等到了元朝的時候，元軍曾經大舉攻打日本，在此之後沒過多久，倭寇就開始對朝鮮進行有計劃的侵擾，和以往不同的是，這一次的侵擾，不僅僅是衝著財物去的，可以說是奸淫擄掠無惡不作，很多平民百姓都因此而喪命，這讓高麗國王感到很大的壓力。可是高麗國的兵力根本就不足以和日本倭寇相抗衡，為了解決掉這個問題，高麗國王給忽必烈寫了一封求救信，希望忽必烈能夠派兵鎮壓，幫助高麗加強防衛。
到這個時候，倭寇已經初步形成了他們的規模和戰鬥作風，公元1307年，倭寇已經不再是簡單的搶劫，他們還身兼另一種身份——日商，他們借著行商作為偽裝，等到了目的地的時候，就開始露出本來麵目。這也是最早倭寇和商人結合起來的事例。
直到公元1335年，日本武士和浪人也加入到了倭寇的隊伍中去，因為在當時日本因為戰事形成了南北對峙的局麵，在這場戰爭當中，日本幾大武士的勢力有興有衰，失去勢力的武士命運很悲慘，要麼貧瘠而死，要麼被人追殺喪命。為了活命，也為了能夠繼續生活下去，他們義無反顧地加入到了倭寇的隊伍當中。
倭寇的形成，大部分原因都和日本當時不太樂觀的經濟環境有關係，人數逐漸增加的倭寇們也不再滿足於對朝鮮半島的掠奪，於是他們將目光放到了更大更富強的中國。他們最早騷擾中國邊境是在元末明初的時候，那時的元朝政府早已沒有忽必烈率領的強大騎兵，長時間的安逸生活讓這些騎兵失去了最基本的鬥誌，再加上朱元璋的明軍日益崛起，元朝騎兵隻好將全部的精力都放在剿滅明軍的身上，倭寇之亂隻是很小的一波漣漪，掀不起大風大浪。或許就是元朝統治者這種放任的態度讓倭寇越發肆無忌憚起來，等到了朱元璋上台之後，倭寇之亂早就成了沿海地區的一大隱患。
朱元璋做了皇帝之後，作風依舊雷厲風行、硬派，對於邊防非常重視，所以在朱元璋在位的時候，倭寇並未形成大患，而他頒布的“禁海令”在一定程度上減少了倭寇來襲的動機，來了也沒東西可撈，所以在明初，倭寇問題不算什麼。
明成祖朱棣既然敢於打開海上門戶，他自然是需要做一番功課的，在公元1404年，也就是鄭和下西洋的前一年，鄭和還做過一件事情，那就是出使日本。《日本一鑒·窮河話海》中記載著：“永樂甲申，倭寇直隸、浙江地方，遣中官鄭和往諭日本王。”而明朝的馮應京在《皇明經世實用編》中這樣寫道：“永樂二年，倭寇浙直，乃命太監鄭和諭其國王源道義。”
既然倭寇並沒有形成多麼大的規模，對中國沿海城市的騷擾也屈指可數，為什麼朱棣要讓鄭和出使日本呢？在明朝的幾個皇帝中，朱棣的目光最為長遠，他非常清楚，對於倭寇這個問題，明朝絕對有兵力、也有能力予以剿滅，可是這並不僅僅是中國人的事情，還關係到外國人，如果貿然剿滅了倭寇，那勢必會影響到中日關係。別忘了，雖然日本國土少，但是離中國距離太近，如若他們突然來襲，對於中國的衝擊，不可小視。出於這樣的目的，鄭和出使日本勢在必行。而且這次的行程，也就權當給鄭和下西洋練練手，讓他熟悉熟悉海洋嘛！
鄭和出使日本，並沒有表現出一個大國的傲慢，相反，鄭和對日本的統治者謙卑有禮，那一次，他們就商業貿易、倭寇問題達成了一個共識，並且簽訂了《永樂條約》。在朱棣執政的時期，倭寇問題似乎得到了長久的解決，可是在此之後的幾個明朝皇帝，卻越發的昏庸、懶惰起來，尤其是邊防的鬆懈，則是給了倭寇一個“來搶我吧”的理由。
倭寇真正對明朝構成威脅是在嘉靖年間，到了這個時候，這台巨大的國家機器早已經是千瘡百孔，需要整修了，可是嘉靖皇帝一門心思就是給自己父母正身，再加上明朝一貫“重文輕武”的政治方向，導致了國家軍隊出現了大量的問題——很多官兵都疏於操練，而且更嚴重的是，有一部分的軍餉都被克扣了，將領們拿不到俸祿，自然就不願意留在軍隊等候皇帝的調遣。據史料記載，嘉靖年間的軍戶逃逸現象非常嚴重。不要小看這個問題，軍戶是統計軍隊兵力的考量標準，如果有戶而無人，那麼一旦打起仗來，皇帝說出兵十萬，可實際上的兵力隻有八萬，那戰爭如何能勝呢？同樣是因為軍隊逃脫人數太多，很多衛所實際上早就沒有了兵力，最誇張的，隻剩下一個人做看守，就連濱海前線的遼東、山東、浙江、福建、廣東衛所都隻剩下30%的兵員。不要以為這些留下的兵力能夠以一當十，這些當兵的，有很多甚至連馬都不會騎，更不要提上陣打仗了，平時他們每天都渾渾噩噩地混日子。
公元1555年，發生了這樣一件事，不僅震驚了嘉靖皇帝，也震驚了後人。在浙江紹興，突然出現了一小股倭寇的蹤跡，人數不多，也就幾十人而已，就是這幾十人，在短短數日之內，竟然“突犯會稽縣，流劫杭州，突徽州歙縣，至績溪、旌德，屠掠過涇縣，趨南陵，至蕪湖。燒南岸，趨太平府，犯江寧鎮，直趨南京。”倭寇所到之處，都有官兵去攔截，可是前麵我們已經說了，當時的官兵能頂什麼用？在這支倭寇隊伍麵前，官兵們就像是小孩辦家家酒一樣，毫無威脅。