四月，陝甘總督勒爾謹除調各路援軍赴蘭解圍外，乘蘇四十三義軍圍攻蘭州時，進軍河州，捕殺新教義軍家屬300餘人，於循化廳留以重兵，以斷義軍後路，並將蘭州告危實情飛報清廷。乾隆皇帝閱讀奏報後，大為震怒，嚴斥勒爾謹之玩忽失職，立即降旨：
“今勒爾謹如此辦理，錯謬，其罪甚大，難以姑容，著革職，交刑部治罪。”經刑部依法判處勒爾謹死刑，立即“斬決”。勒爾謹伏案哀泣，願待罪報效，乞求免死。旋降旨，改為“斬監候。”
清廷雖然把製造民族宗教仇殺，激起回族義軍反清的陝甘總督勒爾謹治罪下獄，但蘇四十三率領的反清義軍圍攻蘭州城索釋馬明心的戰鬥愈加猛烈。甘肅布政使王廷讚在窮途無奈之下，遂把馬明心押在城頭上，同時將馬明心的兒子、女婿釋放出城，威逼馬明心向城下義軍勸說罷兵。義軍全體將士，見馬明心氣宇昂然地站城頭上，立即全體跪下禮拜，並誦《卯路經》，齊聲祈禱，聲勢悲壯。而馬明心則用撒拉土語向義軍們鼓勵了一陣，最後把自己的頭巾撕成碎條擲下城去，城下的義軍紛紛爭搶教主的頭巾，貼胸珍藏。王廷讚見狀，萬分膽怯，又深恐城內新教徒有變，使其裏應外合，腹背受敵，便將創立“哲赫忍耶”門宦的新教教主馬明心殺害於蘭州城南西城坡，並大肆捕城內新教回民。
乾隆皇帝得悉蘇四十三義軍圍攻蘭州城更急，便下令調京師健銳火器2000名，命大學士誠謀英勇公阿桂佩欽差大臣關防，自河南工地上馳赴蘭州解圍。並令戶部尚書和珅，超勇候海蘭察、襄勇伯明亮同行助“剿”。又釋原雲貴總督李侍堯以三品頂戴孔雀花翎出獄，急赴蘭州，總管蘭州軍務，並代理陝甘總督（李侍堯在雲貴總督任內，因貪汙罪交由刑部判處死刑，降旨改為“斬監候”）。李侍堯感激皇恩浩蕩不殺之恩，率師配合阿桂，用圍攻戰略，由四麵包圍了蘇四十三的義軍，與戰龍尾山（今望垣坪，即原四墩坪），蘇四十三在清軍兵力、武器絕對優勢下，便率義軍敗退華林山，居高臨下，抗擊清兵。李侍堯、阿桂這兩個殺人不眨眼的劊子手，首先把義軍圍困在華林山，斷絕了義軍對外的聯係。又請調金川屯練番兵1000人，阿拉善蒙古兵700人來助戰，六月十五日，海蘭察、明亮等趁大雨令金川番兵，先驅衝擊。兩軍對峙華林山，清軍從四麵八方向義軍據點突擊，激戰至七月初六日。義軍的防禦工事十分堅固，山的東南是懸崖，西南麵是連接高山的大片後退地帶。清軍接受阿桂設計，滅絕人性地以重兵斷絕了義軍東山下水磨溝取水的水源。
義軍缺乏飲水，就連炒麵也難以下咽。在如此四麵楚歌的困境下，李侍堯便率清軍層層包圍了義軍。在屢攻不克、黔驢技窮之下，李侍堯喪心病狂地於七月初六日縱火焚毀了華林寺院。義軍與清軍血戰達十日之久，因蘇四十三不幸陣亡，義軍陷於群龍無首之境，且彈盡糧絕，滴水不進，終在清軍兵力、武器裝備絕對優勢下，曆時四月餘的回族反清義舉至此失敗。清軍對據守華林寺院的撒拉族壯士全部殺害。義軍中並無一人降清者，全部壯烈就義。清軍隨後又在循化廳地區，對撒拉族人民大肆捕殺。這次反清義舉，充分表現了義軍的民族氣節、浩然之氣和壯義精神。
蘇四十三起義雖然失敗，但這絕非曆史在人為之下結束，卻恰好是民族宗教開拓發展的肇端。蘇四十三及其義軍為反抗清王朝製造民族相互仇殺而全部壯烈捐軀殉難，但曆史的血腥教訓給後世留下的深仇大恨是根深蒂固永不泯滅的。這起血的教訓除清王朝應負全部責任外，畢竟給後世留下了可歌可泣、血淚斑斑的珍貴史料可大書特書。蘇四十三的光輝勝跡，至今眾口成碑，永垂不滅，光照人間。