雖然國外已經形成了較為完善的區域合作理論體係，但由於國情製度的差異，這種理論在中國的適用性較差。在中國區域經濟發展進入新的階段環境下，研究具有中國特色的區域合作模式及其機製已日顯重要與迫切。學界也非常重視區域之間合作機製的研究，尤其是關於泛珠三角和長三角的合作機製研究文獻，相對較為集中。
這些文獻普遍認為多中心城市群發展的關鍵問題就是合作機製的建立與實施，並主要從市場、政府和民間三個角度，圍繞企業組織、產業發展、基礎設施建設、非政府組織發育、製度創新、生態環境保護和資源利用等方麵的內容展開研究。黃麗（2001）總結了全球大都市治理的三種模式，即合力製衡的北美模式、主張城際聯盟的歐洲模式和逐步分權的亞洲模式。陶希東（2005）在實證研究的基礎上指出，各自為政的行政區劃及其管理體製，極大地製約著中國跨都市圈經濟的區域融合與一體化進程，如何處理行政區劃與區域經濟一體化之間的內在關係，實現空間經濟整合是當前中國政界和學術界關注的焦點。
在中國現有的政治管理體製下，單純依靠傳統的行政區劃管理或政府管理，難以從根本上解決跨省都市圈內部存在的行政分割問題；應該借鑒西方較為流行的“治理”理論，建立起“跨省區域治理”的空間整合新思路。李善同（2005）從企業組織的角度研究指出，大企業在跨區域資源配置中的作用正愈發突出，成為加速區域合作的微觀機製。如長三角地區寶鋼集團、百聯集團等大企業跨城市跨區域的發展，已成為影響和推動長三角區域合作的重要力量之一（但企業行為不應受到人為影響，如土地、稅收等）。
王紅霞（2006）也認為企業和產業的發展是城市與區域經濟發展的基礎，跨區域產業鏈條的形成有助於產業分工與協作的合理化和科學化，產業鏈條的跨區域發展相應帶來價值鏈的形成和延伸，兩者一起將帶來和促進城市之間的密切聯係，形成城市鏈，從而促進區域間經濟的有效整合與共同發展。汪宇明（2005）認為製度改革與創新是區域合作的重點和難點，城市對區域問題的高度關注以及區域性城市群的崛起，將把製度創新推進到城市群的新變化領域中來。
而深圳綜合開發研究院（2005）的研究則認為，製度創新的關鍵在於政府，區域合作中應充分發揮政府的作用；政府間合作的重要機製就是在區域基礎設施網絡的規劃和協調、區域內產業分工與協作、區域內經濟發展的責權利競爭、跨區域管理機構的構建以及區域內經濟資源的整合方麵形成製度性規定或約束，從而促進區域協調共同發展。
但王雲駿（2005）卻對“區域合作等同於政府間合作”提出質疑，認為在長三角區域發展中，為了化解政府間合作中存在的種種矛盾和問題，應該充分利用非政府組織邊界模糊、結構靈活、手段彈性、包容性強、成員異質性高等特點，建立一種非政府組織合作與政府間合作的夥伴關係，為“長三角一體化”的製度建設提供了一種新的選擇。韋以明等（2006）則認為區域合作要經久不衰並實現多贏，必須從區域協調層麵上升到國家協調層麵，淡化政策調整、強化法律完善。