就在華盛頓發表“中立宣言”的4月22日，新任法國駐美公使埃蒙德·查爾斯·熱內抵達美國的查爾斯頓，以謀求在美國民眾中發動一場支援法國的革命風暴。因此，從查爾斯頓到費城，他一路發表蠱惑人心的演說，煽動親法仇英情緒，並招兵買馬，企圖建立一支援法的革命十字軍。就連國務卿傑斐遜也一時受這種情緒的影響，未對熱內的行為采取果斷有力的措施。
但不到3個星期，傑斐遜就對熱內的幻想破滅了。熱內組織十幾條武裝私掠船在近海大肆活動，先後捕獲了80多艘英國商船。這些粗暴的行為嚴重踐踏了“中立宣言”，招致英國政府的強烈抗議，使美英關係一度陷入危機。
最終，1794年1月，內閣會議決定取消熱內的外交官職權及其外交特權。就在這時，法國政府也召回了熱內，派來了一位新的駐美公使。
法國的危機剛剛解除，英國危險又隨之而來。1793年6月，英國政府為切斷法國的海外供應，便向它的巡洋艦發出指令：扣留一切開往法國的商船，並要求船主保證將貨物卸給英國友好國家。
這一措施立即引起美國輿論的憤怒，美國政府對此也提出抗議，但英國依然我行我素。此後，英國海軍和私掠船還多次襲擊往返於法屬西印度群島航線上的美國船隻，船員或被迫加入英國海軍，或在囚船上被熱病奪去生命。
麵對群眾的激憤情緒，華盛頓再次以他那堅定和冷靜的傑出品質站出來指明方向，呼籲通過與英國談判解決問題，而不要訴諸武力。為此，他派出法國最高法院院長約翰·傑伊出使英國，與英國政府進行談判。
1793年夏，就在華盛頓的中立政策不斷遭受挑戰時，他的內閣再次出現問題。
6月下旬，漢密爾頓寫信給華盛頓表示：鑒於公眾的利益和個人的考慮，決定在本屆國會會議結束時辭去現有職務。華盛頓雖竭力勸說，但這位下屬卻絲毫不為之所動。
7月31日，傑斐遜也致函總統表示，本打算在總統首任期滿就辭職隱退，後因種種情況而推遲至今。現在，他已到了辭職的時候了，並決定於9月底辭去國務卿職務。
華盛頓對這兩位“左膀右臂”的辭職要求深感難過，甚至有幾分悲涼。尤其是傑斐遜的辭職，對華盛頓是一個重大的打擊。回想幾年總統生涯，華盛頓對這位充滿民主主義激情的思想家懷有一種深深的敬意。這位品行高尚、秉公無私、才學橫溢，具有豐富外交知識和處理國際問題的經驗，是一位真正的愛國主義者。盡管他與漢密爾頓經常發生爭執，但他提出的意見和思想總是出於良好純正的動機，對華盛頓的決策工作始終產生著重要影響。
1794年1月，傑斐遜將國務卿事務轉交給他的繼任——司法部長埃德蒙·倫道夫後，隨即踏上歸途。
1795年1月，漢密爾頓和諾克斯也相繼辭去財政部長和陸軍部長職務。為此，華盛頓不得不挖空心思地重新組建內閣。
這時，有關傑伊在英國談判的消息傳來，傑伊已與英國政府於1794年11月19日簽訂條約。但直到1795年3月7日，傑伊條約的文本才最終遞交到華盛頓手中。但華盛頓對這份條約十分不滿，他認為，傑伊條約雖然避免了美英兩國的戰爭，但美國作出的讓步太多。為了避免條約引起更多公眾的憤怒和不滿，他隻好將這份條約束之高閣，秘而不宣。
然而在交付國會討論時，圍繞是否批準傑伊條約的問題，國會議員們隻能根據黨派的利益和政治路線投票。“共和”、“聯邦”兩黨就傑伊條約進行了激烈的鬥爭，且鬥爭的意義遠遠超過了對條約本身的爭論，開創了美國兩黨製的先河。
最終，華盛頓為了避免美國卷入戰爭的目標，簽訂和批準了傑伊條約，雖然他因此而遭到了兩黨派的嚴重人身攻擊，甚至是謾罵和嘲笑。