客觀地說，眼下這場足以危及大明朝生死存亡的戰爭確如高儀當日所言，是由總督三邊軍務的兵部侍郎曾銑倡議恢複河套地區而引起的。
曾銑常年總督三邊軍務，曾在陝西、山西等地多次率軍抗擊過韃靼的入侵，他認為，韃靼俺答部占據河套地區之後，屢屢出動軍隊擾驚陝西、山西等地，邊民飽受蹂躪，如被動防禦則處處守製於人，不如主動出擊，收複威脅整個西北邊境的河套地區。因此，他於今年年初向朝廷上《請複河套疏》，提出“中國不患無兵，而患不練兵。複套之費，不過宣大一年之費。敵之所以侵軼無忌者，為其視中原之無人也。”的主張，建議朝廷集中兵力收複河套地區，一舉拔掉蒙古進窺中原的落腳點，確保邊城安寧。這一建議得到了朱厚熜和內閣首輔夏言的讚同，自五月份以來，在曾銑的統一指揮下，明軍延綏、寧夏和固原三鎮兵馬相繼出塞襲擊韃靼湧入河套地區放牧的部眾，俘虜人畜，激怒了韃靼首領俺答。俺答便興師大舉進犯明朝邊境，為了獲取最大的戰果，他沒有選擇兵出偏遠的陝西，而是選擇進擊大同，其目的在於拿下大同占領山西之後，富庶的北直隸便是他的囊中之物，至於近在咫尺的明朝國都北京，他似乎還沒有那麼大的野心和胃口。
大同重鎮的守軍一開始進行了堅決的抵抗，一連三天的激戰使得韃靼軍蒙受了巨大的損失，俺答幾乎有放棄進攻退回蒙古的念頭，但一次征發近乎全族精壯男子發動一場戰爭，斷然沒有輕易敗退的道理，俺答咬著牙命令部眾再次發起進攻，一定要襲破大同，打開南下的大門。
到了第四天，大同的城門樓上突然掛起了一麵白旗；接著，大同城門也打開了，讓韃靼軍隊大吃一驚。疑心有詐的俺答直到大同總兵仇鸞出城拜見之後，才確信自己得了這天大的彩頭。
輕而易舉奪取大同重鎮，令俺答十分高興，仇鸞的投降更使他懷有僥幸的心理，就沒有乘勝督率二十萬大軍大舉進攻北京，而是駐軍大同，派出小股部隊四處搜山，大肆虜掠軍民男婦作為奴隸，還聽從仇鸞的建議，派出使者勸說自大同至京師各處關隘守將投降。
各處關隘的守軍均義正詞嚴地拒絕了俺答和仇鸞的誘降，將使者梟首示眾，在加強城防的同時，還派出部隊積極進擊往來剽掠的韃靼軍隊，使敵人未能達到不戰而勝的目的，反而浪費了大量的時間，失去了趁虛趁亂進攻北京的機會。
派到各處勸降的使者一去不複返，聽到的盡是剽掠軍隊被伏擊的消息，俺答終於明白了明朝軍民堅決抗戰的決心，這才醒悟過來，於九月十六日兵發三路，一路繞過宣府、洪州堡，攻破居庸關以西的白羊口後，直逼北京；一路兩萬人從古北口、密雲出發；俺答與仇鸞親率主力，攻破紫荊關，向北京進發。駐守各城池關隘的明軍皆因積弊重重，導致兵疲將弱，戰力低下，遇到兵強馬壯的韃靼大軍皆是一觸即潰，偶有死守之臣也因兵不耐戰，也未能守，終致韃靼大軍一路直殺至京師，數十萬百姓或喪生敵手或被掠為奴隸，僥幸逃出生天的也隻能流亡異鄉，山西、河北局勢一片糜爛。
各處關隘的守軍盡管未能完成守土抗戰的使命，卻用自己的血肉之軀遲滯著韃靼軍隊的進攻，為北京保衛戰贏得了寶貴的時間。包括河北和順天諸府衛所軍、漕軍以及山東沿海備倭軍士在內的十五萬軍隊已相繼趕往北京；從京城並順天各府之中緊急征招的近五萬精壯之士也已編練成軍，目前京城已經聚集了近三十萬的軍隊，正在日夜加緊操練，嚴陣以待敵人的進犯。
可是，明朝整軍備戰的過程也並不順利。
京師營團軍遇到的刁難隻是其中一例，積弊難除的大明官場在國家風雨飄搖的危難之時，還發生了更為嚴重也更為搞笑之事。最讓朱厚熜啼笑皆非的是，此事還是一直深得他信任和賞識的戶部尚書馬憲成和署理兵部的侍郎曾銑兩人引起的。
各地勤王援軍雖會聚京師，但因倉促出發，都沒有帶糧食，又因調度駐防、劃分防區，一時也顧不上去往通州軍糧庫領取糧秣，兵部便要求戶部先行提供幾日之需，再從各軍糧餉中扣除即可；戶部卻說當日禦前議事定下來各軍若先敵抵達京師，該當自行前往通州領取，前期緊急調運到京師的存糧要做戰時儲備，輕易不得動用。公文轉來轉去，轉了好幾天也沒有著落，兵士們隻領到幾張幹餅充饑，士氣受到很大影響。戶兵兩部鬧到內閣首輔夏言出麵也還是各持一辭，互不相讓，最後將官司打到了禦前，朱厚熜大發雷霆，責令戶部先給各軍發放十日存糧，不能讓士卒餓著肚子去打仗。後來兵部見韃靼尚無立刻進兵之意，便安頓各軍分批去往通州軍糧庫領取糧秣。各軍士卒便有怨言，說什麼曆來從征吃的皇糧皆是由各地官府衙門征調運送，如今卻要他們自家搬運；而順天府征發民夫運糧尚有腳力銀，他們卻未見分毫，朝廷處事如此不公，令將士齒冷心寒雲雲。兵部奏報朝廷之後，朱厚熜隻好下令犒軍。但戶部聲稱江南夏賦尚未解送京師，太倉存銀和周邊數省當年征收的夏賦在整修城防工事及招募鄉勇時業已告罄，犒軍錢糧和諸項費用無從可出，朱厚熜再次大發雷霆，聲稱再拿不出銀子就要抄了戶部自尚書馬憲成至吏員一幹人等的家挪作軍用，戶部這才將原來打著埋伏準備用於臨時救急的五十萬兩銀子拿了出來，跟皇上搜空內庫找出了四十五萬兩湊在一起，很寒磣地給每位將士和義勇軍民一人發了二兩銀子。