果然，朱厚熜確實擔憂自己的標新立異之舉惹出麻煩，聽高拱說連總參謀部、總參謀長和各級參謀部都有曆史依據，大為高興：“哈哈，想不到朕竟與古人心意相通。那麼，就效法前朝舊製，在我大明設置總參謀部，在禁軍、九邊重鎮及東海艦隊設置參謀部，你們覺得如何？”
高拱和嚴世蕃心裏一哂：國人所謂前朝舊製，一般都指本朝的列位先帝定下的各項律法規製，但皇上如今信奉“拿來主義”，管他是哪朝哪代，隻要符合自己心意，就不妨拿來一用，實在有些太過於投機取巧了。不過，見皇上如此興致勃勃，別說是他們這些天子近臣、禦前辦公廳的秘書，就算是換作外麵的那些內閣輔臣、六部堂官，大概也都不敢在這個時候和皇上較真。
見高拱和嚴世蕃均讚同此議，朱厚熜就說：“那麼，肅卿，就由你按朕與你談過多次的思路，盡快整理出來呈給朕。”
“臣謹領聖諭。”高拱說：“隻是，總參謀部當設於兵部還是五府，臣尚有疑問，懇請皇上明示。”
高拱不愧是治政大才，一問就問到了要害之處，這個問題不但涉及到五軍都督府與兵部的職權劃分，更涉及到從宋朝一直沿襲到明朝的“以文統武”這一根本的建軍思想。也正因如此，朱厚熜才一直猶豫不決。
明太祖朱元璋興兵開國之時，因臨陣易帥導致大將謝再興投敵，於洪武初年將前元樞密院改為大都督府，節製中外諸軍事；後來擔心大都督府事權太重，於洪武十三年又將大都督府拆分為中、左、右、前、後五軍都督府，各領所屬都指揮使司和衛所，並將軍權分置諸多衙門，互相配合卻也互為擎肘，自此，簡稱“五府”的五軍都督府便與兵部成了一對相互牽製的冤家，比如說軍隊配備調動等軍令及軍官升遷罷黜之權在兵部，兵部卻無權指揮軍隊；五軍都督府雖掌軍籍、軍政，統禦一十七個省府都指揮使司、京衛指揮使司和三百二十九個衛、六十五個守禦千戶所，於名義上掌管全國軍馬，平日卻並不直接統率軍隊，朝廷有事，都督府長官憑詔書和兵部調兵命令，奉令出為將軍總兵官，召集各衛所軍隊，指揮作戰，事定便將軍隊歸還朝廷，再按各自來路分駐各衛所。此外，各地不但有文官出身的總督、巡撫掌管、指揮轄區所有軍隊，各軍之中還有禦史、給事中甚至太監出任監軍，掌控全軍、監視統兵將帥。這樣的作法使得明軍上上下下將不知兵，兵不識將，雖能避免各級統軍將帥挾兵自用，重蹈唐代藩鎮割據、不尊朝廷號令之禍，卻大大地損害了軍隊的戰力。永樂年間，明成祖朱棣為北征蒙古諸部，在京師設立南北大營，以將將兵，平日操練與戰時指揮合二為一，算是想出了一條權宜之計，卻未能從根本上解決這個問題，南北大營也是設了又罷，罷了又設，折騰了一百多年仍未消停，直至朱厚熜借著抗擊韃靼入侵和平定江南叛亂，抽調各地衛所軍的精銳之師，輔之以招募大批流亡百姓從征入伍，在京師組建了禁軍，才稍微緩解了這個矛盾。
但是，以文統武的觀念根深蒂固，絕非組建一支禁軍所能改易的，朱厚熜輕易也不敢去捅這個馬蜂窩。因此，總參謀部到底該由五軍都督府掌管，還是該由兵部掌管，便成為一個讓他十分頭疼的問題--照他原來的想法，象總參謀部這樣的軍事指揮機關，應該劃由五軍都督府掌管；明軍總參謀長也應該由一位職業軍人而非文官出任。可是，軍令由兵部掌管，總參謀部若不能調動、指揮軍隊，還叫什麼總參謀部？