曾國荃先是奏參唐際盛，接著就彈劾官文。由於曾國荃營中無文員，奏折草擬後無人商量，恰逢曾紀澤在營中，但又不知參劾官文後的政治利害，因此，奏折發出後，語句多不中肯，且文句冗長，首尾不相顧。曾國藩的心腹幕僚趙烈文在日記中載道：
“原折沅公親筆，而剛（曾紀澤）所商定，並為繕寫，以貪庸驕蹇，欺罔徇私，寵任家丁，貽誤軍政，循例糾參裝頭，後列各款，語多不中肯，文句亦冗遝拖長，首尾不相顧。”
曾國荃怕曾國藩知道後，阻撓其彈劾官文，因此，故意背著他。外間知道曾國荃參劾官文後，不僅湖北的士紳持反對態度，就是曾國藩的門生故吏也認為此事大為不妥。曾國藩十分擔憂，惟恐由此開罪了滿洲貴族，於以後不利。因此，曾國藩在事先和事後均表示出憂慮之情，不太讚同此舉。在1865年9月《致沅弟》的書信中，他囑咐曾國荃說：“順齋排行一節，亦請暫置緩圖。”原因是，“此等事幸而獲勝，而眾人耽耽環伺，必欲尋隙一泄其忿。彼不能報複，而眾人若皆思代彼報者。”總之，“弟謀為此舉，則人指為恃武功，恃聖眷，恃門第，而巍巍招風之象見矣，請緩圖之。”隨後，曾國藩又在給曾國荃的書信中說：“順齋一案，接餘函後能否中輟？懸係之至。此等大事，人人皆疑為兄弟熟商而行，不關乎會晤與否。”再過十天，曾國藩已得知奏參官文的事已發，反複叮囑曾國荃：“吾輩在自修處求強則可，在勝人處求強則不可。”一再告誡：“福益外家若專在勝人處求強，其能強到底與否尚未可知。即使終身強橫安穩，亦君子所不屑道也。”曾國荃的性格是，一旦他認定了的事就非幹不可。他陳述自己為何要參劾官文的出發點是：“臣竊維端揆疆寄，乃國家之重臣，非於軍務、吏治、國計民生、地方安危，確有關係，雖至愚極戇，何敢暴其所短，輕列彈章？”進而，他在奏折中具體列舉了官文七條罪狀。事情發生後，經反複籌思，曾國藩便“密折保官（官文），請勿深究”。可是，曾國藩此舉，卻引起了外間的紛言，一時間曾國藩“劾老九”之語，紛紛揚揚，使得曾國藩無言以對，隻有“麻木不仁處之”，以靜觀時變。
軍機處派出專查此案的欽差，則“字字開脫，列據各司道文武稟覆供詞，以駁原參，幾無一事稍有影響，連閱前後兩折，直如兒戲，真足以令人噴飯。”甚至有人認為，曾國荃指責官文“肅黨”一事不實，要求照例反坐，治曾國荃誣陷罪。
慈禧那拉氏心裏清楚，此次參劾純屬湘係與滿洲權貴之間的權力之爭，而撚軍正盛，還需要利用湘淮兩軍出力。因此，開去官文的湖廣總督職，留大學士銜，回京後，又令具掌管刑部，兼正白旗都統。實際上對官文並沒有什麼損害。
但令曾國藩擔心的事還是發生了。此後不久，一大批湘軍官員被紛紛開缺回籍，如陝甘總督楊嶽斌、陝西巡撫劉蓉、廣東巡撫郭嵩燾、湖北巡撫曾國荃、直隸總督劉長佑。這不由得使曾國藩警醒起來，他覺得這有可能是參劾事件所引起的後果。曾國藩在給郭嵩燾的信中提到：
“官相（官文）剛才有署直隸之信，不知印渠何故開缺？近日厚（楊嶽斌）、霞（劉蓉）、筠（郭嵩燾）、沅（曾國荃）次第去位，而印（劉長佑）複繼之，吾鄉極盛困難久耶，思之悚惕。”
這不能不使曾國藩為自己的末路憂心，而且，他日益感到朝廷對自己的冷淡和疏遠。對為宦不得罪巨室更有了一層深切的體驗。
“去年年終考察，吾密劾者皆未動，知聖眷已差，懼不能始終，奈何？”
9月13日，曾國藩奉到上諭：“著調補直隸總督，兩江總督著馬新貽調補。”曾國藩深知，由兩江調往直隸，這並非是對自己重用，而身在直隸，上下矚目，隻恐難以任久。可及早辭謝，又難於為陳請開缺的措辭。真是宦海之途不自由啊。