這個時期，貝多芬再度深入了音樂的境地，甚至連他的侄子都會遺忘。由於卡爾沒有合適的人管教，他便隨心所欲地做各種自己喜歡的事。
後來，貝多芬把卡爾交給一個牧師管理，然而6個月後，牧師便將卡爾送了回來，表示對他無能為力。因為宗教上的訓告對卡爾毫無作用，他還經常在教堂中擾亂正在進行的禮拜儀式。
同時，鄰居們也都開始抗議，抱怨說卡爾帶壞了他們的孩子。而最讓眾人感到驚奇的是，卡爾經常在公開的環境中毫不在乎地誹謗他的母親，貝多芬卻還鼓勵他這樣做，並且還到牧師那裏去幫侄子說情，說他的母親很壞、很貪心。
於是，貝多芬又把卡爾送入了一所管教嚴厲的公立學校，並且還特意請了一位教師；到了暑假，他又將卡爾帶到城裏，經過考試，並於11月6日入了學。
此後的事似乎變得一帆風順了，卡爾在學習上又顯示出了一些良好的素質，是個很好的學生。另外，卡爾還學習鋼琴、圖畫和法文等。
然而，平靜的生活還是起了波瀾。在12月3日這天，卡爾忽然從學校裏逃走了，跑到他的母親那邊去了。貝多芬非常難過，淚水從他的眼中滾下來，朋友們都十分同情和憐憫貝多芬。
於是，這件事又重新在法庭上提了出來。地方長官當然是站在貝多芬一麵的，而貝多芬則集中力量攻擊弟媳的不貞。
他們最初的假定是：一個不忠實的妻子肯定不會是個可靠的母親。然而，約翰娜卻是深愛著卡爾的。她很高興地用去了自己的一半金錢，隔一段時間就會去看望一次卡爾。後來，她探視的時間減少到每月一次。
當貝多芬去了繆特林後，約翰娜被完全隔絕開來，不允許她再看望兒子了。於是，約翰娜就急躁的向貝多芬的傭人打聽自己兒子的消息，還秘密地去看過兒子幾次。
但是，約翰娜也發現，卡爾變得越來越任性，並且對她也變得越來越不信任了。並且她又誤聽到一個消息，說貝多芬打算把卡爾帶到一個相當遠的學校去上學。
於是，約翰娜就向法庭提出抗議，說貝多芬要將卡爾完全與自己這個母親隔絕開。而這時大家認為，最好的辦法就是彼此相互和平地相處在一起，這樣才能挽救卡爾，讓卡爾健康地成長。但這並不是貝多芬和約翰娜的意見，他們兩人都希望自己能夠獲得獨自保護這個孩子的權利。
因此，貝多芬與約翰娜又被召集到市政法庭中討論這件事，聽取了他們兩人的意見。這個法庭顯然沒有受到貝多芬的名聲和崇高的地位的影響，在調查他身為保護人的條件時，貝多芬表示他十分深愛這個孩子，擔心他落入外界不良的影響之中。
但是，貝多芬在請願書中卻大肆攻擊約翰娜這個寡婦，約翰娜的保護人霍次契夫對此反駁說：
“貝多芬身為一名副保護人，卻要將卡爾與他的母親完全隔離。怎麼能把這個年僅11歲的孩子交給一個耳聾、暴躁、溺愛和半瘋的人去管理？”
經過數幾個月的討論，雙方的矛盾仍然不能調解。於是，判決書在1819年11月17日發下來了。結果似乎對卡爾母親的一方有利一些，她在1811年的罪錯被判為不成立；而貝多芬卻準備將卡爾送到遠離此地的學校讀書，以便讓他的母親找不到他，這一點法庭沒有支持。
地方長官不知道，約翰娜最近又有了一個私生子。於是，法庭決議讓卡爾的母親與市政府的長官利奧波特·紐斯波克共同管理這個孩子。
在這場官司中，貝多芬失去了卡爾。
為了能夠拿到卡爾的監護權，貝多芬試圖用自己全部的力量去奪回他所失去的。他請約翰·巴赫博士擔任他的辯護律師，再度起訴。
又經過一冬一春的努力，無論是巴赫律師還是法官，都被這件事折磨得精疲力盡。而在這段時間裏，貝多芬的《彌撒祭曲》也正處於創作階段。
最後，貝多芬終於勝訴了。1820年7月24日，上訴法庭裁定：貝多芬和他的朋友彼得也享有對卡爾的保護權。
這場官司前後共打了5年，這時的卡爾已經是個13歲的少年了，貝多芬將他帶在身邊，生活才漸漸平靜下來。