想起了此事，朱厚熜趕緊派人找出胡宗憲去年進貢的玉米，賜給胡宗憲，命已有組織百姓種植玉米經驗的他在大興縣試種。好在胡宗憲進貢的玉米數量並不很多，倒也不必擔心因氣候差異導致引種失敗，造成大麵積農田絕收的問題。不過，為了日後能大規模推廣種植，朱厚熜特地派人又向徽商集團追加了一條新的“考驗”條件：盡力收購已改名為“玉米”的番麥。
徽商集團並不曉得皇上葫蘆裏到底賣的是什麼藥，他們隻知道今年年初之時，江南諸省的確遵從朝廷之命，強迫百姓種植了大量的番麥，但因為飲食習慣的問題，除了少部分缺衣少食的貧苦百姓之外，江南中平之家農戶並不拿皇上親自賜名的“玉米”當日常主食，而是用於喂豬，想必江南叛軍對此的控製也不會很嚴，相對於收購稻米等戰略物資來說，收購玉米要打通的關節和要承擔的風險小上許多，於是欣然接受了皇上追加的條件。
由此，又令朱厚熜想起了目前更為迫切的一個問題：糧食生產。
俗話說民以食為天，自古以來，北方就是缺糧之地，無法實現糧食的自給自足，尤其是自從明成祖朱棣遷都北京起，這個矛盾就更加突出，京城數萬宮人、官吏和九邊諸鎮近百萬將士所需糧食大部分都要靠南直隸、浙江、湖廣等江南各產糧大省接濟。江南叛亂之後，號稱大明王朝“生命線”的漕運斷絕，幾個產糧大省每年數以千萬石計的漕糧便沒有指望了。雖眼下靠著曆年所積下的軍儲，還能勉強支撐一年半載，但若是短時間內不能克複江南，隻一個糧食問題就足以動搖朝廷的統治，甚至有亡國之虞！
考慮到目前絕對不能公開表示對於能否很快平定江南叛亂的擔憂，朱厚熜以 “以糧為綱”為題，召集內閣，六部九卿及順天府等衙門官員參加朝會，專題討論糧食生產問題。
工部尚書林之詮率先提出了一個龐大的計劃：綜合治理黃河。
黃河是中華民族的母親河，華夏文明最早的發源地就在黃河流域。可能是因為後世子孫讓她很失望，她這個做母親的時不時就要發點脾氣，教訓一下自己的孩子，因此黃河水患就成了曆朝曆代政府最頭疼的一件事情。而這一點，在以京杭大運河為生命線的明朝尤為明顯——因黃河每年有大量泥沙淤積，使開封以東河段經常決口泛濫或改道，不但給沿岸百姓生命財產安全造成極大的威脅，而且經常阻斷京杭大運河的正常通航，將京畿及北方重鎮與江南財賦重地之間的主要交通運輸阻斷，導致各種南方物資，尤其是糧食不能及時調運北方。
朱厚熜自去年年初起，便在下旨命工部分段治理漕河的同時，命西北諸省在黃河上遊各地分段整修河道，加固河堤，並大力植樹造林，減少泥沙流入黃河，但這些都不是一朝一夕能見成效的措施。因此，工部奏請朝廷恩準，利用大量江南流民湧入北方之際，采用“以工代賑”的方式，征調三十萬民夫，徹底整修黃河下遊地區。
林之詮表示，曆史上黃河治沙一直采取加寬河道的作法，但成效不佳，工部各位水利專家經過嚴密的考察論證，認為河道緊縮之後，水的流速勢必加快，河水中裹帶的大量泥沙也就不容易沉積下來了，會被直接衝到海裏去，因此，可反其道而行之，采取緊縮河道的方法，解決下遊河沙淤積造成水患的致命問題。而且，原本泛濫的河道經過幾年的淤積，可得數十萬畝良田，每年所產糧食可達上百萬石，當可緩解北方地區對南方產糧區的依賴。
盡管朱厚熜並不懂水利，但也明白這倒是一個兩全其美、一勞永逸的辦法，卻不知道朝廷有沒有這個能力興起如此龐大的工程，便將征詢的目光投向了剛剛傷愈複出的戶部尚書馬憲成。
馬憲成當然明白皇上為何要看自己，扳著指頭為皇上盤算了朝廷的家底之後，認為工部所奏請綜合治理黃河一策功在當代，利在千秋，但工程浩大且曠日持久，已遠遠超出了朝廷目前財力物力所能承受的範圍，因此，這一方略可成萬世之功，卻不能解一時之難，隻能留待他日國家承平、富足之時再做論處，眼下朝廷還需另尋濟時救難之策以解燃眉之急。
如同當頭潑下了一盆冰水，心頭剛剛泛起了一點希望的朱厚熜又皺起了眉頭……