在治療方麵，肛門皸裂多由皮膚病引起，因而，以外用藥物治療為主，而肛裂則以手術治療為主。
3.肛裂與潰瘍性大腸炎的鑒別
潰瘍性大腸炎常並發於肛門周圍炎、肛瘺、肛裂和內痔。
潰瘍性大腸炎所致肛裂多輕淺，且見於肛門的兩側，伴腹瀉、腹痛、便膿血。而肛裂嚴重者疼痛也可牽及腹部，但以肛門疼痛最為劇烈。肛裂的裂處可有少量分泌物，便中帶鮮血，但糞便中不帶膿血。
此外，對疑有潰瘍性結腸炎者，通過纖維結腸鏡檢查，可明確診斷。
4.肛裂和痔瘡的鑒別
肛裂是以肛管皮膚裂口、肛管潰瘍、難以愈合為主要表現。痔瘡則是由於肛門周圍靜脈形成靜脈曲張、靜脈血管團，以及直腸下端黏膜滑動而形成的。
共同點：肛裂多數伴有哨兵痔，特別是Ⅲ期肛裂，都伴有外痔，同時伴有內痔；而痔瘡可單有內痔、外痔以及混合痔。其二者表現，在Ⅲ期肛裂時，肛門外觀表現多相同。
不同點：①肛裂以疼痛為主，痔瘡以出血為主，隻有外痔發炎腫脹時，痔瘡才會劇痛；②肛裂均有肛管皮膚裂開，而痔瘡則無，在肛門指診時，即可確定，肛裂者多不可行肛門指診，或者窺器檢查；③肛裂多伴有肛乳頭肥大、肛乳頭瘤，而痔瘡則不伴有肛乳頭肥大或乳頭瘤；④肛裂者，肛門外觀可見狹窄，而痔瘡患者則多見內痔脫出、外翻。
5.肛裂與肛管損傷的鑒別診斷
肛裂特別是急性肛裂與肛管損傷在診斷上有一定難度。此二者裂口均新鮮，常伴有鮮血點滴，都常見於大便幹燥，用力排便後。但肛裂多持續性便秘，排便困難，裂口疼痛，呈惡性循環式加重。而肛管損傷則是一過性，偶然現象，其自愈性極明顯。
此外，肛裂多表現在肛門本身及其肛門的排泄功能方麵；而肛管損傷，則除了大便秘結外，還有外力作用及其他情況導致的肛管損傷，具有非常明確的外部原因，譬如，肛門窺器使用時用力過猛等，均可致肛管損傷。
6.痔出血與肛裂出血的鑒別
二者出血都是鮮紅色，所不同的是痔出血一般無痛感。痔出血多由糞塊擦破曲張的靜脈黏膜，即內痔黏膜而引起。由於內痔黏膜是受內髒神經支配的，一般無痛感，因而痔出血無痛。而肛裂位於肛緣，多由幹結糞塊撕裂肛緣皮膚而引起，由於肛緣皮膚是受體神經支配的，痛感非常明顯，有的肛裂病人在排便後甚至要痛幾個小時，因而肛裂出血有劇痛。肛裂病人排便時又出血又劇痛，不敢去排便，越怕排便，大便越幹硬，越不易排出，這就把排便規律打亂了，使正常排便反射遭到破壞，易於形成便秘，繼之也就容易發生痔。因此，肛裂也是並發痔的原因之一。肛裂越重，排便時越痛，如此惡性循環，可發展成為頑固性肛裂，甚至引起病人精神失常。因而，頑固性肛裂應及早徹底治療，免除排便時的痛苦，防止引起更多的並發症。特別是防止大便幹結及便秘，是預防肛裂的根本措施。
還必須指出，臨床上如痔與肛裂同時存在，其出血症狀難以區分，必須進行肛腸仔細檢查，方可明確診斷。
七、腸道以及肛門部一些疾病的鑒別
1.痔出血與直腸息肉出血的鑒別
痔出血與直腸息肉出血，一般都無痛感，這是它們的共同特點。所不同的是，直腸息肉出血多見於兒童，而痔出血則兒童少見。最終鑒別要通過臨床直腸指診及直腸鏡檢查。如為直腸息肉，直腸指診時，可在直腸內摸到帶蒂腫物，或通過直腸鏡見到息肉腫塊。而痔出血為齒線上下之靜脈曲張痔塊，質柔軟，與直腸息肉完全不同。
2.直腸脫垂與直腸息肉等疾病的鑒別
直腸脫垂是肛門脫出物中的一種，此外還有直腸息肉、肛乳頭瘤、肛管疣、皮贅外痔等。直腸脫垂與這些脫出肛門外的疾病不難區別。
而肛管皮膚缺損與環切術後引起黏膜外翻，易與直腸黏膜脫垂混淆，前者有痔、肛瘺手術史，脫出的黏膜為片狀或環狀，因長期擦損，可有明顯的充血、水腫和分泌物增多，用手推之不能還納肛中，色鮮紅，而直腸黏膜脫出可還納肛中，色淡紅。