笑過之後，朱厚熜說：“記得上次你從山東回來，朕也是在這裏召見你，你曾憤憤然地說過當地有些庸醫，還有一些大戶人家的儒生膽子忒大，隻憑著一本《千金方》就敢給人治病抓藥，治死了許多災民……”
李時珍突然不顧禮儀地揚起了頭，打斷了朱厚熜的話：“請皇上恕微臣鬥膽回駁一句，臣當日是曾這麼說過，但是微臣卻說錯了。”
朱厚熜提起萊州之事，是為了引出下麵的話題，卻被李時珍打斷了，但他知道大凡有本事之人都有異於常人之處，根本沒有計較李時珍的君前失儀，反而饒有興趣地問道：“哦？怎麼說錯了？”
李時珍沉痛地說：“臣本愚頑不才，卻不該也懷了一顆懸壺濟世之心，最是見不得有人褻瀆杏林之聲譽雅望。當日初到萊州，見到有人胡亂施醫用藥，微臣不勝憤慨之至，不但聲嚴色厲地申斥了他們，還讓知府胡宗憲胡大人給予責罰，回京之後，更在皇上麵前大放厥詞。但是，微臣事後仔細思量，以當日萊州之情勢，百姓先遭水災，又遇酷吏，饑寒交迫，易子而食，萊州一府已成人間地獄、鬼魅世界。那些有錢有勢卻沒有良知的人早就跑了；而那些醫者，還有那些本非醫者的儒生，還能堅持替人施醫診治，傾盡家產、竭盡全力救治災民，已是難能可貴的忠義之舉。這才是真正的醫者父母心。微臣亦自愧不如！是以，微臣既不該對他們求全苛責，更不該以一己偏頗迂腐之見褻瀆聖聽。微臣本該再赴萊州，親自向諸位同門前輩賠罪，因有憲命在身，不能成行，不得不修書給胡大人，拜托他代微臣向他們賠罪，以贖當日不敬之罪於萬一。”
聽到李時珍這一番剖心析肝的話，朱厚熜愣了好一陣子，才感慨地說：“既不藏人善，又不諱己惡，朕當真沒有看錯你李時珍，你真不愧是我大明的社稷重寶啊！”
李時珍正要遜謝，卻聽到皇上又說：“他們與你一樣，都有一顆懸壺濟世之心，這話誠然不謬。不過，他們終歸是用錯了藥，治死了人嘛！依照我大明律法，醫者治死人命，不但該責罰，還應發配充軍，不過是因為沒有苦主告狀，胡宗憲才沒有那樣做而已，說起來已經是法外容情了。而那些災民也真是可憐，水患饑荒都熬過來了，卻死於醫者之手，想來令人不禁為之肝腸寸斷。朕問你，為什麼會出現這樣的事？你可曾想過嗎？”
李時珍毫不猶豫地說：“回皇上，依微臣之愚見，之所以會有這等有心為善卻鑄成大錯之事發生，全因曆代本草著作內容多有錯誤，藥物分類未經精心審查，品數既繁，名稱多雜。或一物析為二三，或二物混為一品；其中不少藥物本身有毒，用之當慎之又慎，竟被認為可久服延年；有的醫書並無藥物標本圖樣，藥名混雜，其形狀及生長分布一概不明，作者並未親身調查，隻在紙上猜度，以訛傳訛，矛盾倍出，使人莫衷一是。如藥物遠誌，陶弘景（南北朝著名醫藥學家）說它是小草，象麻黃，但顏色青，開白花；馬誌（宋代醫藥學家）卻說它形肖大青。又如狗脊一藥，有的說它像萆薢，有的說它像拔葜，有的又說它像貫眾，說法極不一致，後世醫者讀來也糊裏糊塗，以致謬種相傳，遺禍無窮。故此才有山東萊州災民因藥而死之憾事。微臣每每思之，隻覺摧肝裂膽，痛心莫名……”
看到李時珍越說越激動，眼眶之中還隱隱有淚花閃動，朱厚熜不勝欣喜之至：果然不出自己所料！李時珍終究還是李時珍，不會因為我讓他高中製科進士、提拔他做太醫院院判而放棄畢生的誌向！便問道：“既然如此，又該怎麼解決這個問題？”
李時珍突然扭捏了起來：“回皇上，微臣……微臣想辭官歸裏，請皇上恩準……”
其實，李時珍的這個想法由來已久，從山東回京之後更是日甚一日。不過，身受浩蕩天恩，尚未回報於萬一，他實在不好意思提出辭官的要求。今日皇上既然問起此事，他才忍不住提了出來。
“辭官歸裏？”朱厚熜笑了起來：“辭官做什麼？要重修本草，也不必非要辭官啊！”
李時珍沒有想到自己的心思竟被皇上一語道破，不禁怔怔地看著皇上，不知道該如何回話。
見他如此驚詫，朱厚熜笑道：“看來朕沒有猜錯啊！你在太醫院任職，目的並不在於做官，而是要飽覽皇家典藏的古今醫書脈案。從山東回來之後，不但經常出入太醫院藥房，還求著呂芳給你了個宮裏的腰牌，能隨意出入內廷禦藥庫，不是立誌重修本草，你怎麼會整天鑽在藥庫裏不出來？”