盛宴上所發生的那一段不愉快的小插曲，絲毫沒有影響東海艦隊全軍彙合的歡樂氣氛，三日之後，東海艦隊按計劃舉行了整軍大典，營團軍前軍與河南衛所軍正式編入東海艦隊，按照皇上欽定的新式軍製，兩軍被整編為東海艦隊陸戰隊第一師和第二師。
嘉靖二十四年五月，朝廷組建平叛軍揮師南下平叛，朱厚熜便命內閣會同兵部商議製訂全國軍製改革方略，茲事體大，分管軍務的次輔李春芳和兵部尚書曾銑等有司官員遵循聖意拿出了方略，又數易其稿之後，發九邊軍鎮征詢意見並呈報本鎮改製具體方案。九邊軍鎮遵上諭將擬改方案陸續報來，經兵部審閱之後呈送禦覽。各鎮邊帥熟知兵事，明白政令統一，如臂使指的道理，對重建指揮體係並無異議，但都認為，軍、師、旅、團、營、連、排、班各級軍官將佐皆稱為某長，恐引起混淆，奏請朝廷仍保留原有官名稱謂。就連作為明軍軍製改革試點的禁軍各部，也還是沿襲了指揮使、統領等舊稱。
對於這些因循守舊的軍將，朱厚熜也沒有辦法讓他們明白這不隻是一個稱謂問題，而是明軍邁向正規化的第一大步，隻好睜一隻眼閉一隻眼。不過，如今新組建的東海艦隊算是重打鑼鼓另開張，自然也就不能再船行舊路。為此，朱厚熜特下聖諭，著令兵部與五軍都督府任命營團軍前軍正副統領曹聞道和林健分別為第一師正副師長，河南衛所軍統領錢文義為第二師師長，其他各級軍官將佐分別改任旅、團、營、連、排、班長，總算是了卻了心頭一個夙願。
與此同時，東海艦隊也按照新式軍製，將全軍整編為第一、第二、第三分艦隊，並遵照上諭，自此而始，所有戰船不再稱“戰船”，改稱為“軍艦”，按照職能確定名稱，如戰船就稱為“戰艦”，糧船就稱為“補給艦”等等。與之相適應的是，各船管帶改稱“艦長”，船上各級軍官將佐也按各自所司之職確定官銜稱謂，如副艦長、水手長、火炮長等等。
但是，艦隊提督、分艦隊統領官銜稱謂保持不變，這是朱厚熜再次向迂腐陳舊的傳統觀念做出的妥協和讓步。
其實，按朱厚熜原來的想法，從艦隊到分艦隊，各級指揮官應該一律改稱“司令”，這才是他心目中的現代化的海軍。但在他欽定的新式軍製中，已將明軍編製定為軍、師、旅、團、營、連、排、班八級建製，並明確提出，國家承平之時，軍即為最高軍事單位，統由兵部直管；戰時可根據需要，增設兵團，下轄數軍；數個兵團可合並為一個野戰軍或方麵軍，隻有軍級以上的兵團和方麵軍首長才能稱為“司令”。若將一個分艦隊的指揮官就稱為司令，明軍的官階品秩容易引起混亂，更難免會引起其他各軍的嫉妒甚至不快。
此外，當初議定軍製改革之時，內閣分管兵部的次輔李春芳就曾對“司令”這一稱謂提出疑義，朱厚熜振振有辭地解釋說：“所謂‘司令’之‘司’便是執掌、掌握之意；‘令’乃是朝廷之令之意，也便是說方麵軍、兵團之長乃是奉朝廷之令執掌所部兵馬。司令司令，有令才有司，無令便無司，所司之事不過令也！朕以此為名，旨在提醒、告誡為將為帥之人不可忘記朝廷之令而挾軍自用。”這樣的說法當時把李春芳糊弄過去了，但從現在看來，卻是作繭自縛——一個小小的分艦隊，自然不必由內閣或兵部直接下令，而沒有朝廷之“令”，他們還“司”個什麼？
考慮再三，朱厚熜還是覺得現在還沒到能將明軍分拆為陸軍、海軍兩大軍種的時候，為了與其他各軍保持一致，不致招來過多的非議和指責，惹出不必要的麻煩，他不得不搞出了這麼一個土洋結合、古今混用的大雜燴，如同九邊重鎮統軍大將仍稱總兵一樣。
不過，朱厚熜力排眾議，命兵部下令東海艦隊，摒棄了原來以天幹地支為每條戰船命名編號的作法，授予每條軍艦船名，新的船名采用南北兩京、中都鳳陽及一十三省省府、治下各大城市之名。其中，第一分艦隊旗艦——也是東海艦隊提督戚繼光的旗艦——被授予“鎮遠號”；第二、第三分艦隊旗艦則分別被授予“撫遠號”和 “定遠號”之名。
東海艦隊各條戰船——如今應改稱為“戰艦”了——都裝備有兵工總署軍器局專為戰船研製的神龍炮。這兩年裏，兵工總署軍器局在禦製神龍炮的啟發下，研製和製造火器的技術水平有了長足的進步，為海軍研製的艦炮不但比各軍神機營所用的禦製神龍炮威力更大、射程更遠，還更為輕巧。即便如此，朱厚熜仍擔心，讓他們為艦炮設計了導規，解決了火炮發射後的複位問題。此外，各條戰艦從船頭到側舷，吃水線以上都被覆有半寸來厚的鐵板，雖說還不能稱之為鐵甲艦，經軍器局的反複測試，防備佛朗機炮還是沒有問題的。