水稻種植，最忌災害。在防災祛害方麵，明時已有一套禳解風俗。水稻之災，常見的有稻瘟、鬼火和雀害等。稻瘟，明代稻農以為是“暑氣”所致，《天工開物·乃粒·稻災》雲：“凡早稻種，秋初收藏，當午曬時烈日火氣在內，入倉廩中關閉太急，則其穀粘帶暑氣。明年田有糞肥，土脈發燒，東南風助暖，則盡發炎，大壞苗穗。”防瘟之法為：“種穀晚涼入廩，或冬至數九天收貯雪水、冰水一甕，清明濕種時，每石以數碗激灑，立解暑氣。”“鬼火”，即是磷火，明人認為也是稻瘟之由，《天工開物》謂：“凡苗吐穡之後，暮夜鬼火遊燒，凡禾穡葉遇之，立刻焦炎”，造成稻瘟。因此，祛瘟先得“逐火”。逐火之俗為：入夜，逐者手持桃杖，“見他處樹根放光，以為鬼也，奮挺擊之。”對雀害，其驅解之法是：“立標飄物鷹傭”。
4．麥作之俗南北有異
麥的種植，早在隋唐時期，在北方已超過粟類，成為北方農業的當家品種，並在南方也有種植。明時麥類作物的種類，《天工開物》載曰：“麥有數種，小麥曰來、麥之長也；大麥曰牟，曰；雜麥曰雀、曰蕎。皆以播種同時，花形相似，粉食同功，而得麥名也。”而以小麥為主。
北方小麥，曆四時之氣，自秋播種，翌年初夏方收，有“耕即兼種”之俗，《天工開物·乃粒》“麥工”條曰：“凡北方厥土墳壚易解釋者，種麥之法耕具差異，耕即兼種。”具體做法為：“其服牛起土者，耒不用耜，並列兩鐵於橫木之上，其具方語曰耩。耩中間盛一小鬥，貯麥種於內，其鬥底空梅花眼。牛行搖動，種子即從眼中撒下。欲密而多，則鞭牛疾走，子撒必多；欲稀而少，則緩其牛，撒種則少。既播種後，用驢駕兩小石團，壓土埋麥。”
南方種麥，俗與北異。《天工開物》載：“南方地不同北者，多耕多耙之後，然後以灰拌種，手指拈而種之。種過之後，隨以腳跟壓土便緊，以代北方驢石也。”
陝西，河南一帶，地多螻蛄，故種麥時，有砒霜拌子之俗。《天工開物》曰：“陝洛之間憂種蝕者，或以砒霜拌種子。”而南方各地，則“所用惟炊燼也”，以作糧肥。
南方種麥，俗尚一稻一麥兩熟，或二稻一麥三熟，為爭農時，有小麥移載之習。成書於崇禎末年之《沈氏農書》載曰：“若八月初，先下種麥，候冬，墾田移種，每棵五六根，照式澆兩次，又撒牛壅溝蓋，則杆壯麥粗，倍蕕厚收。”
麥性食水甚少，“荊揚以南唯患黴雨”。故揚州有民謠曰：“寸麥不怕尺水，尺麥隻怕寸水。”宋應星：《天工開物·乃粒》。麥田多做成畦，入春則開深溝，以利排水。
5．棉麻重選種、整枝和稀科
山東、江蘇及浙江一帶，是明代的重要產棉區，對其種棉習俗，明人徐光啟《農政全書》有載：“齊魯人種棉者，既壅田下種，率三尺留一科。苗長後，籠幹糞，視苗之瘠者，輒壅之，畝收二三百斤以為常。”同書又載：“餘姚海鹽之人，種棉極勤，亦二三尺一科，長枝布葉，科百餘子。收極早，亦畝得二三百斤。其為畦，廣丈許，中高旁下，畦間有溝，深廣各二三尺，秋葉落積溝中爛壤，冬則溝中起生泥壅田。歲種蠶田，至春，翻罨作壅，即地虛行根極易，又極深，則能久雨，能久旱，能大風。此皆稀種，故能肥，能肥故多收。”
棉花的種植，明代已很受重視。明王朝立國之初曾下令：“凡民田五畝至十畝者，栽桑、麻、木棉各半畝，十畝以上倍之”《明史·食貨二》。明代在棉花栽培方麵已積累起“精揀核”，早下種，深根，短幹，稀科，糞壅等習俗。
“精揀核”就是精選種子。不僅要“歲歲選種”，而且要求做到年前選種和播種前進選種。年前選種是指棉花成熟之際，到田間去實地選擇，其方法除從《王禎農書》中所提出的選留“中墳花”外，又強調要“取其高大繁實者，特留作種”，“旋熟旋摘”。播種前的選種，主要用水選，利用好壞棉子的不同比重，如“其秕者、遠年者、火焙者、油者、鬱者皆浮；其堅實不損者必沉，沉者可種也”。種子經水選後，進行粒選，以提高播種質量。更重要的是明代確定了以“棉重”作為衡量品種好壞的標準。據《農政全書》中說，當時江南農家已90％選用了優良棉種。
早下種，明代特別強調棉花要早播種。這時期的農書大多認為清明、穀雨兩個節氣是棉花播種的適期。此時已無霜，早種可以早發。《農政全書》曰：“凡種植以早為良，吾吳濱海，多忠風潮，若比常時先種十許日，到八月潮信，有旁根成實數顆，即小收矣”。為使棉花適當早種，因此江南棉田最好冬季休閑，如果冬季必須種麥，則種麥用點播，在麥間套種棉花，麥收後和追肥促使套種的棉苗生長發育。
深根，明代人們認為棉花極係入土不深是遭凍害的原因，因此，有擇秧、稀植、厚壅、穴種等習俗。“擇秧”，即選用良種並精選種子，棉種好，根係生長力就強。“稀植”，“密則無處行根，根不遠，不遠亦不深”。“厚壅”，即多施肥料；如施肥少，再加上棉種不良，“兩者皆無力可生根。“穴種”覆土，不能撒播，“漫種浮露，根不入土”。
短幹，對棉株進行整枝摘心就能使幹短。此項技術元代已開始運用，明代認識更為普遍，《農政全書》曰：“苗高二尺，打去衝天心者，令旁生枝，則子繁也；旁枝尺半，亦打去心者，勿令交枝相揉，傷花實也。摘時視苗遲早，早者大暑前後摘；遲者立秋摘；秋後勢定勿摘矣。”