次日朝會之後，朱厚熜留下了內閣各位輔臣和戶部、兵部尚書，商議派俞大猷率江南遊擊軍從海路南下一事。分管兵部的內閣學士李春芳和兵部尚書曾銑都對此深表讚同，但內閣學士、戶部尚書馬憲成對軍需供應一事頗感棘手。朱厚熜表示，戶部隻需籌辦江南遊擊軍南下途中的糧秣，登陸之後，軍需糧秣一部分由海商集團負責供給，另一部分由遊擊軍在當地征集，不是掠食於民，而是照價買賣，若無現錢，也該給百姓打收條，在來年賦稅中加倍衝抵。
皇上的這一聖諭令滿朝大員都覺得匪夷所思：普天之下，莫非王土；率土之濱，莫非王臣，大明朝的百姓都是皇上的子民，理應為朝廷出力。如今朝廷出兵平叛，江南的百姓應該簞食壺漿以迎王師，要錢給錢，要糧給糧才對，怎麼征收一點軍糧還需要給百姓打收條？還要加倍衝抵來年賦稅？哪朝哪代也沒有這樣的規矩啊！
麵對大臣們疑惑的目光，朱厚熜侃侃而談：百姓是水，軍隊是魚，有水才有魚，不能為了節省一點軍費開支而破壞了大明軍民魚水之情；尤其是江南遊擊軍深入叛軍腹地，若無百姓的擁護支持，隻怕有全軍覆沒的危險。再者說來，江南那幫亂臣賊子不過些許逆天作亂的跳梁小醜，多行不義，苛政虐民，朝廷興師南下平叛，本來就是為了解民倒懸，救江南百姓於水火之中，象這樣一支威武之師、仁義之師怎麼能象那些叛軍一樣恣意擾民虐民？不但江南遊擊軍應該如此，日後朝廷平叛大軍更要如此，以政治宣傳為主，軍事打擊為輔。哦，諸位愛卿大概不明白什麼叫做“政治宣傳為主，軍事打擊為輔”，此亦即“攻心為上”之兵法。自古得民心者得天下，隻要朝廷得到我大明臣民百姓的擁戴支持，任憑些許跳梁小醜如何猖獗於一時，又何足道哉……
對於俞大猷和山東備倭軍都指揮同知宋子端分別出任江南遊擊軍正副指揮使，大臣們都覺得可謂知人善任，但有人提出了另一個連帶而來的問題：俞大猷改任他職之後，營團軍就剩戚繼光一人掌之，而他太過年輕，恐威望難以服眾，當另擇賢能任營團軍指揮使一職。朱厚熜說，卿之所慮也不無道理，不過，為保密起見，朝廷組建江南遊擊軍一事不可明發邸報或塘報。既然如此，俞大猷營團軍指揮使一職便不能免去，這段時日且讓戚繼光以副使之職代掌其事。此外，朕以為凡領兵之將，威權皆出於君上，而非出於己。諸將懷忠君之心，自然令行禁止，何來威望不足以服眾之說……
誰都知道營團軍是皇上最為看重的強兵勁旅，既然聖意已經決斷，就沒有人再敢多嘴了。
組建新軍諸事繁多，俞大猷和宋子端夜以繼地日忙碌，從漕軍和山東備倭軍中選將調兵，編練軍伍，忙了大半個月，總算是組建起了江南遊擊軍。
與營團軍一樣，朱厚熜對這支新組建的軍隊傾注了大量的心血。由於遊擊戰的特點，江南遊擊軍隻能裝備少量佛朗機輕炮而無法攜帶重火器。為了彌補漕軍訓練不足，戰力低下的問題，他咬牙將兵工總署突擊生產出的兩千支新式火槍全部裝備給了漕軍。此外，在北京保衛戰中初次登場的“震天雷”顯示出了強大的近戰火力，得到了明軍上上下下的高度重視。戰後，兵工總署軍器局經過多次試驗，終於解決了自拉火引爆的技術難題，已不再需要士兵手持火把點燃引線，但因科技水平畢竟有限，別說是雷管，連安全可靠的火帽（盛放爆炸品用來引爆其它炸藥的紙或金屬容器）也沒有造出來，因此，“震天雷”的延時過短，還不能成為明軍一種重要的製式單兵火器。朱厚熜雖然覺得很遺憾，但俗話說能拔膿就是好膏藥，他也顧不得講究太多，遂賜名曰“手榴彈”，將軍器局那五百名擲彈兵全部調給了江南遊擊軍，還從山東備倭軍中挑選了五百名精通火器的軍卒，經過強化訓練，也裝備上了新式的木柄手榴彈。
江南遊擊軍登船南下的前夜，朱厚熜召見了高拱、汪直和江南遊擊軍隊官以上的軍官，並賜宴，席間舉杯向各位軍官敬酒，懇切地對大家說：“此去江南，山高水遠，為慎密起見，朕明日就無法去送你們了，但朕會在京城之中等著你們的捷報！你們得勝還朝之日，朕更要郊迎三十裏，為全軍將士接風洗塵！”