1986年，瑞金縣機構編製委員會辦公室與縣勞動人事局合署辦公。1988年，成立縣老齡問題委員會辦公室，翌年更名老齡工作委員會辦公室。1990 年，社會保險事業管理所升格為局。1994年勞動服務公司組建成勞務就業管理局。1994年1月1日，縣機構編製委員會製訂《瑞金縣機構編製管理辦 法》，1994年5月瑞金撤縣設市，各機構名稱均冠市名。1996年，市勞動人事局更名為市人事勞動局，市機構編製委員會從市人事勞動局析出。
1997年10月，瑞金市開展機構改革工作，中共瑞金市委、市人民政府聯合頒發《關於切實加強機構編製管理的通知》，強調機構改革重在“轉變職能、理順 關係、精兵簡政、提高效率”，解決“機構臃腫、人員膨脹”等問題。在機構設置過程中，嚴格實行“定職能、定機構、定編製”的方案。
第一節 機構編製
中共瑞金市委機構編製 1986年，中共瑞金縣委共設立11個部（室），定編92人。1987～1996年，先後增設政策研究室、接待科等機構。 1997年，中共瑞金市委機關設立辦公室、政策研究室、信訪辦公室、台灣工作辦、接待科、組織部、宣傳部、統戰部、政法委員會、直屬機關工作委員會、老幹 部局等機構。配置行政編製103名，工勤人員編製25人。
市人民政府機構編製 1986年，縣人民政府共設立行政機構34個，定編 350人，超編137人。1988～1996年間.增設環境保護局、地質礦產局、外經貿局、農業開發辦、經濟體製改革委員會、城市管理辦公室、駐北京辦事 處、駐廈門辦事處、駐南昌辦事處等機構。1997年，商業局、供銷社、物資局、農機局、廣播電視局、二輕局、水土保持局、房地產管理局等劃歸事業機構序 列。市人民政府設立辦公室、經濟體製改革委員會、外事僑務辦公室、城市管理辦公室、計劃委員會、經濟貿易委員會、技術監督局、計劃生育委員會、教育委員 會、農業綜合開發辦、體育運動委員會、科學技術委員會、農村工作辦公室、人事勞動局、機構編製委員會辦公室、公安局、司法局、民政局、革命老根據地建設委 員會辦公室、財政局、地方稅務局、工商行政管理局、物價局、統計局、審計局、建設局、環境保護局、土地管理局、地質礦產局、農業局、林業局、水利電力局、 鄉鎮企業管理局、交通局、糧食局、對外貿易經濟合作局、文化局、衛生局、駐北京辦事處、駐廈門辦事處、駐南昌辦事處等機構。設置國家公務員編製500人， 工勤人員74人。1998年，工商局收歸省管。2000年，地稅局、技術監督局收歸省管。
市人大常委會機構編製 1986年，縣人大常委會設立1室3科，定編19人。1997年，市人大常委會改設5個辦公室，核定行政編製16人，工勤編製5人。
市政協機構編製 1986年，縣政協設立1室2科，定編10人。1997年，市政協改設1室3專委辦，設定行政編製11人，工勤編製4人。
人民團體機構編製 1986年，全縣設立工會、共青團、婦聯、科協、社聯、文聯、僑聯等群團組織，共定編31人。1987～1996年，增設工商聯、殘 聯、計生協、個協等團體。1997年，全市共有11個人民團體組織，共配行政編製21人、事業編製28人、工勤編製1人。
政法機構人 員編製 1986年，縣公安局設立7科3隊1所及13個基層派出所，定編134人。1997年，市公安局下設1中心5科6中隊4大隊及23個基層派出所， 設定編製344人。其中，政法編製165人，事業編製175人，工勤人員4人；1986年，縣人民檢察院設置4個科，定編37人。1997年，市人民檢察 院設7科2室1局1組，設定政法編製53人；1986年，縣人民法院設置1室3庭和4個基層法庭，定編40人。1997年，市人民法院設立5庭4室1科1 個大隊和5個基層法庭，共設置政法編製78人1986年，縣司法局設立1所1處，編製16人。1997年，市司法局設1室1科1處。設定政法編製45人。
事業單位機構編製 1986年，瑞金縣設立事業單位362個，定編6835人，實際用人6728名。1997年，機構改革後，市內多數事業機構改為企 業，少數歸屬主管部門或鄉鎮管理，市直屬事業機構保留檔案局、市誌辦、黨史辦、廣電局、房管局、果業局、農機局、二輕局、旅遊局、水保局、物資局、商業 局、供銷社、黨校、中央革命根據地紀念館等單位，設定編製202個。其中，工勤人員14人。