次日一早，高拱隨戶部班隊上朝，果然得到諭旨，著他下了早朝，於東暖閣覲見。散朝之後，他便隨黃門官來到東暖閣，不待行禮如儀，朱厚熜就一把拉起了他，感慨地說：“這一去兩年了，肅卿，朕無時無刻不在惦記著你啊！”
高拱曾任皇上秘書，侍奉禦前近兩年，東暖閣是日日都要來的，今日一踏進這熟悉的地方，高拱就覺得心潮起伏；此刻再看到皇上眼中閃爍著晶瑩的淚花，更是激動得不能自已，哽咽著說：“微臣去國萬裏，也是無時無刻不在想著皇上……”
畢竟身為九五之尊的天子，朱厚熜很快就平抑了激動的心情，笑道：“一個是萬民君父；一個是社稷幹城，放著國家那麼多的大事不去料理，卻在這裏做惺惺兒女之態，若是傳了出去，豈不讓人笑掉大牙？肅卿，朕今日要與你說的話，既不能載諸於史冊，也不能被旁人聽了去，朕就把身邊伺候的人都趕走了。你給自己倒碗茶，找個地方坐下我們慢慢說。”
高拱心裏一凜，忙說：“請皇上訓示。”
朱厚熜說：“在閩粵兩省試行開放海禁之事關乎國朝財政之大事，由兩省去辦難免顧此失彼，朝廷當派一得力之人銜命南下主持大局，朕就選了你。你一去兩年，辦成了三件事，兩件足以令你名標青史，流芳百世；另外一件，亦足以令你名標青史，卻是遺臭萬年。你可知道朕說的是哪三件事？”
高拱驚詫地看看皇上，發現皇上雖說一直麵帶笑容，卻不象是在和自己開玩笑，便說：“臣愚鈍，懇請皇上明示。”
朱厚熜笑道：“你大概是不好意思承認自己做了哪兩件流芳百世之事，更不曉得到底做了哪一件遺臭萬年之事吧？”
被皇上揭穿了心事，高拱囁嚅著說：“皇上聖明……”
“先說好的。”朱厚熜說：“一是主持閩粵兩省試行開放海禁，成效顯著；二是找到了番薯並在兩省引種成功。這兩件事功在當代、利在千秋，足以使你高肅卿名標青史、流芳百世。”
接著，他又懇切地說：“兩年之內你呈上的奏疏朕都仔細看了，大致情況也都知道了。可你在奏疏裏說的都是好聽的話。其實，你所遇到的困難、處境之艱辛，你不說，朕大概也能猜到幾分。朕隻說一句，肅卿，辛苦你了！”
誠如皇上所言，孤身一人遠赴東南，幹的又是有違祖製之事，高拱所遇到的困難、處境之艱辛遠非常人可以想象。
嘉靖二十四年五月奉敕南下，高拱先到了寧波雙嶼島，汪直從中穿針引線，他分別見到了盤踞於寧波近海舟山群島上的兩大海商集團——許氏海商集團和福建海商集團的頭麵人物許棟和李光頭，向他們宣讀了皇上廢弛海禁、許開海市及要求各大海商集團盡棄前嫌，團結協作，為國效命，拱衛海疆的聖旨。
盡管要求朝廷廢弛海禁、許開海市是各大海商集團多年以來的願望，但談判的進程並不順利，其間高拱還多次受到了生命威脅——福建海商集團李光頭等人匪氣十足，桀驁難馴，雖說接受了朝廷封授的官職，卻提出了自行委派官吏、“聽宣不聽調”等非分要求；而許氏海商集團，則因嘉靖二十四年年初，浙江官府出兵進剿雙嶼，大當家許一被捕獲處死、三當家許三喪亡，實力受到嚴重削弱，內部更因此分成兩派，一派堅決不與朝廷合作，並揚言要拿高拱這個“朝廷狗官”的頭來祭奠許一、許三兩位當家；另一派雖有歸順之意，卻也對朝廷的誠意表示懷疑，認為朝廷廢弛海禁、許開海市之舉不過是想借海商集團的船隻運送兵馬南下平叛、牽製江南叛軍的權宜之計，等到平定了江南叛亂之後，難免會有兔死狗烹、卸磨殺驢之事。幸好有汪直鼎力襄助，向各位海商頭目一遍又一遍地講述皇上給予自己的優待和禮遇；高拱也放下朝廷欽差大員的架子，與那些海商集團頭目指天起誓、歃血為盟，才使他們勉強接受了肅清海路，共抗倭寇，不得隨意騷擾搶掠沿海居民及正當海商等要求。
好不容易說服了海商集團接受朝廷敕令，答應協助朝廷肅清海路，共抗倭寇，並保證不再隨意騷擾搶掠沿海居民及正當海商之後，高拱又帶著汪直船隊繼續南下，於福建泉州駐錨登岸，借用泉州知府衙門設立了“督辦海市欽使衙門”，隨即便發出內閣廷寄，召集福建、廣東兩省巡撫、布政使及有司官員到泉州，宣讀朝廷廢弛海禁、開立海市的聖旨，會商兩省試行開辦海市之事。
此次會商的艱難程度，比高拱與海商集團談判的難度有過之而無不及。別的不說，隻是說服閩粵兩省那些死抱著“寸板片帆不得下海”的太祖聖訓的官員，就讓高拱費盡了口舌，尤其是因手握重兵，負有保境安民之責，因而在廣東官場一言九鼎的廣東兵備道朱紈，一直負責閩粵兩省海防諸事，曾數度率軍清剿沿海的番商海盜，讓他驟然同意廢弛海禁開放海市，何其難哉！若非高拱得了恩師夏言的指點，奏請皇上為朱紈加南京都察院右副都禦史銜，實授南京兵部侍郎，請他與特加南京兵部尚書銜，實授閩粵總督的前南京兵部侍郎張經共同主持閩粵兩省協同出兵平叛大局，宣讀完聖旨便遠遠地將他打發到了前線，高拱真不知道如何對付那個官場上有名的倔驢子。