如今，又有鬥大的鎦金銅字釘在各船船頭，在陽光下閃閃發光，顯得煞是威風。東海艦隊有如此堅船利炮，全軍將士們無不興奮莫名。
其實，朱厚熜早就提出此議，兵部遵照上諭，草擬了一係列船名上呈禦覽，供皇上聖裁決斷，有“龍驤”、“虎賁”、“鎮遠”、“撫遠”、“揚威”等等，個個都是無比響亮，令前來京城參加軍事檢討會的戚繼光看得血脈賁張，滿心以為皇上定會欣然同意，立刻頒旨允行。可是，聖旨卻遲遲未發下來，令兵部和戚繼光都為之提心吊膽。
原來，一看到“鎮遠”、“撫遠”這樣的名字，朱厚熜立刻就聯想到了曆史上那令人扼腕痛惜、更為之悲憤不已的北洋水師，為此，他陷入了矛盾之中——一方麵，中日甲午海戰，北洋水師全軍覆沒，而組建東海艦隊，一是為了平定倭寇，二來也是為了日後遠征日本，用北洋水師的名稱就顯得不大吉利；另一方麵，他非常想以此為東海艦隊命名，來剿滅倭寇、遠征日本的勝利紀念為了保衛祖國而奮勇殺敵，壯烈犧牲的中國第一代海軍鄧世昌等人。不過，猶豫了許久，更經過了激烈的思想鬥爭，朱厚熜還是拋棄了封建迷信的思想，決定采用兵部擬訂的那些名字，並特別將“鎮遠”、“撫遠”和 “定遠”這三個名字賜給了東海艦隊的三支分艦隊的旗艦。
作為被皇上一手簡拔並悉心培養的青年將領，戚繼光自然不敢妄加揣測皇上的心意，隻以為皇上是對東海艦隊的戰力仍不放心，擔心“盛名之下，其實難副”，倍感肩頭責任重大，因而在奉旨覲見之時，慷慨激昂地表示深受浩蕩天恩，自當以身許國，不平倭亂願意以死謝罪。朱厚熜知道他會錯了意，卻也不點破其中原委，而是勉勵他化壓力為動力，從戰略上藐視敵人，在戰術上重視敵人，務必督率全軍從速剿滅長期為禍大明海疆的倭寇海盜。
要將東海艦隊整編為理想中的那支能縱橫四海的海軍，可不隻是改變官銜稱謂和給軍艦命名這麼簡單，朱厚熜已責令兵部會同五軍都督府在著手製訂《明軍條令》的同時，謀劃製訂一部《大明海軍條令》，包括指揮條令、作戰條令、內務條令等等。
當然，朱厚熜也知道，製訂條令是關係著大明軍隊正規化建設的頭等大事，當然不能一蹴而就，又是開天辟地頭一回，沒有任何舊製成例可供參考，難度可想而知，兵部和五軍都督府領旨為明軍製定條令，商議多次仍不得要領便是明證。加之朱厚熜也不是職業軍人出身，隻知道有條令這麼回事，具體什麼內容卻說不出個所以然來，隻好讓他們先根據自己的想法弄出一個草案，發禁軍及九邊督撫將帥廣泛征求意見，做進一步修改完善之後再頒行全軍。五軍都督府所有將領皆出身於步騎之軍，為目前仍被籠統稱之為“明軍”其實是陸軍的明軍製定條令尚且如此之難，更不用說是為前所未有的海軍製定條令了。
不過，為海軍製定一部新的軍功獎懲條例倒是相對容易一些。針對水戰需要全艦人員齊心協力、密切配合，而不是象步騎之戰一樣，可以單打獨鬥，憑借一己之力衝鋒陷陣的特點，朱厚熜指示兵部會同五軍都督府在製訂《大明海軍軍功獎懲條例》之時，不再采用明軍以斬首多少為核定軍功唯一標準的一貫作法，而是以軍艦為單位，以擊沉、擊傷敵方船隻數核定軍功。大致分為三等：一、擊沉敵艦一艘，除了按照敵艦艦隻類型和艦上之敵人數賞銀之外，還可在船頭上釘一顆銅製實心五角星；滿五顆星，全艦官兵同升一級；滿十顆星授予“王牌戰艦”榮譽稱號，艦長亦授“王牌艦長”榮譽稱號。二、擊傷敵艦一艘並迫使其退出戰鬥，可釘一顆銅製空心五角星，兩顆空心五角星等若一顆實心五角星，累計受賞。三、俘虜敵艦等同擊沉，並根據船隻類型加賞數額不等的賞銀。
此外，《大明海軍軍功獎懲條例》之中還特別提出，所有“王牌戰艦”退出現役之後，要永久陳列於各處軍事博物館或海軍學堂，供後世之人瞻仰；所有“王牌艦長”的畫像入海軍名人堂陳列，功勳卓著者的名字還將被命名為軍艦的名字，以紀念他們為大明海軍正規化建設和保衛祖國海疆做出的巨大貢獻，激勵後輩追思前賢，效命家國，縱橫四海，揚威域外。