想明白了這一點，足利義輝也就不再猶豫，欣然跟隨明國欽使揚帆南下，去往九州。與此同時，戚繼光已經率領禁軍第二軍抵達薩摩。看到明國派出了數萬裝備精良、訓練有素的大軍，即便是隻專注於劍道、並不精通軍略的足利義輝也知道，這些兵力討伐三好長慶那樣的逆賊綽綽有餘，要占領整個日本則遠遠不夠，說明明國並無覬覦日本之念，而是真心幫助自己奪回權位，心中大為歡喜，立刻以幕府將軍的名義，宣布薩摩島津氏為逆賊，將島津氏的領地沒收，“暫借”給明國駐軍；並向九州諸藩和臨近的本州毛利氏頒布命令，要求諸藩大名不得與天朝為敵，共討國賊三好長慶。
足利義輝抵達薩摩，對大明來說也有不少好處--在這期間，俞大猷已經率中朝聯軍掃平了薩摩島津氏的殘渣餘孽，占領了原屬島津氏所有的薩摩、大隅、日向、肥前和肥後等國，稱霸九州上百年的薩摩島津氏，除了新任家主島津義久和駐守肥前的島津義珍兩兄弟逃跑之外，家中諸人不是兵敗身死，就是做了階下囚，真可謂是百年豪族、一朝覆亡。可是，島津氏畢竟經營薩摩等國上百年之久，領民們對其還存有些許舊情，不願意接受新的主人、尤其是來自明國的異族之人的統治；加之明朝設立了九州宣撫司，在薩摩鹿兒島城開府建衙，雖然宣布百姓所應繳納的賦稅比島津氏當年削減三成，卻同時頒下命令，要將島津氏的家臣、武士全家老小一律遷往南洋拓荒墾殖，尋常百姓也要每家各出一名壯丁去往南洋屯田。這無疑是要各家交出人質，還抽走了家中的壯勞力，自然引起了領民們的強烈不滿，一時之間，各地抗租、抗丁的暴亂蜂起，雖然不成氣候，卻給中朝聯軍和剛剛設立的九州宣撫司帶來了許多麻煩。如今，天文天皇和幕府將軍足利義輝都“駕幸”薩摩，足利義輝還以幕府將軍的名義，宣布薩摩島津氏為逆賊，不用說是公開表明了支持明國的態度。那些領民們，甚至包括島津氏家中的許多家臣、武士就都沒有了繼續與明國大軍對抗的理由和勇氣，老老實實地向九州宣撫司呈報了家中人口、田畝，等待著明國抽調壯丁。
此外，九州其他各藩大名，如築後的龍造寺隆信、築前的坡井氏和領有豐前、豐後兩國的大友氏，雖然深知中朝聯軍兵強馬壯，九州第一強藩薩摩島津氏都難擋其鋒，自己更絕非敵手，心中萬分懼怕；卻又礙於武士的尊嚴，不得不征召領民、加強軍備，擺出了一副要殊死抵抗的架勢。足利義輝的命令使他們找到了下台的台階，紛紛遣使向足利義輝遞交了誓書、交出了人質；並與中朝聯軍和九州宣撫司接洽，劃定邊界、締結盟約。遠在本州的毛利氏雖然沒有象九州諸藩一樣毫無保留地接受足利義輝的命令，卻也悄悄將原本已經前出到肥前外海的水軍調回周防灣，隻取守勢保護自己的領地，不再威脅中朝聯軍的後勤補給線。
替明國安撫了九州諸藩大名和民眾之後，足利義輝就催促著中朝聯軍速速發兵北上，討伐三好長慶。但是，俞大猷和戚繼光考慮到，一來九州宣撫司剛剛設立不久，抽調九州倭人壯丁去往南洋拓荒墾殖的事情尚未完成，難保倭人不會再生異心、聚眾作亂；二來原定駐屯九州的倭人營尚未從南洋那邊調來，守備兵力略顯不足，就以九州民情不穩、大軍初到需要休整一段時間等理由，將足利義輝搪塞過去，並好言撫慰足利義輝稍安勿躁，一俟後方穩固，立刻起兵北上，替他討伐逆賊，幫助他複登大位、再掌權樞。同時，俞大猷和戚繼光敦促足利義輝趕緊派出使者，和天文天皇的太子小鬆宮彰仁一道前往大明，拜謁天朝聖君，當麵感謝天朝仁義之舉，以示萬世臣服之心……