鑒真一行被安置在同一條船上。不幸這條船在海上又遇到風浪。但是，經過兩個多月的奮戰，曆盡艱險，終於在12月26日到達日本。
佛教從6世紀由朝鮮半島傳入日本後，到了8世紀便很盛行。日本曆朝的統治者都利用佛教來“鎮護國家”。鑒真一行到達日本的消息一傳開，那裏的朝野和佛教界都大為振奮。鑒真到首都奈良那天，日本孝謙天皇派專使在城門迎候。鑒真在人們簇擁下走進了奈良城。奈良城裏街道筆直寬廣，縱橫交錯，“百千家似圍棋局，十二街如種菜畦”，簡直和長安一樣。鑒真一行人感到很親切，好像回到了久別的長安。
鑒真被安置在著名的佛教聖地東大寺。天皇又派遣比鑒真遲20天到達的遣唐使吉備來東大寺，宣讀了詔書，授給鑒真“傳燈大法師”的法號，由他主持授戒傳律。吉備真備還抄錄了鑒真弟子的法名，一一授以名位，贈送禮物。
當時，日本的佛寺有免稅免役的特權。但由於沒有嚴格的授戒製，出家很方便，一般都是僧徒自立佛前，宣誓遵守佛規，即“自誓授戒”，就算有了僧籍。這樣一來，人們紛紛出家，朝廷賦稅收入減少，同時其他流弊也很多。自鑒真到達日本以後，日本朝廷便讓他來推行嚴格完善的授戒製度。朝廷在東大寺興建了戒壇院，連日本聖武太上皇、皇太後、孝謙天皇等也帶頭登壇，請鑒真授戒；接著皇族及沙彌（沒有受具足戒的男性修行者）400多人相繼受戒。但是佛教界一些習慣於“自誓授戒”的高僧，仍不願意登壇受戒。於是，鑒真便多次派弟子去友善地同他們辯論，最後他們終於心悅誠服地登壇受戒了。
這樣一來，鑒真的威望更高了。各地僧侶紛紛前來拜謁鑒真，請求他傳授正規授戒法。為了廣收僧徒，鑒真向朝廷提議，仿照中國五台山清涼寺和衡陽嶽寺，建築一座新寺院。這個提議立即得到朝廷批準。經過鑒真師徒們的苦心經營，新寺院於公元759年8月建成。孝謙上皇（這時他已讓位給淳仁天皇，所以稱“上皇”）親自書寫了一塊匾額，題名為“唐招提寺”。從此，四方僧徒都聚集到這裏來進修佛學，接受戒律；這座寺院，也就成了當時日本最有影響的佛學學校。
鑒真東渡日本，不但傳播了中國的佛學和授戒製度，而且把當時最成熟的唐代文明介紹給了日本。
鑒真很精於醫道。他除了講律授戒以外，還從事醫療活動，傳播醫學知識。他盡管雙目失明，但利用嗅覺、味覺和手指的觸覺，把有關藥物鑒別的知識毫無保留地傳給了日本人民。有一次天皇生病，請了126名精於醫術的和尚給他治醫，結果鑒真等人診治的效果最好，因而受到褒獎。
鑒真和他的弟子們精通佛寺的建築。唐招提寺結構精巧，布局和諧，講求對稱，給人一種莊嚴肅穆的感覺。它吸收了唐代建築的最新成就，對日本寺院建築發生了深刻的影響。
此外，鑒真和他的弟子們在文學、雕塑、繪畫、書法、語言學以及榨糖、作醬油、製豆腐、縫紉等方麵，也都對日本人民作出了寶貴的貢獻。
公元763年5月6日，鑒真大師於唐招提寺宿房，雙腿盤坐，麵朝西方的祖國，停止了呼吸，享年76歲。鑒真逝世之前，他的弟子思托模仿其真容，用幹漆夾苧（zhù，苧麻纖維織的布）的方法，為他塑造了一尊坐像。大師身穿朱紅色褊衫，披著橫披和袈裟，結跏趺（jiāfū盤腿）坐，閉目含笑，再現了他仁慈和藹的儀表和堅毅不拔的意誌。這尊坐像安置在寺東北開山堂內，一直保存到現在，被日本人民視為“國寶”。不久，鑒真逝世的消息傳到他的故鄉揚州，當地僧侶穿了喪服，向東舉哀三天。
鑒真大師為促進中日友誼的獻身精神，永遠留在兩國人民心中。1980年，日本政府還特地把鑒真的坐像送回中國揚州“返裏歸親”，在中日兩國友好關係史中增添了一段佳話。