發行了一千萬兩的國庫券，手裏有了銀子，朱厚熜的底氣硬了許多，便責令內閣並六部有司，詳細磋商並著速辦理當前最為急迫的五大要務：
一是犒賞在北京保衛戰中浴血奮戰、守土衛國的全軍將士，優撫傷員，為陣亡將士舉行國葬並恩恤遺屬，有功之人敘功論賞；
二是增兵守衛大同、真定（今河北正定）、保定、涿州（今河北涿縣）、易州（今河北易縣）等地，加派軍士民夫整修山西至北京沿途城池關隘，派大將重兵駐守，嚴防韃靼軍隊得知江南叛亂的消息之後趁火打劫，再度南下入侵；
三是責令各地官吏組織山西、河北並直隸諸府難民返鄉，發給賑濟口糧和越冬衣被，以借貸或租賃的形式為他們提供明年春耕所必需的種糧和農具，幫助他們恢複生產，並給房屋遭到損毀的百姓加發修繕費用；
四是妥善安置並賑濟自江南逃難的百姓，務必不使一人凍餓而死。
五是加緊征募士卒，編練軍隊，做好平叛的各項準備。
說到征募士卒，此前兵部已從山西、河北逃難至京師的難民之中招募了十萬新兵，使京城各軍總兵力達到了三十多萬。卻因各邊鎮有軍報呈遞朝廷，聲稱韃靼諸部雖已退兵出關，但仍聚集塞上，虎視眈眈，意圖求貢不成還要再度入寇剽掠，朱厚熜不敢調動九邊諸軍南下平叛，隻能依靠如今京城現有兵馬，這些軍隊教之號稱有八十萬之眾的江南叛軍似乎過少，便又責令兵部從江南逃難的難民之中招募十萬精壯男丁，並頒下恩旨，每位從征男子除了可領到十兩銀子、五石米的安家費之外，還授給官田二十畝，用以恩養優撫家屬；所授之田效法各衛所軍屯製度，由官府提供種子、農具，每年收項留足士卒薪餉，所餘之產按半額起課征稅；若是士卒為國捐軀，則除了朝廷例行的撫恤之外，所授之田永歸其家所有，不必繳納賦稅，三代之後準許自行買賣。
應募從征，可以掙得薪餉養家糊口，如今朝廷又額外賞賜二十畝土地，一家老小的生活便更有了著落，這道恩旨得到了那些背井離鄉逃難到北方的難民的熱烈響應，踴躍報名從軍者圍滿了朝廷設在各地的招募點，不數日就超額完成了招募任務。兵部遵上諭，將這二十萬新兵打亂編入京師營團軍和各省衛所軍。如今除了調至大同及京師至大同沿途關隘衛所的兵士之外，京畿各大軍營已聚集了近四十萬大軍，正在加緊訓練之中，一俟朝廷頒下征討江南反賊的王命，就要浩浩蕩蕩殺奔江南諸省戡亂平叛，將那幫辜恩背主、逆天行事的藩王宗室、勳貴官員擒獲，獻俘闕下。
薛林義等眾多謀逆的公侯勳貴是世代簪纓之家，曆年所受朝廷賜給的子粒田甚多，又或買或搶占有了大量的民田，如今被抄沒了家產，朝廷所獲田地多達五十萬頃，足夠分配給新招募的二十萬士卒，但各地官府在發賑之後，卻沒有能力為他們及返鄉的百姓提供明年春耕所必需的種糧和耕牛、農具。新任順天府大興知縣的胡宗憲上疏朝廷，奏請朝廷下詔號召各地商賈富戶和豪紳地主借貸銀錢或實物給百姓，由官府作保，分三年償還，利息由地主與農戶協商酌定，但依據《大明律》之規定，最高不得超過三分，違者依律治罪。朱厚熜與內閣及戶部各位大臣商議，一致認為這是一個好辦法，既能解決眼下的困難，借貸所得利息又能使那些中小地主和商人一樣得到一些甜頭，有助於安定民心，恢複生產，便立即批紅照準，頒行天下參照執行。
胡宗憲的上疏令朱厚熜又想起了一件事：到了明朝之後，他著意打聽過三大高產農作物玉米、馬鈴薯和番薯，得知隻有名為“番麥”的玉米已經自南洋傳到中國，在廣東、福建一帶種植。為了盡快推廣玉米種植，解決全國老百姓，尤其是北方山區百姓的吃飯問題；也為了給日後抗倭有功的胡宗憲創造升官的政績，他曾讓呂芳於嘉靖二十二年年初派出密使，讓時任浙江省杭州府餘姚知縣的胡宗憲在江南引種番麥。胡宗憲雖然覺得此事甚為蹊蹺，但也不敢忤逆鎮撫司上差之命，遂在全縣範圍內試種，當年便喜獲豐收。該年秋，胡宗憲將精選的番麥進獻朝廷，朱厚熜龍顏大悅，責令內閣明發邸報表彰其功，並將番麥賜名“玉米”，下令在江南諸省大規模引種。其後因他身為九五之尊的皇上，要操心的事情實在太多，加之自嘉靖二十三年年初起，朝野上下就接連不斷地鬧起了新政之爭，更引發了韃靼虜賊興師犯境，邊鎮大將投敵叛國這樣的驚天巨變，攪得他終日不得安寧，心煩意亂之下，竟把這件天大的事給忘記了，至於江南諸省是否遵從上諭引種玉米，更是不得而知！