嘉靖二十六年會試大比，除了照例應有的明經取士之外，還要增開製科和時務科。明經取士，國朝已進行了近兩百年，一切都有舊章祖製可以遵循，增開的製科和時務科由於向無先例，內閣便著令禮部從速研究李唐舊製，擬訂章程，呈報禦覽。
禮部不願恢複李唐六科取士的舊製，將各類時務科與明經取士等而視之，而是參照李唐將製科作為常科補充的舊製，建議先照例舉行會試大比，會試放出杏榜之後，名落孫山的舉子可根據自己的所學所長，報名應試時務科。
此舉固然與皇上剛剛下旨頒布的“唯才是舉詔”略有出入，本意也是出於對時務科的歧視，卻比皇上原本確定的由各省舉薦生員應試的辦法更為合理，也更能廣開進賢取士之門。隻要能為國家盡快選拔各類精通時務的有用之才，朱厚熜也不會不懂裝懂，更不會固執己見地與那些科甲官員計較名分，欣然接受了這一批評意見。
殿試安排上，禮部又跟皇上玩了個花樣：今年大比，朝廷加開了製科和時務科，殿試就得分三場舉行。根據禮部的安排，先舉行時務科殿試，其次是製科殿試，而被人們認定最正宗的明經科殿試則最後舉行。之所以如此，概因朝臣清流們又連上奏疏，跟皇上討價還價，說狀元是“天下第一人”，每科隻能有一個，因此製科和時務科隻取士，不定名次，明經科殿試就要作為壓軸大戲放在最後。
這又違背了皇上剛剛下旨頒布的“唯才是舉詔”的本意，但朱厚熜明白，要想說服這些科甲正途出身的官員接受科舉製度的改革，可不是一朝一夕就能奏效的，不得不再次對萬惡的舊社會、萬惡的科舉取士製度進行了妥協。
唯一讓朱厚熜聊以**的是，既然製科和時務科隻取士，不定名次，那麼也就不必分什麼“一甲進士及第”、“二甲進士出身”、“三甲同進士出身”了，一概都賜進士出身，免得排名不公，傷了那些精通時務的有用之才的心。對於皇上的這個讓步條件，首先內閣首輔嚴嵩便舉雙手讚成——他的兒子嚴世蕃也要應試製科，若是科名落在三甲之外，讓他這個當朝首輔的臉往哪裏擱？對嚴嵩的這點私念，朝臣心知肚明，也就不再節外生枝。
由於皇上曾有言在先，禮部倒沒有在製科上麵玩什麼花樣，老老實實仿照唐朝舊例，應試生員不必經過初選，隻參加殿試。為此，禮部一開始就奏請朝廷控製了應試生員的名額，兩京一十三省共有二百八十六名生員應試。有舉薦之權的朝廷重臣、各地督撫也不敢違背“確保質量”的聖諭，舉薦生員慎之又慎，不敢徇私舞弊，應試之人都是聲名顯赫一方的才子，沒有濫竽充數之人，讓朱厚熜隻看了應試生員的名單，就生出“天下英才盡入吾囊中”的感慨！
呈送禦前的應試製科生員名單，照例按照兩京一十三省列出，順天府排在最前麵，接下來便是應天府。湊巧的是，海瑞的名字恰好正在嚴世蕃的名字下麵一行，不禁讓朱厚熜又想起了海瑞與嚴氏父子之間昔日的恩怨，繼而聯想到近日來嚴嵩雖然沒有貽誤政事，卻似乎有些情緒不佳、萎靡不振，見到自己也一副誠惶誠恐的樣子，他歎了口氣，命人到內閣傳口諭，宣嚴嵩至東暖閣見駕。
過不多時，嚴嵩便來了，在東暖閣外通名之後進來行過跪拜大禮，朱厚熜也不客套地賜坐，開門見山地說道：“嚴閣老，朕想知道嚴世蕃所論時弊是何內容。”
嚴嵩不明白皇上為何會有此問，不由得一愣。
朱厚熜說：“如今隻你我君臣二人在此，並無亂耳之人，朕不妨跟你打開天窗說亮話。朕知道令郎嚴世蕃通曉國典，有實用之才，但科場之事，你們都對朕說要看天命。既然是天命，誰能說的清楚？朕也怕閱卷不細，以致埋沒了令郎的文章，誤了他的科名。朕的意思，你可明白？”
皇上的意思竟是要給兒子開後門！嚴嵩先是一陣感動，隨即又冷靜下來：眼前的這位天子最是高深莫測，焉知這怎又不是在試探自己？從鄉試而始，就派出鎮撫司的緹騎校尉糾察科場風紀，甚至在多個省份鬧出了搜查應試生員肛道這樣有辱斯文之事，惹得天下士人學子群情激憤，險些鬧出亂子來；會試就更不用說了，內閣將擬定的考題呈進之後，皇上遲遲不發回來，直到舉子都要進場了，才將主副考官叫進大內，將緘封的一個信封交給他們，卻又不讓他們打開，非要到主副考官與十八房考官帶著舉子祭拜孔聖之後，才當眾驗封折封，宣布考題。而主副考官與十八房考官在張貼皇榜公布會試中式舉子之前，照例是不能離開考場的，負責監督他們的，仍是鎮撫司的校尉，對科場舞弊行為的防範可謂費盡心機，他又怎能主動給兒子開後門？