孔子關於天命鬼神的思想比較複雜。
孔子重視天命，他說“得罪了天，就無從新禱了”。可見天有無比的權威，儼然是有意誌、有人格的神，是世間萬事萬物、凶吉禍福的主宰者。因此，他主張要畏懼天命，畏懼大人，畏懼聖人的話。但麵對春夏秋冬四時在運行，百物在生長的現實，孔子又認為看不出天有什麼意誌。這裏天是指自然的天，並沒什麼神秘的意思。孔子又說不怨天，不責備人，學習一般的知識而懂得高深的道理，知道我的隻有天了。而在他的弟子顏淵死後，他又發出“老天要我的命啊！老天要我的命啊！”這表達了他對天的怨恨情緒。孔子在天命思想上的自相矛盾，是西周末年天命思想的動搖在孔子身上的反映。
孔子對鬼神的態度與對天命的態度類似。他讚美禹“致孝乎鬼神”。又說“不應該祭祀的鬼而去祭祀了，這就是獻媚”。他主張既敬鬼神，又要遠離鬼神。他還說沒能服事好活著的人，怎麼能服事鬼呢？他還不說怪力、亂神，這是對鬼神的懷疑，而把人事看得更為重要。
孔子的認識論基本上是先驗論。他承認有“天才”，認為知識的根本來源是先天就有的，不必通過學習和實踐。他說人生下來就具有天賦的知識，這是最上等的人；經過學習才具有知識的人要次一等；遇到困難還不學習的，就是最下等的了。這樣認識就被分為若幹等級。而“上知”和“下愚”是天生的、不可改變的。他講通過學習而獲得知識，包括聽取各種各樣的意見，有選擇地遵從其中好的意見；多閱讀並把它記住。這是講述獲得知識的過程，更主要地還是強調後天學習的重要性。
孔子的方法論是“中庸”，朱熹解釋“中”的意思是，既不超過也不達不到；“庸”是指平平常常。這比較符合孔子的原意。以孔子說過的“過猶不及”來解釋最合理，太過與不夠都是不符合中庸的。他認為君子是有原則性的，但並不盲目服從，隨聲附和；小人是隨聲附和，盲目服從，而沒有原則性的。即有道德的君子對不正確的言行敢於提出批評，糾正錯誤的意見，以便做到恰到好處。可見，孔子的“中庸”，並不是不講原則，也不是為後來一些朝代的統治者所歪曲的折中調和。它與“明哲保身”的處世哲學絕對沒有共同之處。但是中庸對於事物矛盾及其轉化缺乏深刻的認識，因而容易為後世的統治者曲解，長期以來在中國古代社會中也有消極的作用。