眼見太宗奢侈之心與日俱增，魏征十分憂慮。魏征深知，太宗作為一國之君，他的一舉一動都關係著國家的盛衰安危，與百姓的禍福息息相關，自己不能等閑視之。在這眾人鉗口之時，魏征深切感到，隻是像往日一樣的諍諫、就事論事已經不夠了，為國家的長治久安，他決定對自己的政治觀點作全麵、係統的論述。從貞觀十一年（637年）正月起，他在半年之內連續4次上疏，根據太宗即位以來施政得失，引經據典，暢論國事，這就是現存《魏鄭公文集》的4篇著名的《論時政疏》。其後，魏征又就有關治國的重大問題撰寫了《論君子小人疏》《論禦臣之術》《論治道疏》《理獄聽諫疏》《十漸疏》等專題論文，集中反映他的政治思想，歸納起來主要有兩方麵：一是積德修身的治國理論，二是深沉而強烈的憂患意識。
魏征上疏使太宗十分震動，他親自執筆撰寫詔書作答。他說：“連續看到你直言疏奏，確實非常忠貞誠懇。言無不盡，情真意切。我一讀起來就忘記了疲倦，常常翻閱到半夜。要不是你關心國家的感情深厚，看重君臣大義而啟發開導我，怎麼會將這些治國良謀寫出來給我看，以補救我的不足呢？”太宗表示一定要將魏征的疏奏放在桌上，隨時提醒自己。
話雖這樣說，但作為封建帝王，太宗經常是說到做不到，因此魏征依然繼續隨時諫諍。
史載太宗“性剛烈”，其實就是暴躁，遇事好發脾氣，不能控製自己感情，所以長孫皇後都說她想進言也得先看太宗臉色。好發脾氣，感情用事，在一般常人，也容易出問題，何況帝王，處九五之尊，處理問題不能冷靜克製，小則關係臣下禍福乃至身家性命，大則弄出亂子。太宗知道自己個性長短，當皇帝後，也頗注意揚長避短，但不順心時，仍不時逆鱗傷人。在後宮，長孫皇後在世時常為他彌縫，在外庭則隻有魏征能擔當此任。
類似之事非一，如陳倉（今陝西寶雞市）折衝都尉魯寧做事犯法被關在監牢裏，他依仗自己官階高，謾罵陳倉縣尉劉仁軌，被仁軌用棍棒將魯寧打死。岐州（今陝西鳳翔）官員把此事上奏，太宗大怒，下令將仁軌斬首，還不解恨，說：“縣尉是什麼東西，膽敢殺我的折衝。”命令先押送長安當麵質問。仁軌說：“魯寧是我管轄的百姓，還這樣侮辱我，我實在氣憤不過將他殺了。”劉仁軌言辭從容，神色自若。當時魏征正在太宗身邊侍立，進言說：“陛下知道隋為什麼滅亡嗎？”太宗說：“你認為是什麼原因呢？”魏征說：“隋末，像魯寧這樣的強橫百姓到處都是，欺淩地方官員。”經過魏征提醒，太宗頓時高興起來，不再追究劉仁軌，後來還將他提升為櫟陽（今陝西臨潼北）縣丞。就是這個劉仁軌，以後在高宗李治和武則天時期，出將入相，成為一代名臣。
又司門員外郎韋元方給宦官辦理出關憑證稍微慢了一些，宦官回宮告狀，太宗很生氣，將韋元方貶到華陽（今屬陝西）去當縣令。魏征知道後，即進諫說：“帝王震怒，不可輕易發作。前次為給宦者辦憑證事，竟連夜發出詔書，好像出了軍機大事一樣，誰不震驚恐懼。何況宦者之類人物，自古以來就難整治，隨便亂說，加油添醋，很容易產生禍害，讓他獨自一人出使州縣，非常不恰當，不能繼續下去，應當十分謹慎。”太宗也認真采納了魏征意見。
魏征的隨事上諫，不僅保護了一批中下級官員，更保護了一些元老重臣。幾年前曾發生過這樣的事情：右仆射李靖、侍中王珪奉命去九成宮，回京路過圍川縣（位於今陝西武功縣西北），有宮人先住了上房，李靖等後到，圍川縣的官員就讓宮人搬出，安置了李靖等。接著又有宮人出使到始平縣（今陝西興平），縣令已經安排好了，尚書右丞帶著家屬後到，又讓宮人移動。這兩件事被人告了，太宗大發脾氣，認為地方官員都不向著他，全向著李靖、王珪他們，而李靖、王珪等人見到宮人都不以禮相待，可見他們是多麼傲慢。命令杖打始平縣令100棍並予撤職，又下令調查圍川官員及李靖等的罪證。如此小事便要給人治罪，封建帝王是何等專橫，公認的明君唐太宗竟然也不例外。於是魏征進諫說：“李靖、王珪都是懂得禮法的，一定不會準許移動宮人，自己得好處。這可能是反映情況的人誇大了事實，故意惹陛下您生氣。如果事情真是那樣，也是可以體恤寬恕的。為什麼呢？李靖等人是陛下您的心腹大臣，而宮人是給皇後掃除的仆人，李靖他們接受委托處理的事情不同，比較輕重，完全不在一個等級。又李靖等出使在外，地方官員要向他們詢問朝廷的法令製度，回到京城陛下您要向他們了解民間疾苦，李靖等人自然不能不與地方官員相會，地方官員也不能不參見他們。至於宮人出外辦事，並不與州縣直接打交道，隻要能夠給他們供給飲食就行了，此外也沒什麼參見侍候。假若因此而歸罪於地方官員並責罰他們，對陛下您的美好聲譽沒有好處，隻是使天下的人感到震驚。”太宗頓時感悟，忙說：“你的話很正確。”於是免去地方官員的罪過，停止調查李靖等人。
貞觀十四年（640年）太宗親自檢閱軍隊訓練，由於部隊布置排列不整齊，即命大將軍張士貴杖打中郎將等，因打得輕，太宗大怒，把張士貴交法庭審判。魏征勸諫道：“將軍的職責，是國家的‘爪牙’，讓他拿起棍棒打人，已經不是值得後人效法的了，更何況因打得輕而交法庭審判呢？”太宗聽魏征這樣一說，才趕緊將張士貴給釋放了。
太宗作為封建帝王，不以天生聖明自居，公開承認自己常做錯事，願意接受臣下監督，努力改正缺點和錯誤，就憑這一點，便可以是明君了，而魏征則自覺地以維護太宗聖德自任，知無不言，言無不盡，君臣和諧，成為千古佳話。盡管太宗小錯不斷，可大錯則得以避免。貞觀時期，君臣同心，上下一體，魏征的協調彌縫之功昭然卓著，在他同時代的人中，無人可與倫比。