至於內閣學士、六部九卿等朝廷輔弼重臣的遴選任用，不但要吏部提出奏議，還需要經過廷推公議，即由勳臣顯貴、部院大臣及六科給事中等要害官員集體投票表決，以得票多寡排序，將得票多的幾個人選上呈禦覽，由皇上從中選出中意之人。對於推舉出來的候選人，皇上若無明確意向，便會采用抽簽的方式，即將各人姓名放在金瓶之中，隨便抓出一兩個來。這麼做貌似荒謬，卻有兩大好處：一來能彰顯皇上公平無私，避免招致“任人唯親”的攻訐；二來等若將選擇權交給了老天，那些候選人無論如何見獵心喜、誌在必得，都得各安天命，未被抽中之人，也隻能怪自己上輩子修的善緣還不夠，卻怪不到皇上或是旁人。皇上青睞的人若不在廷推公議的名單之中，皇上也隻能下旨責令重新推舉，而不能徑直指定人選。
不過，這種頗具民主特色的官員選拔任用製度，到了嘉靖一朝，再次被踐踏無餘。概因嘉靖皇帝即位之初便與朝臣鬧起了“禮儀之爭”，當是之時，大多數朝臣惟內閣首輔楊廷和的馬首是瞻，根本不把年僅十幾歲的皇帝放在眼裏。幾千京官之中，惟有新科進士張熜上疏支持皇上給本生父母上尊號，立刻就被吏部遠遠打發到了南京任職。嘉靖皇帝苦於孤立無援，索性一不做二不休，發中旨將張熜、桂萼、方獻夫等一批官秩低微、在南京或地方任職的“議禮派”官員調到京城，並在數年之內將他們相繼拔擢到部院大臣的高位，命其入閣執掌朝政。那些“議禮派”官員自然投桃報李，對皇帝言聽計從，不再有抗旨回駁之事發生。至此，無論是吏部銓選，還是廷推公議就都成了走過場。其後夏言、嚴嵩等人相繼入閣宣麻拜相，無不是嘉靖皇帝一言立決。經過了長達十幾年的禮儀之爭，朝野內外、官場士林都見識到了這位從外藩入繼大統的年輕皇帝的強橫，縱然對此議論紛紛，卻隻能暗自腹誹。
回到明朝之後，朱厚熜推行新政，觸犯了大多數勳臣顯貴、官紳士子的既得利益，遇到的阻力比嘉靖皇帝當初給父母上尊號有過之而無不及，於是也就船行舊路，按照嘉靖當年的一貫做法隨心所欲地授官任職。雖說是民主的一大倒退，更是諸多藩王宗親、勳臣顯貴反對新政、造逆倡亂的一大借口，卻對推行新政大有裨益。
嘉靖二十三年，高拱自營團軍監軍任上兼任了正四品巡城禦史，便是朱厚熜發中旨封授的。不過情形與以往那些傳奉官或是“議禮派”官員略有不同--當時城外有韃靼大軍圍困，城裏又發生了薛林義、陳以勤謀逆奪宮的奇慘禍變，除了自己欽命組建、由自己一手拔擢的三位親信文武官員高拱、俞大猷和戚繼光執掌的營團軍之外，朱厚熜誰也不敢相信，就將營團軍調入城中駐防，又命時任營團軍監軍的高拱兼上了五城兵馬司巡城禦史。其時京城叛亂初平，內閣及六部九卿各大衙門亂成了一鍋粥，諸多朝廷重臣不是被死傷於亂兵之手，便是有與薛、陳二逆勾結的嫌疑，事急從權，哪裏還顧得上按部就班地走那一整套的任命程序？也沒有事後補辦手續的道理。
雖說在那場事關大明生死存亡的大戰之中，營團軍戰功卓著，身為監軍的高拱被破格擢升也在情理之中；但是，誠如高拱方才所言，仍有不少人或許是迂闊守舊不思變通，更或許是眼紅高拱年紀輕輕便榮膺高位，暗中攻訐他幸進得官，令傲氣自負的高拱好不氣惱憤懣，更成了他的一大心病。可惜平日行走禦前，忙於政務，又無人可以傾訴，隻能一直鬱結於心。今日恩師說到舉薦他升任應天巡撫一事，他就忍不住在恩師麵前大倒起苦水來。