又反複斟酌了一會兒，朱厚熜才下定了決心，還是向明朝以文統武的朝廷規製、祖宗家法和傳統觀念妥協，點頭道：“你想的不錯，職方司職責範圍確實與朕心中構想的總參謀部職能大致相當，可見你是經過了深思熟慮的。那麼，依你之見，若是總參謀部歸由兵部掌管，總參謀長一職由誰出任較為適宜？”
禦前辦公廳職能與內閣相近，也是皇上的顧問機構，尤其是收回了司禮監批紅大權之後，兩位辦公廳協辦高拱和嚴世蕃，甚至包括那些還隻是未曾實授官職的翰林院庶吉士的辦公廳秘書們，更成了皇上的機要秘書。朱厚熜經常就各項軍國政務征詢他們的意見，還明確要求他們暢所欲言。因此，高拱也並不矯情地以自己不敢在朝廷人事安排上隨意置喙為理由遜謝，回答道：“回皇上，臣以為營團軍監軍楊博可堪當此大任。”
這個建議也甚為適當。楊博在就任營團軍監軍之前，便是兵部職方司正五品郎中，國朝青年文官之中，論軍事素養，大概沒有人能與他相提並論；加之高拱奉旨南下主持閩粵兩省廢弛海禁開辦海市之後，他接任營團軍監軍，在平定江南叛亂之戰中與戚繼光密切配合，力劈徐州堅城，打開了全軍南下的通道，其後又揮軍強渡長江，為王師不戰而下南京立下了汗馬功勞，顯示出了卓越的指揮才能和協調能力，由他出任明軍總參謀長確實最為合適。
朱厚熜沉吟著說：“楊博的確是總參謀長的上佳人選。他是嘉靖八年的進士，曾在兵部任職近十年，曆任職方司主事、員外郎和郎中，在平叛之役中又有大功，升侍郎資曆也夠了。若是李閣老、曾部堂沒有異議，這事大致就這麼定了。”
略微停頓了一下，朱厚熜又說：“設置總參謀部一事關於我大明整軍備武之大計，非同小可，你該與李閣老、曾部堂並有司官員仔細商議酌定，拿出詳細的章程出來，再征詢張老國公、朱老國公等軍中碩勳的意見，而後由朕看過頒旨允行。朕的意思，既是總參謀部，不再是那又窮又忙的職方司，品秩便要與兵工總署、軍需供應總署相等，總參謀長也掛正三品兵部侍郎銜，以兵部堂官的名義發布命令，那些九邊督撫、總兵才不會等閑視之。”
朱厚熜這麼做可不僅僅隻是為了抬高總參謀部的地位，構建起明軍四總部的架構，還有一層不好明說的原因，就是為了補償楊博——平叛王師一路高歌猛進，勢如破竹，以摧枯拉朽之勢一舉剿平了江南叛亂，八十萬叛軍望風披靡，南京、鳳陽兩都不戰而降，平叛軍各位將士居功甚偉，尤其是作為全軍先鋒的營團軍，力劈堅城徐州，打開全軍南下的通道；其後又更是功勳卓著。可是，由於南直隸倡亂造叛的魏國公徐宏君、信國公湯正中和誠意伯劉計成三位首犯逃遁，未能收取全功，朝廷也不好給平叛軍各位有功之人加官進爵，如今將楊博升任侍郎，也算是略為補償了。
皇上起意要設立總參謀部，高拱便料想會有此節，因而也不驚詫，躬身應道：“臣遵旨。”
朱厚熜又說：“兵部設立總參謀部之後，在各軍也可設置參謀部，甚或可在東海艦隊先行一步作為試點，組建參謀部，以徐渭為參謀長，輔佐元敬執掌、指揮東海艦隊，也就不必擾亂朝廷官製，如元敬奏疏中奏請的那樣，將他改授軍職了。肅卿，你意下如何？”
“微臣不知如東海艦隊參謀部是幾等衙門，參謀長是何品秩，懇請皇上予以明示。”
朱厚熜笑道：“朕就知道你高拱高肅卿還有此問。朕以為，參謀長為一軍主將掌管、調動及指揮所部不可或缺的重要助手，主將有事則由參謀長代掌全軍，戰時還有指揮全軍之責。以此而論，品秩也不宜過低，如東海艦隊這等三品衛指揮使司建製的軍隊，參謀長就應是五品。”
高拱頗為躊躇了一番，才說：“誠如皇上所言，參謀長之職責任重大，徐渭雖通曉兵略，確有大才，但資曆太淺，尚不足以擔此大任，臣以為可委其為東海艦隊參謀，另擇資深望重之人出任參謀長，如此則較為適宜。”