(二)保管方麵，主要由於保管不善，遭致水、火、蟲等自然災害而造成。
水災：《隋書?經籍誌》載：622年，唐攻滅王世充，占領東都洛陽後。盡取隋朝藏書，命司農少卿宋遵貴裝船運往長安，觸礁漂歿。”其所存者，十不一二；其目錄亦為所漸濡，時有殘缺。”又如錢泰吉《曝書誌記》卷下載：宋代藏書家劉韶美購書歸蜀時，”載三船，行至秭歸新灘，一舟為灘石所敗”，也遭到嚴重損失。 火災：程俱《麟台故事》卷二載：宋代秘閣藏書3．628萬卷，宋真宗大中祥符八年(1015年)遭火災燒沒南宋藏書家葉夢得的藏書樓，於1147年和住宅俱蕩之一燎。另據姚福《清溪暇筆》載：明朝英宗正統十四年(1449年)，南京文淵閣藏書．防火不慎，”悉為灰燼”。清朝政府收藏的《永樂大典》正本，也在嘉慶二年(1797年)乾清官火災中被焚。
至於遭受潮濕、蟲蛀、鼠咬的損失就更無法統計了。另外還有的藏書家，把一些孤本、珍本視為古董，深藏拒覽，久之，亦亡去了的。如三國時吳人謝承寫的《後漢書》，早於範曄，內容豐富，頗有參考價值，但由於深藏不露，到清代乾嘉時，才發現了它的收藏線索，章學誠設法訪求而不可見。此書的下落今天竟無跡可尋了。
(三)自身方麵，主要表現為優勝劣汰的自然淘汰。
1．有的書內容繁瑣，在抄書的時代，不便流傳，簡易本出，繁本便被淘汰了。如兩漢時代，今文經學盛行，專家之著甚多，東漢末年鄭玄不承師法，兼采古文經說和今文經說，遍注群經，寫成簡要注本，學者們爭相傳抄，今文經學專著大部亡去。
2．有的書文筆不美，為人厭讀，或流傳失真，或被文筆流暢的同類書取代。如春秋時盛行一時的《墨子》，文詞簡樸，不受歡迎，散失嚴重。又如，寫後漢史的有十五六家，範曄的《後漢書》雖然缺誌，但文章寫得好，為人喜愛傳抄，流傳至今，而其它都散佚了。
3．有的書或內容過時，或體例落後，當後人經過重修。編出新內容或新體例的書，舊書隨之亡去。如班固經過以《七略》的修訂，重寫出《漢書?藝文誌》，《七略》遂亡佚了。又如唐太宗平定天下後，設館書，命顏師古考定五經、孔穎達撰寫疏義，180卷的《五經正義》出，其它經學書籍也散佚了。
總結古文獻散亡的原因，是為了吸取教訓。政治上的禁毀，主要是封建專製主義思想統治的結果，隻要我們建立起民主政治，使國家強大起來，這方麵的災厄，盡可減少；管理上的毀損，主要是缺乏科學管理人才和方法，隻要我們今後注意培養專業人才，增添必要設施。極大限度地發揮他的流通效能，這方麵的損失，也可避免；至於書籍本身的優勝劣汰，則告訴我們必須嚴肅認真地對待自己的著述工作，不要投機取巧，不要粗製濫造，不要寫應時文章，寫出真正有價值的書籍，才能久傳而不亡。能通過曆史鑒定的著作是有價值的著作，能寫出有價值著作的人是有曆史貢獻的人。
1．由於出現較好的新本，舊本遂廢。如南朝宋範曄撰《後漢書》以前，記載東漢曆史的著作已有東漢史臣班固、劉珍、李尤等相繼編撰的《東觀漢記》、三國吳謝承的《後漢書》、晉司馬彪的《續漢書》和華嶠的《後漢書》等近20部。範曄在這些著作的基礎上，又參考其他著作，刪繁補略，撰成《後漢書》。自範書問世後，一則由於範氏文筆很高，時人喜歡傳鈔；二則由於範書僅有紀傳而沒有表誌，易於誦習，大家便爭相傳鈔，而其他諸家之書皆廢。現在諸家之書雖多有後人輯本，已無由窺其全豹。
2．綜合性的著作通行，則分散的記載湮沒。如三國鼎立時期，各國都有曆史記載，著作很多。到晉初陳壽作《三國誌》，才把它們綜合起來寫成一部書。其後裴鬆之作《三國誌注》博采有關三國時期的零散記載多至百數十種，又來了一次大的綜合，足以彌補陳壽的缺遺。後人合陳、裴兩家所綜合的材料來研究三國時期的曆史．感到比較詳盡，於是不再注意那些分散的記載，遂使之逐漸湮沒。又如”五胡十六國”時期，北中國處於連年混戰、動蕩不安的狀態。社會變化劇烈，史事極其紛雜。各國史籍著作者，多至數十家。後魏崔鴻根據這些資料，寫成一部《十六國春秋》。此書既行於世，其它”國別為書”的史籍盡歸散亡。(崔氏書北宋時已散佚，今通行本《十六國春秋》係明人屠喬孫取《晉書》所載十六國事及類書所引《十六國春秋》佚文，彙編而成。)