皺著眉頭想了半天，朱厚熜也沒有下定決心，就反問道：“肅卿，那依你之見，總參謀部該歸於哪個衙門掌管？”
說真的，高拱也感到此事非常棘手，一直不敢具本上奏朝廷也正是因為如此。但皇上既有所問，他也不敢隱瞞自己的觀點：“回皇上，這段時日臣一直在思考皇上所說的總參謀部的職權，若以其負責調動、指揮及統管全軍操練校閱諸事而論，與兵部職方司倒有幾分相近……”
朱厚熜明白，高拱提出這樣的建議，自然是出於以文統武的習慣性思維，但確實也是大明軍製的實情。
明朝的兵部雖隻是六部之一，而且，按吏禮戶兵刑工的排序，兵部在六部之中排名還在下半區。但是，其職權範圍之大，絕非後世國防部可以比擬，甚至可以說是幾乎相當於朱厚熜原來的那個時空的中央軍委。其下所設的武選清吏司、職方清吏司、車駕清吏司、武庫清吏司四司，簡直就相當於中國人民解放軍的四大總部。對於四司的優劣，官場中人有段順口溜形容得最為貼切傳神：“武選武選，多恩多怨；武庫武庫，又閑又福；車駕車駕，不上不下；職方職方，又窮又忙。”
在這四司之中，武選司負責全國武職官員遴選、簡任和考功，與吏部文選司一樣，權力最重也最為關鍵，相當於總政治部幹部部。武官職位與文官一樣，縱然同樣品秩的武職也有個輕重肥瘦之分，同樣是正二品的總兵官，手握十萬大軍的九鎮總兵自然要比那隻管著兩三個衛所的中州某省總兵顯赫的多，建功立業的機會也多。而誰任要缺誰任閑差，雖需兵部與五軍都督府會商酌定，報內閣審議並轉呈禦覽由皇上裁奪決斷，卻需要武選司根據平日考功記錄拿出初步意見——沒有武選司優等的考評，憑什麼那些貪圖享受的武將能從邊遠省份調到中州繁華之地；那些期待建功立業封公封侯的武將又怎麼從內地調到邊防九鎮？所以，別說是一般武職，即便是二品的都指揮使、三品的京衛指揮使，甚至是那些封公封侯的九邊重鎮總兵，見了兵部武選司的郎中、員外郎甚至主事也要先行拱手，客客氣氣地稱一聲“大人”，平日打點、節慶孝敬，一點都不敢馬虎。不過，要缺肥缺必定有限，許了張三便得罪了李四，如此一來，自然是多恩多怨。
武庫司負責武器裝備管理、調撥和分發，相當於總後勤部。武庫司雖無製造之責，卻有考究檢驗各州府繳納軍械質量之權，一點伺候不周，便說所繳軍械不合格要拒收。打回重製不但勞神費力，更影響地方官吏的政績考功。因此，每逢交納，各州府押送人等無不從武庫司的郎中、員外郎到主事甚至屬吏，上下打點，指望能安然過關。此外，武庫司還掌管著全軍的裝備分發，各邊鎮、各衛所申領軍械要他們說了才算，不奉上數額不菲的孝敬，即便皇上下旨、兵部堂官發話，武庫司也必定能找到各種各樣的理由搪塞過去，或者以次充好，隨便給上幾件已經鏽得不成樣子的刀槍就把人打發回去。軍械好壞直接關係到戰爭勝負、將士生死，誰敢吝嗇那幾兩銀子？所以武庫司上上下下油水最為豐厚，兵部也有“三年閑武庫，十萬雪花銀”的說法。
車駕司負責火器、攻城車等重型裝備的製造，相當於總裝備部。由於其職能與工部兵仗、軍器兩局重疊，兵工兩部之間推委扯皮，皆是由車駕司引起，是一等難纏之事，兩部堂官經常把官司打到內閣甚至禦前，得罪人不說，還動輒獲罪得咎，成了堂官們爭鬥的替罪羊。不過，車駕司因有大筆的研發經費在手，白花花的銀子水潑似的從手邊過，縱是百般自守清廉，多多少少也能分得一杯羹，所以是兵部除了武庫司之外的一大肥缺，也算是有所失必有所得。因此，車駕司才有“不上不下”的說法。
職方司負責全軍調動、訓練、校閱及軍隊編成、調動等重要事宜，相當於總參謀部。由於職方司要經常巡視邊鎮和各地衛所，經年累月頂風冒雪奔波勞頓，才能換得那少得可憐的幾兩儀程的辛苦錢，哪裏比得上武選、武庫和車駕三司官員坐在安逸舒適的衙門裏喝著茶扯著閑篇收銀子那麼爽？此外，邊境一旦有事，職方司還要審閱九邊重鎮火速上呈的作戰方略，確定打不打、如何打，肩上的責任十分重大。但是，打勝了是兵部堂官和九邊督撫、將帥的功勞，人家升官發財、封妻蔭子，他們頂多能討口湯喝；打敗了卻要承擔責任，罷官充軍、抄家滅族都有可能。說起來，職方司職責之重、權力之大，在兵部四司之中，大概也隻有武選司可以與之相提並論，從郎中到主事終日忙得不亦樂乎，卻實實在在是“又窮又忙”。