這四筆交易完成之後，阿裏集團形成了三足鼎立的股東構成，雅虎持股40%，馬雲團隊持股31%，軟銀持股29%。這意味著：其一，阿裏巴巴除軟銀之外的前三輪投資人徹底套現退出——他們當初投入的總成本是3200萬美元，退出時獲得5.7億美元，17.8倍回報；其二，軟銀也獲得部分套現（軟銀此前給阿裏巴巴與淘寶的總投入是8000萬美元，如今不僅套現1.8億美元，而且還繼續持有阿裏集團29%的股權）；其三，雅虎支付的10億美元，實際隻有2.5億美元進入了阿裏的口袋，其餘部分則都被阿裏的前幾輪投資人套現瓜分掉了。
“總統”與“議員”的戰爭
雅虎的注資令淘寶在與eBay的燒錢大戰中徹底勝出。當然，馬雲不得不開始麵對其最大的隱患：自己的大股東地位不保，雅虎成了阿裏集團第一大股東，馬雲有可能喪失對企業的控製權。
據說，馬雲為了確認雅虎創始人楊致遠的確無意控製阿裏集團並插手經營事務，在雅虎入股之前，二人在美國著名的圓石灘高爾夫球場有過一場私人會晤。在此次會晤中，馬雲反複試探楊致遠的真實想法。馬雲得到的反饋很大程度上打消了自己的疑慮，這才最終將意向確定下來。
不僅如此，馬雲還通過交易合同中的具體條款來強化自己對企業的控製權。
第一，雖然雅虎持有阿裏集團40%的股權，但隻擁有35%的投票權，多餘部分投票權歸馬雲團隊所有，此條款有效期至2010年10月。
第二，阿裏集團董事會的四個席位中，馬雲團隊擁有兩席，作為大股東的雅虎反而隻有一席，另一席屬於軟銀。到2010年10月，雅虎才有權獲得與馬雲方麵數量相等的董事會席位。
第三，2010年10月之前，董事會在任何情況下都不得解除馬雲的阿裏集團CEO職務。
楊致遠在主政雅虎期間，確實踐行了自己的承諾，基本沒有幹預阿裏集團的運營，而且在公開場合他與孫正義也都采取了站在馬雲一邊的姿態。這很大程度上緩解了馬雲對因股份稀釋而失去控製權的擔憂。
2009年1月，由於雅虎的業績遠未達到華爾街的期望，楊致遠被迫辭任雅虎CEO，由卡羅爾·巴茨（Carol Bartz）接任。自此，阿裏集團與雅虎之間的蜜月期結束，馬雲與雅虎之間的矛盾也日益公開化，馬雲也公開表達了回購雅虎所持阿裏集團股權的意願。
隨著2010年10月的到來，馬雲在雅虎入股阿裏集團時所設置的包括投票權、董事會席位、CEO任免等係列有利於自身的控製條款統統失效。雅虎隨時可能行使自己的權利，馬雲的控製權岌岌可危。
但馬雲在2011年初以強硬的姿態對媒體表示：“外界說2010年10月雅虎會行動，現在都1月了也未見動靜。雅虎即使派10個董事進來，不還是按照正確的事情做？你不派董事進來，我也會聽你有沒有道理，如果沒有道理，一萬個董事都沒用！”
支付寶“單飛”
出乎外界意料的是，2011年5—6月，雅虎與馬雲管理層之間爆發了最為嚴重的衝突。
2011年5月10日，當時身為阿裏集團大股東的雅虎發布公告稱：馬雲將支付寶從阿裏集團轉移到了馬雲與謝世煌（阿裏創始人之一）二人設立的“浙江阿裏巴巴電子商務有限公司”（馬和謝各占股80%和20%），而作為阿裏集團大股東的雅虎，對於馬雲轉移支付寶的行為毫不知情。消息爆出，雅虎股價應聲下跌7.3%。
雅虎公告的言外之意是，馬雲轉移支付寶並未獲得阿裏集團董事會的授權許可，因為代表雅虎的董事會成員楊致遠對此事並不知情。這在華爾街看來，是嚴重違背公司治理規則的。
而且，雅虎聲稱支付寶轉讓的價格僅為3.3億元，遠低於彼時支付寶的實際價值。