始皇帝聽了王綰的建議，臉色微變，大聲說道：
“將丞相的奏議發下去，讓群臣討論。”
西周的分封製在初期確實具有進步意義，對國家穩定起到了很大的作用。但隨著時間的推移，各諸侯之間的血緣關係越來越遠，相互攻伐的現象也就不可避免地出現了。可以說，分封製是戰國時代天下大亂的根源之一。更何況，如果采取分封製，始皇帝的權力必然會受到一定程度的削弱。
由於史籍記載不詳，現在已經無法知曉始皇帝的後宮究竟有多少妃嬪，也無法得知他具體有多少子嗣。根據現有資料推測，始皇帝至少有20多個兒子。除了嫡長子之外，如果將20多個兒子全部分封為諸侯的話，大秦帝國一半的領土都可能脫離中央政府的管轄。屆時，始皇帝麵臨的又將是一個新的戰國。因此，當王綰提出讓始皇帝分封諸皇子為諸侯時，始皇帝從內心是十分不情願的。
受到傳統思維的影響，群臣大多認為王綰的建議是合適的，始皇帝應該分封眾皇子。正當始皇帝要發火時，廷尉李斯站了出來。他向始皇帝說道：
“啟奏皇帝，周文王、周武王分封了很多子弟，然而到後來親屬關係都疏遠了，眾多諸侯也互相攻擊起來，如同仇敵一般。結果，諸侯之間互相討伐，甚至連天子也沒有能力禁止。如今海內統一，皆為郡縣，對皇子和功臣，國家如果用賦稅來重賞他們的話，就很容易控製，這樣天下也就不會再存有二心了。臣以為，這才是安寧國家的方略。再設置諸侯對國家是不利的。”
始皇帝聽了李斯的話，讚譽說：
“愛卿所言甚合朕意。天下百姓被無休止的戰爭所苦已經很久了，這正是因為有侯王存在的緣故。依賴祖宗神靈的保佑，朕總算平定天下，使百姓從此免於戰亂之苦。如果再重新立國，豈不又要樹立兵禍？如此一來，想要天下安寧就更是難上加難了！廷尉的意見是對的，請眾愛卿不要再提分封之事了。”
始皇帝取消分封製，其主觀上到底是為了獨掌大權，還是為了天下的安寧，我們不得而知。但他所采取的舉措確實在客觀上維護了國家的統一與穩定。
（三）
在李斯的建議下，始皇帝在全國確立了郡縣製，從而建立了從中央到地方的龐大的官僚統治機製，使大秦帝國成為中國曆史上第一個中央集權的王朝。
秦國的郡縣製是商鞅變法以後確立的。不過，商鞅的郡縣製還是“集小鄉邑聚為縣，置令、丞，凡三十一縣”，這時隻有縣、鄉兩級。到秦惠文王時，由於兼並四鄰，土地日益擴大，因而設郡，建立了郡縣鄉三級。
到始皇帝一統天下之後，大秦帝國的土地空前廣大，原先的郡、縣、鄉三級行政機構已經無法滿足統治的需要了。於是，始皇帝便命令各級行政機構按照口、土地等情況在郡下設縣，縣下設鄉、亭，鄉下設裏。鄉、亭屬於同一級行政機構，裏從嚴格意義上將並不是一級行政機構，而類似於今天的行政村，是百姓的自治組織。
始皇帝實行的郡縣製對中國後世的影響巨大。我國今日實行的省、縣、鎮（鄉）三級行政機構，便是從秦朝的郡縣製脫胎而來的。公元前221年，始皇帝根據各地的人口和土地情況，將天下劃分為36郡。
在地方的行政機構中，郡設郡守，治理地方事務；設郡尉管掌軍事；設監禦史監督地方官的執政情況。縣設縣令治理地方事務，鄉有三老掌教化，亭有亭長，裏有裏宰。另外，從中央到地方的各級官吏又設置了多種佐助僚屬官吏，從而建成了龐大的郡縣製的社會官僚機構。
下一級行政長官要向上一級行政長官負責，郡守則直接向中央政府，即朝廷負責。朝廷是大秦帝國的最高權力機關。“朝”是指宮內皇帝朝見百官、商議並決定國家大事的朝堂；廷是指宮外國家各職能部門的辦事機關，也稱為外廷。朝廷的首腦是皇帝，他淩駕於法律之上，享有至高無上的權力，對國家一切事務擁有最終的決定權，這就是所謂的“天下之事大小皆決於上”的道理。
直接隸屬於皇帝之下的中央政府，即所謂“外廷”，是國家最高的行政機關，其最高長官為丞相、太尉、禦史大夫。大秦帝國設置左右兩名丞相，“掌丞天子，助理萬機”，為文官之首，是中央政府中的最高行政長官，在皇帝的直接領導下，負責處理國家日常的一切行政事務。由於李斯在建立郡縣製等方麵功勳卓著，始皇帝便任命他為帝國丞相。
太尉為武官之長，是中央政府中的最高軍事長官，在皇帝的直接領導下，負責處理國家日常的一切軍事事務，戰時擁有領兵作戰的權力，但調兵權則直接歸屬於皇帝。
禦史大夫主管監察百官，“掌副丞相”，又“掌圖籍秘書”，相當於秘書長的職務，往往比丞相、太尉擁有更大的實權。