除了上麵兩點因素，商氏最終被打敗、政權被取代，最重要和最直接的原因有兩個：一是商氏內部上層勢力的矛盾與分裂；二是在攻滅徐夷之後，班師回朝的過程中，商氏常備軍中的絕對主力和精銳—象軍，遭到了陷阱伏擊，幾近全軍覆沒。絕對主力和精銳的象軍損失殆盡，再加上在征伐徐夷的戰鬥中，商氏的常備軍損傷較大，戰鬥力一下子就跌落了好幾個層次。
對於商帝辛時期，商氏內部高層的矛盾和分裂，我們這裏不去論善惡和對錯，隻把當時大概的情形盡量還原一下。首先，帝辛繼位為商帝，這本身就引發了一個大矛盾。帝辛的父親是帝乙，帝乙的長子叫啟，因為被封於微地，也叫微子啟。而且，據《呂氏春秋》的記載，微子啟、微仲與帝辛是同母所生。因為是長子，同時也因為自身的努力、能力和素質，微子啟繼承帝位的呼聲很高。但是，或許是因為啟出生的時候，啟的母親還不是帝乙的正妃；也或許是因為帝乙對小兒子辛的信任，帝乙最終力排眾議，將辛定為了帝位繼承人。不難想象，商氏這次最高權力的更迭，會引來一次高層勢力的大洗牌，商氏內部高層的矛盾和分裂也是無法避免的。
在權力的核心，手握實權的老男人，和年輕貌美的小女人組合，總會帶來一場天翻地覆的大動蕩。在帝辛之前，有夏後履癸與妺喜這一先例；在帝辛之後，也有周幽王與褒姒這一對後來者；再往後還有很多這樣的例子，最有代表的當然還是唐玄宗和楊貴妃這一對了。與前麵提到的這幾對一樣，商帝辛與妲己這一對權力核心的老少配，也給商帝辛以及商氏帶來了翻天覆地的變化。因為商帝辛生活上的腐化，政治上的武斷以及國事上的懶惰，商氏的政事逐漸陷入昏亂、保守和被動的狀態，並將最終帶來空前的危機。
這些危機的內部表現主要有：因為後宮的齷齪內鬥，商帝辛殺死了九侯的女兒，微子啟離開了商都朝歌，殺死了自己的親叔叔比幹，商氏內舉足輕重的奴隸主大貴族箕子為了自保，隻得開始裝瘋賣傻。這些危機的外部表現主要有：商帝辛殺死了九侯，而九侯是一個與商氏結成同盟的大氏族首領；商帝辛殺死了鄂侯，而鄂侯是另一個與商氏結成同盟的大氏族首領；商帝辛囚禁了西伯侯姬昌，這個姬昌就是後來的周文王了，此時他是商氏西部肱骨氏族周氏的首領。那個時候，商氏有四大重要的同盟氏族，前麵三個都已經受到處罰，商氏的重要同盟如今就隻剩下一個崇侯虎了。而對於商帝辛來說，最最要命的還是象軍的覆滅，此時商帝辛所麵臨的形勢可謂是雪上加霜、內憂外困。