由呂芳轉呈海瑞進獻皇上的一塊荷葉米粑，使朱厚熜深切地感動到了眼下迫不及待需要解決的一個嚴重問題——糧食危機，一來時已隆冬，那些無家可歸的難民們若是再吃不飽肚子，隻怕要餓死人。堂堂天子腳下、京畿重地，若是餓殍遍地，朝廷顏麵何在？二來京城數百萬百姓，有幾戶人家吃得起二十兩銀子一石的糧食？國以民為本，民以食為天，百姓無以為食，勢必怨聲載道，朝廷若不趕緊想辦法平抑糧價，民怨沸反之下肯定要出大亂子。大戰初定，京師若再亂了起來，社稷堪憂。因此，他不得不動用戶部掌握的軍儲，與那些糧商打了一場沒有硝煙，沒有流血，卻一樣驚心動魄的糧食之戰！
這場糧食之戰，朱厚熜完全模仿的是後世新中國成立之後，共產黨新政權在大上海與不法投機商之間進行的那場“黃（糧食）白（棉紗）之戰”，即先是提高難民的賑濟口糧標準，並動員英國公張茂等公侯之家將存糧寄賣，引起糧商恐慌性拋售；繼而動用朝廷儲備的軍糧投入糧市，造成糧市的飽和，輕而易舉地將糧價砸了下來，然後再以平價收購糧商囤積的餘糧，補充軍需。至於由廠衛遍布京師的番子暗探放出大量諸如江南漕糧即將運抵京師等消息，則是他的即興發揮，事實證明，此舉也對此次糧食大戰的全勝起到了很大的作用。
非常時期用非常手段，抄那些囤積居奇發國難財的不法糧商的家產以為國用，當然也是可以的，但這樣會帶來很多負麵影響，一來勢必嚴重打擊中國脆弱的商品經濟，不利於剛剛出現於中國的資本主義萌芽的成長；二來京師甫經大亂，百業凋敝，抄了糧商的家，其他行業的商人勢必會有兔死狐悲之感，更不利於盡快安定人心，恢複生產；三來京城還有數百萬居民，這些人日常生活所需還需要那些糧商來交通南北，調劑有無，若是將他們一網打盡，短時期內就必須由政府承擔起糧食供應的職能，國家正值多事之秋，根本沒有這樣的能力——即便是實行戰時經濟體製，對糧食等重要民生物資實行統購統銷，誰又能保證這中間不會滋生腐敗？
經過再三權衡，朱厚熜還是決定隻用純經濟手段，而不是簡單粗暴的行政手段解決糧食危機，雖然取得了全勝，但也付出了很大的代價！
據戶部測算，此次糧食大戰，朝廷雖然收購糧商手中存糧二十萬石，但前期投入糧市的軍儲卻有近四十萬石之多，朝廷糧儲非但沒有增加，反而減少了二十萬石。此外，八十萬難民的口糧標準由每人每日四兩提高到八兩，朝廷每日支出將增加一千二百石，以半年為期，朝廷要多花二十萬石糧食；這還不算暗中補貼給英國公張茂等人的近五萬石糧食。通算下來，朝廷花了二十萬兩銀子，還要多支出四十多萬石糧食，簡直是賠了大本！
這些還都是那些通曉一點經濟之道的官員們的意見，絕大多數的官員根本就想不到去算這個賬，在他們看來，糧商囤積居奇發國難財，本就犯下了不赦之罪，直接抄家拿人了事，何必大費周章地搞什麼平抑糧價，倒讓那些不法糧商賺了朝廷的銀子！
麵對至今還不知道江南叛亂之事的朝臣們眾口一詞的質疑，即便是一意逢迎君上的嚴嵩，攪盡腦汁也隻幫皇上找出了兩個理由：其一，民富則國強，民竭則國衰，藏富於國不如藏富於民；其二，人無信不群，國無信不立，朝廷不可失信於民。
這樣蒼白無力的理由連嚴嵩自己都說服不了，自然不能平息朝臣一片指責之聲，多虧順天巡撫王世恩適時向朝廷遞上了萬**名上呈的謝恩表，每日更有絡繹不絕的難民在端門之外叩謝聖恩，哭聲聞於禁中，那些官員親耳聆聽百姓頌聖之聲，無不感動莫名，得失論爭才稍稍平息。
嘉靖二十三年十二月初七，韃靼終於循來路退回了塞外，戚繼光帶著營團軍騎營回到了京師，隨他們一起回來的，有大批自江南和山東、河南諸省逃回京師的官員和豪強富戶。江南叛亂的消息象一個炸雷一樣震動了京師——
據那些逃回來的官員奏報，江南局勢已極其惡化，叛軍經過前期因爭奪權利而引起的內亂之後，已經穩定下來，先前最早倡亂舉事的荊王朱厚綱不知所終（或許已死於內部爭鬥），實際執掌大權的南京守備魏國公徐弘君、操江總督誠意伯劉計成和南直隸錦衣衛指揮使信國公湯正中等勳貴按“立君以親”的祖宗家法，推舉目前朱明皇族之中親疏倫序最為接近的憲宗第六子、建藩國於江西建昌府的益王嗣子，嘉靖的堂弟益莊王朱厚燁就任監國——因北京畢竟還有一位垂治天下已二十三年的正統皇帝，益莊王朱厚燁雖以太子之禮被迎進南京，卻終歸還是不敢堂而皇之地稱帝改元。天地之事拗不過一個“理”字，當年的燕王朱棣起兵靖難，打下南京之後才敢登基為皇，打著維護春秋大義、祖宗成法旗號叛亂的藩王勳貴自然不能在如此重大之事上違背道統理念！