胡惟庸一案使淮西集團文臣勢力被鏟除殆盡，剩下的就是武將勢力了。為此，朱元璋又興藍玉之獄。
藍玉也是淮西定遠人，英勇善戰，朱元璋十分器重他。冊封其女為蜀王朱椿妃，同皇帝結為姻親。胡惟庸案中有人告發他與胡有謀，朱元璋不問。藍玉攻伐北元，大勝，朱元璋將他比作漢代的衛青、唐代的李靖，並封藍玉為涼國公。但他私自納元王妃為妾，朱元璋不滿。明朝建國後，藍玉日益驕橫起來，在自己的莊園裏豢養了幾，千名莊奴和家丁，橫行鄉裏，侵占民田，無惡不作。禦史前來按問，也被他鞭打驅逐。此外，藍玉北征歸來，到達喜峰關關口，還不等關吏開門，便率領手下兵丁毀關而入。種種惡跡令朱元璋忍無可忍。
這第二次屠殺的過程和胡惟庸案大致相仿，隻不過此時朱元璋年事已高，時不我待，因此殺戮更為迅速。公元1393年，藍玉被告謀反，立即被逮捕下獄，第三天就被淩遲處死，滅三族。還有些士人，僅僅因為是藍玉的家庭教師，或僅僅因為替藍玉題畫，也作為奸黨被殺。隨後的兩個多月裏，又追究其同謀者，輾轉株連被殺者多達二萬餘。其中包括一國公（開國公常升）、十三侯（景川侯曹震、鶴壽侯張翼、舶艫侯朱壽、定遠侯王弼、會寧侯張溫、沈陽侯察罕、宣寧侯曹泰、懷遠侯曹興、西涼侯淮口、東平侯韓勳、全寧侯孫恪等）、二伯（東莞伯何榮、徽先伯桑敬）、都督十餘人。當然，追究藍黨，主要的目標是勳臣。被治罪的勳臣，許多與藍共過事。有的人早已死亡，但是朱元璋的法律是追溯既往的，於是死者的子孫被株連抵罪。同時，朱元璋還頒布了《逆臣錄》，布告天下。
胡惟庸和藍玉兩案，史稱“胡藍之獄”，共5萬多人被殺。到朱元璋駕崩之時，開國的功臣宿將幾乎被他殺光了。
冤獄大興，還有更荒謬的事。有年元宵節，朱元璋看見一張畫，一個婦人懷抱個西瓜騎在馬上，那馬腳很大。馬皇後是淮西人，淮、懷諧音，他勃然大怒，認為這是有意譏諷馬皇後腳大，因而大殺京城官民中所謂不守本分者，竟數以萬計。此外，還有其他幾大冤獄，也殺了好幾萬人。這樣一來，功臣宿將幾乎都被殺光。幸免的朝臣，每當去上朝，即同家人訣別，因一去上朝，就生死難卜。
朱元璋的濫殺同時也給後代子孫樹立了惡劣的樣板。先例既開，後世效仿，明成祖朱棣以極其殘酷的手段誅殺建文帝時期的臣子，不能不說是受了其父的影響。
●稀奇古怪文字獄
明太祖朱元璋統一全國以後，覺得自己本來就沒有多少知識，說不定文人們也會借機諷刺自己。所以，他對大臣的言談和奏章非常留意，反複揣摩，如果覺得某些地方是在諷刺咒罵他，他就會毫不留情地大加殺戮，造成了許多稀奇古怪的文字獄。
古時的人很注重自己的出身。朱元璋雖然當上了皇帝，但他的出身並不好。他小時候給人放過牛，當過和尚，後來又參加過農民起義。他很忌諱人們提起這些事情，認為這是一種恥辱，和自己的皇帝身份不相配。明初，每當逢年過節，皇帝過生日、冊封皇後和嗣立太子的時候，朝廷內外的官員都要進獻《賀表》，表示祝賀。有一天，杭州府學教授徐一夔替杭州知府寫《賀表》，裏麵有“光天之下，天生聖人，這世作則”的詞句。這本來都是頌揚皇帝的好話，不料，朱元璋讀後卻勃然大怒，大罵到：“這個窮酸的儒生竟敢這樣侮辱我！”朱元璋把《賀表》摔給大臣們看，大臣們看後麵麵相覷，誰也看不出究竟是什麼地方出了毛病。朱元璋對他們解釋說：“‘光’，就是‘禿’，這是在罵我是個禿和尚；‘生’就是‘僧’，這也是在譏諷我當過和尚；‘則’和‘賊’的讀音相近，這是在罵我參加過農民起義，當過賊。你們說，這樣的小人該不該殺？”大臣們聽後個個目瞪口呆，驚得說不出話來。朱元璋傳出一道命令，將徐一夔斬首示眾。
這樣的文字獄實在是防不勝防，不少大臣都是因為幾個字而相繼送命。一個叫許元的人寫了一個《萬壽賀表》，因為其中有“體乾法坤，藻飾太平”兩句話而遭到了殺頭之禍。因為朱元璋認為“法坤”音同“發髡”，意思是罵他曾經剃發當過和尚；“藻飾”音同“早失”，“早失太平”，這不是在詛咒大明政權嗎？可憐許元本來想說兩句奉承的話，卻不料丟了腦袋。還有一個懷慶（在今河南）府學訓導（教師），因為寫了“遙瞻帝扉”四個字而被殺。“扉”和“非”字同音，也被懷疑是在譏刺皇帝。
這一來官員們全都害怕了。字義相同的要殺頭，字音相近的也要殺頭！後來，掌管禮儀的大臣向朱元璋建議說：“陛下，臣子們都很愚昧無知，不知道什麼字應該避諱，您能否製定一個固定的格式，讓臣子們都來遵守？”朱元璋采納了他的意見。公元1396年，朱元璋命人撰寫了賀表的格式，頒布天下。官吏們如遇到慶賀謝恩的事，照賀表的格式抄寫一份就行了。但文字獄並沒有從此而停止，不少官員因為寫錯了字而遭殺害。山東兗州有個名叫盧熊的知州，他給朱元璋上了一道奏書。不知是盧熊大意，還是書吏抄寫時粗心，竟把“充”字誤寫成“袞”字。朱元璋看後大發雷霆，惡狠狠地罵道：“這奸賊太無法無天了，竟然叫我滾蛋哩！”就這樣，一個州官的腦袋又搬了家。