鹹豐七年二月，曾國藩在江西瑞州營中聞父喪，立即返鄉。左宗棠認為他不待君命，舍軍奔喪，是很不應該的，湖南官紳對此也嘩然應和。這使曾國藩頗失眾望。第二年，曾國藩奉命率師援浙，路過長沙時，特登門拜訪，並集“敬勝怠，義勝欲；知其雄，守其雌”十二字為聯，求左宗棠篆書，表示謙抑之意，使兩人一度緊張的關係趨向緩和。
曾國藩的寬宏大度、不計前嫌，還表現在他在鹹豐十年後（1860年）對左宗棠的舉薦上。在這以前，曾國藩也曾舉薦過左宗棠。例如，鹹豐六年正月，曾國藩奏左宗棠接濟軍餉有功，因而，朝廷命左宗棠以兵部郎中用。左宗棠性情剛直，又得罪了不少人，在湖南“久專軍事，忌者尤眾”，於是，碰上了樊燮事件。樊燮為永州鎮總兵，其私役兵弁，挪用公款，左宗棠為此代巡撫駱秉章擬奏折，溫請將樊燮撤職查辦。誰知樊燮受人唆聳，向湖廣總督官文反告左宗棠。官文竟將這案子報到朝廷，朝廷因命考官錢寶青審訊，傳左宗棠到武昌對籌。鹹豐帝甚至密令官文，“如左宗棠有不法情事，可就地正法。”此事，京城內外聞之者莫不震驚。駱秉章與湖北巡撫胡林翼均上疏力辯其誣。胡林翼的奏折中且有“名滿天下，謗亦隨之”的話。京中官員如待讀學士潘祖蔭，與左素不相識，也上疏痛陳“天下不可一日無湖南，湖南不可一日無左宗棠”，官文似不可“引繩批根”。
在這種情況下，鹹豐帝才有“棄瑕錄用”的旨意，肅順也趁機以人才難得進言。官文接旨後，才不再催左宗棠對簿，草草了結此案。此案剛發生之時，左宗棠曾寫信給友人，陳述自己的委曲與悲苦之情：“弟性剛才拙，與世多忤，近為官相所中傷。幸所做之事容易明白，而當軸諸公尚有能知之涼之者，或可不預世網，然亦險矣！自念草野書生，毫無實用，連年因疊梓之故，為披發纓冠之舉，忘其愚賤，一意孤行，又複過蒙優獎，名過其實，其遭此謗陷，固早在意中。特欲借會試一遊京師，脫離此席，非敢再希進取，以辱朝廷而羞當世之士也。”於是，左宗棠辭別駱秉章，於鹹豐十年正月離開長沙。他三月三日到達湖北襄陽，突然接到胡林翼一封密信，“言含沙者意猶未謙，網羅四布，足為寒心。”當時，正值襄陽大風雪，左宗棠想躋登廟堂之上，深感帝鄉不可期，擬委身江湖之遠，又憂讒畏譏。
當時，曾國藩駐軍宿鬆，胡林翼駐軍英山，議欲分三路進攻安慶。左宗棠來營暫避鋒芒，曾國藩熱情地接待了他，並連日與他商談。正在這時，四月初一日，特旨詢問曾國藩說：“左宗棠熟悉湖南形勢，戰勝攻取，調度有方。目下，賊氛甚熾，而湖南亦所必欲甘心，應否令左宗棠仍在湖南本地襄辦團練等事，抑或調該侍郎軍營，彈得盡其所長，以收得人之效？著曾國藩酌量處理。”曾國藩立即於四月十三日上奏說：“左宗棠剛明耐苦，曉暢兵機。當此需才紮亟之際，或飭令辦理湖南團防，或簡用藩桌等官，予以地方，彈得安心任事，必能感激圖報，有裨時局。”曾國藩與胡林翼是在左宗棠極其潦倒，“四顧蒼茫”的時候，向左宗棠伸出了援助之手。
清廷接到曾國藩上述奏章，於四月二十日，諭令左宗棠“以四品京堂候補，隨同曾國藩襄辦軍務”。左宗棠因而正式成了曾國藩的幕僚之一。曾國藩立即讓他回湖南募勇開赴江西戰場。過了幾個月，左宗棠軍在江西連克德興、婺源，曾國藩立即於十一月二十八日專折為他和部屬報功請賞，並追述他以前的戰績說：“臣查左宗棠一軍，自移師景鎮，一聞貴溪警報，分路調撥，或迎頭痛擊，計十日之內，轉戰三百餘裏，連克三城，使狼奔須突之眾，喘息不得少定。實屬調度神速，將士用命。自此股剿敗之後，即有池州大股撲陷建德，直犯浮梁、景德鎮，亦惟左宗棠一軍獨當其衝。左宗棠初立新軍，驟當大敵，晝而躍馬入陣，暮而治事達旦，實屬勤勞異常。”可謂推崇備至。左宗棠因此得晉升為候補三品京堂。
至鹹豐十一年四月初二日，曾國藩又上奏道：左宗棠“上年奉旨襄辦臣處軍務，募勇五千餘人，馳赴江皖之交，方慮其新軍難收速效，乃去冬堵黃文金大股，今春擊退李世賢大股，以數千新集之眾，破十倍凶悍之賊，因地利以審敵情，蓄機勢以作士氣，實屬深明將略，度越時賢”，因而懇請“將左宗棠襄辦軍務改為幫辦軍務”。朝廷立即照準。
這年十一月十六日，曾國藩根據閩浙總督慶端、浙江巡撫王有齡之請，奏請派左宗棠援浙，並將在江西廣信、廣豐、玉山、饒州和安徽徽州等地的陸軍及昌國內河水師，統歸左宗棠就近節製調度，使左宗棠開始擁有較大的軍權。但左宗棠還來奔至杭州，杭州已於十一月二十八日（1861年）被太平軍占領，杭州將軍瑞昌與浙江巡撫王有齡均死於戰事。於是，曾國藩第四次上奏保舉左宗棠。他於十二月十二日向左宗棠通報說：“浙江竟於十一月二十八日失守，六十力生靈同遭浩劫，天乎酷哉！弟於二十五日複奏統轄浙江軍務，已附片密清簡閣下為浙江巡撫。無論是否諭允，目下經營浙事，全仗大力，責無旁貸。”