就這樣，李時珍經過長期的實地調查，搞清了藥物的許多疑難問題，終於完成了《本草綱目》編寫工作。這本書約有200萬字，共52卷，記載了1892種藥材，新增藥物374種，記載處方多達10000多個，附圖1000多幅，成了我國藥物學的空前巨著。其中糾正前人錯誤甚多，在動植物分類學等許多方麵有突出成就，並對其他有關的學科也作出貢獻，就連達爾文也稱讚它是“中國古代的百科全書”。
除了這本能夠影響全世界的《本草綱目》之外，明朝醫學方麵的著作還有《普濟方》《瀕湖脈學》《奇經八脈考》《針灸大成》《類經圖翼》和《類經附翼》等書籍。
中國古代的曆朝曆代之中，農業是立國之本，農業科技的發展就能夠提高國家的發達水平，到了明朝，農學方麵也有了很多非常著名的著作問世。
公元1376年，俞宗本撰寫了一本叫做《種樹書》的農學著作，顧名思義，這本《種樹書》記載的就是如何種植樹木，其中就有很多樹木的嫁接方法，如桃、李、杏的近緣嫁接和桑、梨的遠緣嫁接等方法。
公元1406年，朱橚撰寫的《救荒本草》問世，這個朱橚可不是普通的百姓，他是朱元璋第五個兒子，身為王爺的他對於江山社稷等大事似乎根本就不上心，反而對於醫學和農學非常感興趣。在他的一生之中，他撰寫了四部書籍，其中最著名的就是《救荒本草》，這本書中記載了414種可供食用的野生植物資料，載明產地、形態、性味及其可食部分和食法，並繪有精細圖譜。毫不誇張地說，這本書是開拓了一個全新的領域，那就是野生植物學。
中國封建社會之中，百姓們流離失所的日子並不少，尤其是在每個朝代末期，都會出現賦稅繁重、災害頻繁的現象，到了這種時候，老百姓們也隻能依靠草根、樹皮果腹。朱橚得知了這種情況之後，就決定要描寫一本專門記載這些野生植物的書籍。經過長期的實踐和觀察，記錄了多種野外之物，並且還描述了這些野外植物的外觀特征等，所以，《救荒本草》在植物描述方麵具有較高水平，能抓住植物的一些主要特征。如花基數、葉脈、花序等。此外還使用了一些易為學者和民眾接受，能夠簡潔、確切地描述出植物特征的植物學術語，對植物學的發展有重要作用。
除了種植物方麵得到了發展，就連畜牧業也得到了一定的發展，不過並不是指明朝出現了某種非常罕見的動物，而是出現了獸醫方麵的書籍，這就是由喻仁、喻傑合著《元亨療馬集》，書中記載了很多對動物的治療方法，其中很多種治療方案沿用至今。
農業和紡織業技術的發展，讓明朝在農業生產方麵有了很大的提高，然而科學技術則是改變了中國封建社會以冷兵器擅長的軍事能力，其中最重要的一點就是火藥的廣泛應用。
早在魏晉時期，火藥就已經出現在了曆史的舞台上，但是沒有什麼科技含量，更多的則是用在藥理方麵，到了宋朝，火藥才開始進入軍事領域，但並未完全發揮其功效，直到明朝，火藥在軍事領域的運用才達到了封建社會的頂峰，甚至可以說明朝能夠建立，也得力於火藥武器。
想當年，朱元璋剛剛發展了自己反元的隊伍，但是和蒙古騎兵相抗衡還是非常吃力的，就在這個時候，起義軍中有一個叫做焦玉的人拿出了自己研製的火器，並向朱元璋說明其厲害程度。就是因為擁有了這樣一個寶貝，朱元璋的部隊才能在和蒙古騎兵相對抗的時候取得絕對的優勢。嚐到了甜頭的朱元璋趕緊讓焦玉繼續研究火器，以便對抗其他起義軍部隊。在此之後，當朱元璋和陳友諒交上手的時候，也正是因為合理利用了火藥，才能夠取得關鍵性戰役的勝利，比如洪都保衛戰、比如鄱陽湖大戰。
也正是因為從火藥之中得到了好處，所以縱觀整個明朝，無論哪一個皇帝，都非常注重火藥在軍事領域中的運用，甚至在自己的禦林軍之中也建立了專門使用火藥武器的軍隊——神機營。
神機營並不像是東廠錦衣衛那樣大名鼎鼎，它的主要職責就是“內衛京師，外備征戰”，他們手中所持有的武器正是明朝最先進、最高科技的火槍。據史料記載，神機營成立於永樂年間，朱棣最開始的目的是要建立出一支炮兵精銳部隊，完成特定的軍事任務，這樣說起來，有點類似現如今的特種兵部隊。
可以說在明朝初年，他們所掌握的火藥技術遠遠先進於西方世界，但隨著社會治安的穩定，火藥技術也停滯不前，到了明朝嘉靖年間，反而被西方世界所超過。在這個時期，葡萄牙的海軍常常和海盜相互勾結，對於明朝的沿海地區造成了極大的威脅。一次非常偶然的機會，明朝負責抗擊葡軍的官員發現葡萄牙艦艇上的火炮，覺得這種武器不僅射程遠，殺傷力也足夠強大，如果中國的船隻上麵也擁有這樣的武器，別說葡萄牙了，就連“蘋果牙”也不敢來犯。