不料，始皇帝身邊的小太監卻悄悄跑去告訴了丞相。丞相知道後，立刻減少車馬，再也不敢擺闊了。秦始皇知道後，勃然大怒：
“竟敢有人泄露真人所說的話！你們能泄露真人的行蹤，仙人怎麼會來呢？”
於是，始皇帝當即便下令將當天在場的值勤太監和眾侍者全部處死。盧生、侯生等一大批為始皇帝尋仙問藥的方士們感到十分害怕。有一天，盧生對侯生說：
“始皇為人，天性剛戾自用，起諸侯，並天下，以為自古以來誰也不如他……像這樣貪戀權勢之人，我們不可再為他求仙藥了。”
於是，盧生和侯生等人攜帶著大量金銀珠寶不辭而別。盧生、侯生等人的離去自然有逃避之嫌，他們擔心自己的騙局被識破，導致人頭落地。但他們對始皇帝的議論倒也切中時弊，反映出秦朝朝政已經日益腐敗的實際狀況。
始皇帝聞訊大怒，咬牙切齒地說：
“去年以來，朕召集了這麼多文學方士，為的就是讓文學之士興太平，讓方士去尋仙問藥。如今，盧生這些人跑了，竟然不向朕彙報。徐福等人入海尋仙，花費巨萬，也沒有找到不死之藥。那些奸徒為了獲利就奔走相告，用這些方法來騙朕。朕待盧生等人不薄，但他們臨走前還要誹謗朕，說朕無德！立即將在鹹陽的諸生召集以來，嚴加審問，以防他們妖言惑眾！”
眾臣得令後，立即審查聚集在鹹陽的方士，一共查出460多人有欺騙始皇帝的嫌疑。秦始皇一怒之下，把他們全部都活埋，以警告他人不要再幹欺騙和誹謗自己的事。
從整件事情的經過來看，將這一事件說成是“坑儒”其實有些冤枉始皇帝了。《史記·秦始皇本紀》也將這一事件稱為“坑術士”，而不是“坑儒”。坑儒是後代人的說法。大概是後世的儒生為了提高儒家的地位，說秦始皇就是因為坑儒才導致亡國的，以引起統治者的注意。但無論如何，這些方士本來是始皇帝召來為自己做事的。如今說殺就殺，也足以看出其反複無常的暴虐性格。
長子扶蘇在這一事件中也受到了牽連，因為他跑來為諸方士向秦始皇求情：
“這些人都是誦法孔子的，陛下用重法處理他們，恐怕天下會不安吧？”
扶蘇無論如何也沒想到，他不僅沒能勸止秦始皇隨便殺人，還給自己招來了禍患。秦始皇見自己未來的繼承人竟跟自己對著幹，一氣之下便把扶蘇趕到北部邊疆，讓他給蒙恬當監軍去了。當然，他這樣安排也有鍛煉扶蘇之意，因為他有意立扶蘇為太子。
（三）
生老病死是自然規律，不會因任何人而改變，秦始皇也逃不過這一自然規律。公元前211年，即秦始皇三十六年，東郡（今河南、河北、山東三省的交界處）發生了一件怪事。據說從天上掉下來一塊隕石，塊隕石上還刻著7個字——始皇帝死而地分。
很顯然，這件事情是有人在背後搗鬼，但其中卻飽含著民眾盼望秦始皇早死、秦帝國早點分崩離析的心願。
然而，這幾個字與始皇帝想長生不死、永久統治帝國的願望相違。因此，他立即下令盤查附近的居民，想弄清事實的真相。但沒有一個人肯說出事實的真相，最後始皇帝殘暴地殺害了當地所有居民，並將他們的屍體連同那塊隕石一起燒化了。
秦始皇是相信鬼神之說的，所以這件事情對他的打擊很大，此後他總是悶悶不樂。後來，他命博士製作“仙真人詩”的樂曲，讓樂師演奏，以消愁解悶。這首樂曲描寫了長生不老的神仙巡遊仙界的情景。
同年秋天，一個使者由關東趕往鹹陽。他走到華山腳下的平舒道時，天已經全黑了。突然，從黑暗之中走出一個人，手捧玉璧對使者說：
“替我把玉璧送給鎬池君吧。”
使者接過玉璧。那人忽然又說道：
“明年祖龍將死。”
使者想問清其中緣故，但那人已經消失了。
鎬池君是誰呢？據說，鎬池君是在渭水南邊的鎬池受人祭祀的水神，是周武王死後所化。使者被弄得莫明其妙，隻好先帶著玉璧來到鹹陽，把事情的經過向秦始皇報告。
秦始皇聽後，沉默了半晌，才緩緩說道：
“山鬼之輩，能預見的頂多也隻是一年以內的事情。”
這句話不過是秦始皇的自我安慰罷了。退入裏間後，他又自言自語地嘮叨一句：
“祖龍乃人之先也！”
池君是周武王，祖龍自然就是自己了。始皇帝想到這些不免心中發慌。他急忙派人查驗玉璧，發現那正是他南巡時奉獻給長江之神的禮物。如今“山鬼”要將玉璧轉送給鎬池君，豈不是意味著秦國的水德將盡，大秦帝國要滅亡，而自己也將不久於人世呢？