自責了好久，朱厚熜勉強為自己找到了開脫的理由：往昔明軍根本沒有一套完善的後勤供給係統，各省被征調出征的客軍，軍需供應由本省負責。各級地方官員和軍中的糧秣官往往都要上下其手，大肆克扣軍糧，為了補足運往軍中的軍糧數額，總是要買些糙米粗糲以次充好，甚至往米麵之中摻雜大量的穀殼麥麩。軍中將士吃起來如嚼沙礫，卻在不知不覺中補充了所缺的維生素。這一次大軍跨海遠征，在自己的嚴厲督導下，大明王朝上上下下都對此無比重視；全權負責軍需調用轉運諸事的內閣資政夏言又是高拱的恩師，當然會壓著軍需供應總署和東南諸省將白米細麵源源不斷地運到南洋。既有皇上憲命；還有柄國多年的內閣資政眼睛盯著；率軍出征的監軍高拱、主將戚繼光兩人又都是朝野共知的皇上心腹，握有密折奏事之權，動輒就能把事情捅到天上去，軍需供應總署和東南諸省各級地方官府衙門誰敢怠慢，又有誰敢冒著抄家滅族的風險去以次充好、克扣遠征軍的軍糧？也就是說，上上下下都是好心辦了壞事。這也情有可原--明朝人誰知道有維生素B？又有誰知道穀殼麥麩裏含有大量的維生素？至於高拱和戚繼光為何要隱瞞此事，大概是認為區區千餘將士患病，隻是一件小事，不足以驚動朝廷、汙濁天聽。而自己也並不是不重視這個問題--先前東海艦隊在近海剿倭，自己就曾指令東南諸省沿海各州縣為東海艦隊置辦新鮮蔬菜，保證軍中將士日常所需。去年又將罐頭操練了出來，並責令軍需供應總署立即在南北兩京和寧波、泉州等港口城市擇地修建加工廠，隻是建成投產尚需一段時間，目前尚不能大量供給而已……
因為牽扯到自己的心腹重臣高拱和愛將戚繼光，朱厚熜沒有召禦前辦公廳的當值秘書來記錄，而是自己提起禦筆，先給李時珍寫了一份手劄，表揚他忠勤王事、救死扶傷的職業精神，讓他繼續督導遠征軍做好衛生防疫工作。至於軍中出現的那種怪病，倒可不必過於擔心，一來多食瓜果菜蔬，二來三餐雜以粗糧，便能不藥而愈。
接著，他又給高拱、戚繼光寫了一份手劄，嚴厲斥責他們不遵從自己曾經說過的“軍中一應醫事，應悉數聽從李先生的安排調度，任何人不得幹涉”的上諭，瞞報軍中重大疫情。日後但有類似情事，必須即刻奏報，違者嚴懲不貸。並著令他們會商南洋宣慰使司衙門，指示呂宋國提供大量瓜果菜蔬，務必在休整期間治愈軍中病患--跨海遠征不同於當初東海艦隊在近海剿倭，若是從國內轉運新鮮瓜果菜蔬，不但勞時費力，且路途遙遠，等運到呂宋，少說也有一大半都腐爛了，還不如就在當地采辦，照價給值，所需開銷從呂宋國歲貢五十萬兩白銀中扣減便是。同時，自己將責令軍需供應總署給遠征軍調去一部分粗糧，此舉並非朝廷拿不出那麼多的白米細麵，更不是有人故意克扣軍糧，而是為著軍中將士們的健康著想，他們要認真做好解釋工作。
有禦前辦公廳的眾多秘書朝夕侍奉左右、伺候文墨，朱厚熜已經很少自己提筆寫字了。今日一口氣寫了兩封手劄，不免覺得手腕酸困，擱下筆，雙手交叉，活動手腕和十指，同時心中慨歎不已：當年被老師罰抄三十遍、五十遍的作業，也視若等閑、一揮而就。如今才寫這麼區區數百字，就成了這個樣子，真是養移體、居移氣啊！人的惰性固然難以抗拒，可自己身為一國之君，一點疏忽大意，就會誤國誤軍，這次的事情就是一個教訓啊……