灌、微灌、滲灌，淡化利用微鹹水（地表水）、提高中水再利用率；實行按用水成本和實際用水量供水，在建設防滲灌溉渠道、管道等設施時，配套量水設施，實現農業用水控製和運行自動化。